植物在生長和繁殖過程中會受到生物和非生物逆境脅迫的影響。在長期的進(jìn)化中,植物形成了一系列響應(yīng)機(jī)制來應(yīng)對各種逆境脅迫。研究表明,有大量的非編碼RNA(ncRNA,non-coding RNA)在植物的生長,發(fā)育和應(yīng)對逆境脅迫等過程中參與了重要的調(diào)控機(jī)制,主要包括miRNA(miRNA,microRNA),長非編碼RNA(lncRNA,long non-coding RNA)和環(huán)狀RNA(circRNA,circular RNA)。通過高通量測序和生物信息學(xué)計(jì)算方法,研究者已經(jīng)鑒定出了大量與植物抗逆相關(guān)的非編碼RNA,同時(shí)與植物研究相關(guān)的數(shù)據(jù)資源日益增長。我們通過文獻(xiàn)檢索和數(shù)據(jù)調(diào)研發(fā)現(xiàn),在這些研究結(jié)果中,對深入研究具有更高參考價(jià)值的經(jīng)過低通量實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的非編碼RNA還沒有被收集到單個(gè)數(shù)據(jù)資源平臺。因此,在本論文中,我們通過人工檢索的方式,從已發(fā)表文獻(xiàn)中收集了近年來經(jīng)過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的4227個(gè)植物抗逆非編碼RNA,涵蓋了114個(gè)物種,48種生物脅迫和91種非生物脅迫,進(jìn)而建立了知識庫——PncStress(http://bis.zju.edu.cn/pncstress/),其中包括2523個(gè)miR...

【文章頁數(shù)】：41 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
致謝
摘要
ABSTRACT
第一章 引言
    1.1 植物的逆境脅迫與抗逆性
        1.1.1 植物非生物脅迫與抗逆性
        1.1.2 植物生物脅迫與抗逆性
    1.2 植物非編碼RNA生物學(xué)功能研究進(jìn)展
        1.2.1 植物miRNA研究進(jìn)展
        1.2.2 植物lncRNA研究進(jìn)展
        1.2.3 植物circRNA研究進(jìn)展
    1.3 植物非編碼RNA與植物逆境脅迫抗逆性
        1.3.1 植物miRNA與抗逆性
        1.3.2 植物lncRNA與抗逆性
        1.3.3 植物circRNA與抗逆性
    1.4 本論文的主要內(nèi)容及意義
第二章 數(shù)據(jù)與方法
    2.1 數(shù)據(jù)來源
    2.2 數(shù)據(jù)處理
        2.2.1 基因組的可視化
        2.2.2 植物抗逆非編碼RNA二級結(jié)構(gòu)預(yù)測與可視化
        2.2.3 植物抗逆非編碼RNA相互作用關(guān)系與靶標(biāo)預(yù)測
    2.3 構(gòu)建方法
        2.3.1 PncStress知識庫的基本架構(gòu)
        2.3.2 PncStress平臺的可視化實(shí)現(xiàn)
第三章 分析與結(jié)果
    3.1 數(shù)據(jù)庫內(nèi)容
    3.2 信息檢索
    3.3 其他植物非編碼RNA研究資源
第四章 總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
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本文編號：3827734