本文的工作是基于表達數(shù)據(jù)的腫瘤標志物的計算識別與分析，分別對基因表達數(shù)據(jù)和miRNA表達數(shù)據(jù)兩方面內(nèi)容進行了分析。 本文提出了基于過濾(filter)方法的改進的特征選擇算法，并應(yīng)用到成對的基因表達數(shù)據(jù)分析中。首先，采用改進的成對t-test (paired t-test)方法來計算基因與樣本間的統(tǒng)計顯著性，使用癌癥樣本和正常樣本的比值來代替原始方法中的差值運算來得到每個基因的差異表達量。然后，計算每個基因的基于FDR的q-value值作為衡量該基因的統(tǒng)計顯著性的量化指標。最后，使用Pearson相關(guān)系數(shù)來衡量基因間的關(guān)聯(lián)關(guān)系，去除了基因列表中的冗余基因的影響，通過最優(yōu)化q-value值和冗余衡量值間的表達式，最終選取了特征基因的集合列表。評估過程中使用了六種癌癥基因表達數(shù)據(jù)集對算法的有效性與穩(wěn)定性等方面進行了全面的評估。 本文對基于表達數(shù)據(jù)的miRNA癌癥標志物進行了綜合的計算識別與分析。主要集中在兩個方面，對單一癌癥類型的特異miRNA標志物和多種癌癥類型間共同的miRNA標志物的識別，主要工作包括：1)對于每一種特定的癌癥類型識別差異表達的miRNA；2)差異表達的循環(huán)miRNA的識別；3)組合的miRNA標志物識別；4) miRNA靶基因pathway富集分析等。為了更具有廣泛性，本文使用了八種癌癥早期階段的成對的表達數(shù)據(jù)集，綜合分析結(jié)果表明本文識別的某些miRNA標志物和癌癥的關(guān)系十分密切，可以為血液中臨床診斷的miRNA標志物提供潛在的候選集合。
【學(xué)位單位】：吉林大學(xué)
【學(xué)位級別】：博士
【學(xué)位年份】：2015
【中圖分類】：TP391.4
【部分圖文】：

圖 4.1 miRNA 標志物識別與分析流程圖4.5 實驗結(jié)果4.5.1 每種癌癥類型差異表達 miRNA 的識別與分析為了研究 miRNA 在癌癥發(fā)生、發(fā)展中的作用，我們對每一種癌癥類型的差異表達的 miRNA 都進行了識別。由于在腫瘤形成和發(fā)展中積累了各種變化，不同的癌癥可能具有它們特有的差異表達的 miRNA。這些 miRNA 在癌癥的形成和發(fā)展過程中參與了一系列生物過程。與基因標志物的識別類似，越來越多的特異的 miRNA 被識別并應(yīng)用于癌癥的預(yù)防和診斷。1. 每種癌癥類型早期階段的差異表達 miRNA 的識別在這一部分中，使用在方法 4.4.1 節(jié)中提到的策略，來識別差異表達的 miRNA。共收集了八種癌癥的 miRNA 表達數(shù)據(jù)，包括前列腺癌、乳腺癌、肺癌、肝癌等，具體信
【共引文獻】

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1 Stella Chai;Stephanie Ma;;Clinical implications of microRNAs in liver cancer stem cells[J];癌癥(英文版);2013年08期

2 沈迪;齊軍;;肺癌早期診斷標志物研究進展[J];標記免疫分析與臨床;2013年05期

3 Chang-Juan Tao;Xu Liu;Ling-Long Tang;Yan-Ping Mao;Lei Chen;Wen-Fei Li;Xiao-Li Yu;Li-Zhi Liu;Rong Zhang;Ai-Hua Lin;Jun Ma;Ying Sun;;Prognostic scoring system for locoregional control among the patients with nasopharyngeal carcinoma treated by intensity-modulated radiotherapy[J];Chinese Journal of Cancer;2013年09期

4 閆兆偉;朱海濤;董瓊珠;周闖;張曉飛;任寧;葉青海;欽倫秀;;MicroRNA生物合成相關(guān)基因在肝癌中的表達及其意義[J];國際消化病雜志;2013年03期

