基于構(gòu)象集合的柔性多肽-蛋白質(zhì)對接研究
【文章頁數(shù)】:68 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
圖3-1MODPEP程序從多肽序列(Sequence)出發(fā)產(chǎn)生結(jié)構(gòu)(Structure)示意圖
隱馬爾可夫模型衍生的結(jié)構(gòu)字母表形式的局部構(gòu)象,的貪心算法程序來組裝預(yù)測的片段。PEP-FOLD有網(wǎng)頁到PEP-FOLD3[87],PEP-FOLD3不僅可預(yù)測氨基酸長度預(yù)測出近天然態(tài)的蛋白質(zhì)-多肽復(fù)合物。PEP-FOLD3可預(yù)測出結(jié)構(gòu)。模算法MODPEP的分層式的蛋白質(zhì)....
圖3-2MODPEP建立的三個庫,a:單字母庫;b:苯丙氨酸雙字母旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體庫;c:16個氨基酸長度的螺旋片段庫[68]
華中科技大學(xué)碩士學(xué)位論文到了2731個非冗余多肽結(jié)構(gòu)。隨機選擇約三分之二(1821)個結(jié)構(gòu)作為訓(xùn)練集來構(gòu)建旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體庫和螺旋片段庫。剩余的910個結(jié)構(gòu)作為測試集以驗ODPEP算法。MODPEP算法在構(gòu)建多肽結(jié)構(gòu)時,需要用到兩個骨架獨立的旋轉(zhuǎn)異構(gòu)體....
圖3-3MDock多種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的集合對接,考慮蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)柔性,
圖3-3MDock多種蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的集合對接,考慮蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)柔性,圖片來源:ATutorialofMDock。圖3-4多肽的粗粒化模型(1ELW復(fù)合物D鏈),每個殘基由兩個偽原子表示。
圖3-4多肽的粗;P停1ELW復(fù)合物D鏈),每個殘基由兩個偽原子表示
18圖3-4多肽的粗;P停1ELW復(fù)合物D鏈),每個殘基由兩個偽原子表示。.2基于知識的蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)迭代打分函數(shù)ITScore-PP蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用對于生命活動至關(guān)重要。隨著蛋白質(zhì)組學(xué)的快速發(fā)
本文編號:3906339
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