利用生物信息學(xué)方法,對(duì)西瓜(Citrullus lanatus (Thunb.) Matsum.&Nakai) JmjC基因家族的成員進(jìn)行鑒定,對(duì)該基因家族的染色體定位、基因結(jié)構(gòu)、蛋白結(jié)構(gòu)域、選擇壓力和酶活位點(diǎn)進(jìn)行分析,并對(duì)該基因家族與其它物種的系統(tǒng)進(jìn)化及共線性關(guān)系進(jìn)行研究。結(jié)果顯示:西瓜全基因組含有17個(gè)JmjC候選基因,核苷酸序列長(zhǎng)度為1209～5541 bp;這些基因均含有JmjC結(jié)構(gòu)域,分別位于9條染色體上,歸屬8個(gè)亞族。系統(tǒng)進(jìn)化、選擇壓力以及共線性分析結(jié)果表明,西瓜與黃瓜(Cucumis sativus L.)親緣關(guān)系較近,JmjC家族基因數(shù)量相同,其中14個(gè)成員呈現(xiàn)一對(duì)一的共線性關(guān)系;而西瓜與擬南芥(Arabidopsis thaliana (L.) Heynh)親緣關(guān)系較遠(yuǎn),但西瓜和擬南芥同一亞族中JmjC基因間Ka/Ks的比值均小于1,推測(cè)西瓜各個(gè)亞族成員的編碼蛋白功能與同一亞族的擬南芥成員功能極為相似。酶活位點(diǎn)分析結(jié)果表明西瓜JmjC基因家族中有10個(gè)成員具有潛在的組蛋白去甲基化酶活性。

【文章頁數(shù)】：10 頁

【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 西瓜Jmj C基因家族成員的鑒定和分析
    1.2 西瓜Jmj C基因家族的系統(tǒng)進(jìn)化分析
    1.3 西瓜Jmj C基因家族的選擇壓力和共線性分析
    1.4 西瓜Jmj C基因家族的酶活關(guān)鍵位點(diǎn)分析及三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
2 結(jié)果與分析
    2.1 西瓜Jmj C基因家族成員鑒定和分析
    2.2 Jmj C基因家族成員的系統(tǒng)進(jìn)化分析
    2.3 西瓜和黃瓜、擬南芥Jmj C基因共線性分析
    2.4 西瓜Jmj C基因家族各亞族成員的選擇壓力分析
    2.5 西瓜Jmj C基因家族的關(guān)鍵酶活位點(diǎn)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
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