核糖體內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)2(internal transcribed spacer 2,ITS2)是被子植物分子系統(tǒng)學(xué)使用最多的分子標(biāo)記之一,也是目前唯一被廣泛使用的核基因標(biāo)記。值得注意的是ITS2轉(zhuǎn)錄后的rRNA以二級結(jié)構(gòu)的形式發(fā)揮重要功能。在功能約束下,其二級結(jié)構(gòu)一側(cè)配對堿基突變后,另一側(cè)與它互補(bǔ)的堿基也要發(fā)生相應(yīng)的替換,以維持結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性,這種特殊的堿基突變現(xiàn)象為堿基補(bǔ)償進(jìn)化(compensatory base-pair change,CBC)。根據(jù)CBC突變方式可推測:ITS2配對區(qū)突變一次,堿基改變兩次。CBC現(xiàn)象表明系統(tǒng)發(fā)育分析所依據(jù)的“堿基位點突變的獨立性和隨機(jī)性”基本假設(shè)并不完全適用于ITS2序列。因此,深入研究ITS2二級結(jié)構(gòu)約束下的分子突變的模式,構(gòu)建新的RNA進(jìn)化模型,可進(jìn)一步提高基于ITS2的系統(tǒng)發(fā)育分析的準(zhǔn)確性。本研究選取13741條ITS2序列,包括55科、80屬、3934種被子植物,基本覆蓋了被子植物目的多樣性。我們以屬為單位,使用LocARNA軟件進(jìn)行基于二級結(jié)構(gòu)的序列比對與共有二級結(jié)構(gòu)預(yù)測,獲得ITS2序列-結(jié)構(gòu)矩陣,根據(jù)共有結(jié)構(gòu)信息,確定ITS2配對區(qū)和非配...

【文章頁數(shù)】：74 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１－１真核生物核糖體串聯(lián)重復(fù)（灰框＞的組成及其丨ＴＳ２在其中的位置

證細(xì)胞的正常生理活動和??生長發(fā)育⑴。ｒＤＮＡ中的內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔Ｋ?（ｉｎｔｅｒｎａｌ?ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ?ｓｐａｃｅｒ，?ＩＴＳ）介于１８Ｓ??ｒＤＮＡ和２８Ｓ?ｒＤＮＡ之間，包含內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)?Ｋｉｎｔｅｍａｌ?ｔｒａｎｓｃｒｉｂｅｄ?ｓｐａｃｅｒ?１，ＩＴＳ１?），??５．８....

圖１－４?ＲＮＡ?６Ａ替換速率矩陣??Ｆｉｇｕｒｅ?１－４．?ＲＮＡ?６Ａ?ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ?ｍａｔｒｉｘ??

山東大學(xué)碩士學(xué)位論文??但是實際使用這種參數(shù)較多的模型時會出現(xiàn)一些問題。首先，當(dāng)ＲＮＡ數(shù)據(jù)??有限時，樣本數(shù)據(jù)很難提供足夠的信息來正確估計所有參數(shù)，尤其是那些與稀有??配對和稀有替換事件相關(guān)的參數(shù)。其次，大量參數(shù)會導(dǎo)致分析過程中巨大的不確??定性及其產(chǎn)生的計算量。考慮到在ＲＮＡ螺....

圖１－５?ＲＮＡ?７Ａ替換速率矩陣??Ｆｉｇｕｒｅ?１－５．?ＲＮＡ?７Ａ?ｔｒａｎｓｉｔｉｏｎ?ｍａｔｒｉｘ??

山東大學(xué)碩士學(xué)位論文??但是實際使用這種參數(shù)較多的模型時會出現(xiàn)一些問題。首先，當(dāng)ＲＮＡ數(shù)據(jù)??有限時，樣本數(shù)據(jù)很難提供足夠的信息來正確估計所有參數(shù)，尤其是那些與稀有??配對和稀有替換事件相關(guān)的參數(shù)。其次，大量參數(shù)會導(dǎo)致分析過程中巨大的不確??定性及其產(chǎn)生的計算量�？紤]到在ＲＮＡ螺....

圖１－６?２３種ＲＮＡ模型關(guān)系圖??Ｆｉｇｕｒｅ?１－６．?Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ?ｂｅｔｗｅｅｎ?２３?ＲＮＡ?ｍｏｄｅｌｓ??

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本文編號：4043660