UTR區(qū)中的內(nèi)含子對基因的表達調(diào)控過程發(fā)揮著重要的作用,它通過與相應mRNA的序列匹配方式發(fā)生相互作用并實現(xiàn)對基因的表達調(diào)控。采用Smith-Waterman算法進行局域比對,獲得UTR區(qū)中的內(nèi)含子與相應mRNA序列之間的最佳匹配片段。分析6個物種mRNA序列上最佳匹配片段的序列特征及匹配頻率的分布規(guī)律,并分析這種相互作用分布的普適性。結(jié)果發(fā)現(xiàn):最佳匹配片段的配對率和平均長度分布與siRNA和miRNA的結(jié)合特征一致; UTR區(qū)中的內(nèi)含子與相應mRNA序列上的UTR序列存在較強的相互作用,低GC片段傾向與3′UTR區(qū)作用,而高GC片段傾向結(jié)合到5′UTR區(qū)。結(jié)論表明最佳匹配片段的序列特征符合RNA-RNA相互作用的一般規(guī)律,內(nèi)含子序列應該是一類調(diào)控基因表達的功能片段。UTR區(qū)中的內(nèi)含子與mRNA序列是協(xié)同進化的,通過相互作用完成應有的功能。

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【文章目錄】：
引 言
1 數(shù)據(jù)與方法
    1.1 基因序列數(shù)據(jù)
    1.2 比對方法
2 結(jié)果
    2.1 最佳匹配片段的長度指標
    2.2 最佳匹配片段的配對率
    2.3 匹配頻率在mRNA序列上的分布規(guī)律
3 討論



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