從基因組學(xué)到蛋白質(zhì)組學(xué),人們對于生命的理解不斷深入。許多生命活動由蛋白質(zhì)間的相互作用來完成,其中多肽介導(dǎo)的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用是其中的重要組成部分,在細胞中普遍存在并且影響著生理健康。復(fù)合物的結(jié)構(gòu)決定了它的功能,為了研究蛋白質(zhì)-多肽相互作用的機制,有必要先了解其結(jié)構(gòu)。然而,由于多肽介導(dǎo)的特性及實驗技術(shù)上的局限性,目前只有很少的蛋白質(zhì)-多肽實驗結(jié)構(gòu)。因此,在這一領(lǐng)域發(fā)展了許多的計算方法來預(yù)測蛋白質(zhì)-多肽復(fù)合物結(jié)構(gòu),其中分子對接是基于結(jié)構(gòu)的方法中最有效的計算工具之一。分子對接方法在設(shè)計和開發(fā)多肽類藥物方面也發(fā)揮著關(guān)鍵作用。蛋白質(zhì)-多肽對接方法的挑戰(zhàn)之一是多肽的柔性,現(xiàn)有的對接方法對這個問題的處理都比較耗時。本文采用集合對接來考慮多肽柔性,開發(fā)了一種分層式的多肽柔性對接算法HPepDock,將多肽結(jié)構(gòu)快速生成程序MODPEP產(chǎn)生的1000個多肽結(jié)構(gòu)剛性對接到結(jié)合位點上。我們修改了蛋白質(zhì)-配體對接方法MDock,用于搜索多肽的結(jié)合構(gòu)象,并使用基于知識的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)迭代打分函數(shù)ITScore-PP評估采樣到的多肽構(gòu)象。在LEADS-PEP數(shù)據(jù)集上的53種復(fù)合物測試結(jié)果顯示,HPepDock算...

【文章頁數(shù)】：68 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖3-1MODPEP程序從多肽序列（Sequence）出發(fā)產(chǎn)生結(jié)構(gòu)（Structure）示意圖

隱馬爾可夫模型衍生的結(jié)構(gòu)字母表形式的局部構(gòu)象，的貪心算法程序來組裝預(yù)測的片段。PEP-FOLD有網(wǎng)頁到PEP-FOLD3[87]，PEP-FOLD3不僅可預(yù)測氨基酸長度預(yù)測出近天然態(tài)的蛋白質(zhì)-多肽復(fù)合物。PEP-FOLD3可預(yù)測出結(jié)構(gòu)。模算法MODPEP的分層式的蛋白質(zhì)....

圖3-2MODPEP建立的三個庫，a:單字母庫；b:苯丙氨酸雙字母旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體庫；c:16個氨基酸長度的螺旋片段庫[68]

華中科技大學(xué)碩士學(xué)位論文到了2731個非冗余多肽結(jié)構(gòu)。隨機選擇約三分之二（1821）個結(jié)構(gòu)作為訓(xùn)練集來構(gòu)建旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體庫和螺旋片段庫。剩余的910個結(jié)構(gòu)作為測試集以驗ODPEP算法。MODPEP算法在構(gòu)建多肽結(jié)構(gòu)時，需要用到兩個骨架獨立的旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體....

圖3-3MDock多種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的集合對接，考慮蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)柔性，

圖3-3MDock多種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的集合對接，考慮蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)柔性，圖片來源：ATutorialofMDock。圖3-4多肽的粗粒化模型（1ELW復(fù)合物D鏈），每個殘基由兩個偽原子表示。

圖3-4多肽的粗�；Ｐ停�1ELW復(fù)合物D鏈），每個殘基由兩個偽原子表示

18圖3-4多肽的粗�；Ｐ停�1ELW復(fù)合物D鏈），每個殘基由兩個偽原子表示。.2基于知識的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)迭代打分函數(shù)ITScore-PP蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用對于生命活動至關(guān)重要。隨著蛋白質(zhì)組學(xué)的快速發(fā)

本文編號：3906339