5 丁明建;王聞?wù)?王孝舉;;MicroRNA在肺癌中的表達及其臨床意義[J];中國臨床藥理學(xué)雜志;2013年12期

6 Hong Zheng;Jia-Yu Liu;Feng-Ju Song;Ke-Xin Chen;;Advances in circulating microRNAs as diagnostic and prognostic markers for ovarian cancer[J];Cancer Biology & Medicine;2013年03期

7 Mahmoud ElHefnawi;Bangli Soliman;Nourhan Abu-Shahba;Marwa Amer;;An Integrative Meta-analysis of MicroRNAs in Hepatocellular Carcinoma[J];Genomics,Proteomics & Bioinformatics;2013年06期

8 易軍凱;田立康;;基于類別區(qū)分度的文本特征選擇算法研究[J];北京化工大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);2013年S1期

9 高成芳;楊巍;;微小RNA與心血管病炎癥[J];國際心血管病雜志;2014年01期

10 胡玉琴;沙愛國;;微小RNA在子宮內(nèi)膜容受性中的表達與調(diào)控[J];國際生殖健康/計劃生育雜志;2014年01期

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1 陳兆鋒;胃癌相關(guān)miRNAs的篩選及其與胃癌發(fā)生發(fā)展的關(guān)系[D];蘭州大學(xué);2013年

2 常靚;胃癌中microRNA-200家族的表達及其功能的研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2013年

3 陳琦;慢病毒介導(dǎo)的FoxP2 knockdown蝙蝠模型建立與功能研究及長翼蝠小RNA轉(zhuǎn)錄組的分析研究[D];華東師范大學(xué);2013年

4 孫天聞;基因表達譜芯片技術(shù)研究炎癥狀態(tài)下塞來昔布對關(guān)節(jié)軟骨細胞PGE2相關(guān)基因表達譜的影響[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2013年

5 郭靚;炎性因子OSM誘導(dǎo)乳腺癌惡性演進的分子機制研究[D];中國人民解放軍軍事醫(yī)學(xué)科學(xué)院;2013年

6 傅佩芬;胰島素樣生長因子1受體在乳腺癌中的表達及臨床意義[D];浙江大學(xué);2013年

7 賈雙征;子宮內(nèi)膜異位癥患者生命質(zhì)量及microRNA表達譜的初步研究[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2013年

8 陳婷;microRNA-155調(diào)控oxLDL刺激樹突細胞參與動脈粥樣硬化免疫炎癥反應(yīng)的作用及機制[D];浙江大學(xué);2013年

9 姚明;肺癌轉(zhuǎn)移動物模型的建立及活體成像觀察[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年

10 戴楠;雙功能基因APE1與miRNAs相互調(diào)控介導(dǎo)骨肉瘤放療敏感性的機制研究[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2013年

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1 武煒;RNAi沉默IGF-1R表達對宮頸癌Hela細胞生長和藥物敏感性的實驗研究[D];蘇州大學(xué);2013年

2 劉慧;MicroRNA-182對結(jié)直腸癌發(fā)生發(fā)展，預(yù)后以及細胞遷移能力的研究[D];山東大學(xué);2013年

3 劉會鋒;MiR-143對腎癌細胞株A498增殖及凋亡影響的研究[D];鄭州大學(xué);2013年

4 張明慧;食管鱗癌中FBXO32基因的表達及其甲基化狀態(tài)研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2013年

5 樊智彬;microRNA-224在大腸癌中的表達及其功能研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2013年

6 侯仰坤;50歲以上無癥狀人群大腸癌的篩查及miR-21、miR-143與大腸癌相關(guān)性研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2013年

7 吳晨鵬;miRNA-214和miRNA-10a在結(jié)直腸腺癌中的表達、臨床意義及其功能研究[D];河北醫(yī)科大學(xué);2013年

8 黃瓊?cè)A;miRNA-146a、miRNA-196a2基因多態(tài)性與廣西壯族人群原發(fā)性肝癌的相關(guān)性研究[D];廣西醫(yī)科大學(xué);2013年

9 孟麗;乳腺癌中miR-155靶標的雙熒光素酶報告法驗證[D];浙江理工大學(xué);2013年

10 田瑤;生物組學(xué)時代的候選基因與慢性病關(guān)聯(lián)研究初探[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2013年

本文編號：2843760