發(fā)布時(shí)間：2022-12-09 01:40

　　隨著DNA測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,生物信息學(xué)的基因測(cè)序數(shù)據(jù)呈現(xiàn)出了爆炸式的增長(zhǎng)趨勢(shì),隨著研究人員對(duì)生物基因信息研究的逐漸加深,隨之出現(xiàn)了大量的基因組測(cè)序數(shù)據(jù)。大量的基因組測(cè)序數(shù)據(jù)為生物信息的研究提供了數(shù)據(jù)基礎(chǔ),但是后續(xù)的分析和處理上仍然存在挑戰(zhàn)。對(duì)于沒(méi)有經(jīng)驗(yàn)、沒(méi)有足夠生物信息學(xué)技能的用戶來(lái)說(shuō),通過(guò)讀數(shù)分析使測(cè)序數(shù)據(jù)合理地用于微生物鑒定,尤其是細(xì)菌鑒定,仍然是一個(gè)挑戰(zhàn)。而在過(guò)去的幾十年里,真菌導(dǎo)致的病害引起了廣泛關(guān)注。隨著測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,對(duì)真菌測(cè)序分析成為了真菌研究的一個(gè)新的方向,但是隨著真菌數(shù)據(jù)的逐漸增多,現(xiàn)在缺乏充足功能的分析工作流。尤其是基于真菌的染色體基因組的鑒定和注釋。正如人們所知的那樣,歷史上的許多病毒都導(dǎo)致了大量的普通人感染和許多感染者的死亡。除了這些會(huì)對(duì)人類產(chǎn)生巨大危害的病毒外,許多癥狀輕微的病毒也需要得到人類的關(guān)注。并且隨著時(shí)間推移,病毒往往在不斷的變異。在現(xiàn)在人類對(duì)于病毒的研究還遠(yuǎn)遠(yuǎn)不夠,甚至病毒的完整基因組測(cè)序數(shù)據(jù)仍然很少,所以對(duì)病毒的鑒定和分析仍存在挑戰(zhàn)。為了改善應(yīng)用微生物基因組信息受阻于有效分析結(jié)果的生物信息學(xué)挑戰(zhàn)的局面,本文開(kāi)發(fā)了一種名為PBGI的自動(dòng)化生物信息學(xué)分析... 

【文章頁(yè)數(shù)】：71 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第1章 緒論
    1.1 課題背景及研究的目的和意義
    1.2 國(guó)內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.2.1 國(guó)外研究現(xiàn)狀
        1.2.2 國(guó)內(nèi)研究現(xiàn)狀
        1.2.3 國(guó)內(nèi)外的一些測(cè)序數(shù)據(jù)處理工具
    1.3 本文的主要研究?jī)?nèi)容
        1.3.1 基于第二代測(cè)序技術(shù)和第三代測(cè)序技術(shù)的細(xì)菌種類鑒別和功能注釋
        1.3.2 基于第二代測(cè)序技術(shù)和第三代測(cè)序技術(shù)的真菌種類鑒別和功能注釋
        1.3.3 基于第二代測(cè)序技術(shù)和第三代測(cè)序技術(shù)的真菌種類鑒別和功能注釋
    1.4 章節(jié)安排
第2章 基于第二代測(cè)序技術(shù)和第三代測(cè)序技術(shù)的細(xì)菌種類鑒別和功能注釋
    2.1 引言
    2.2 序列預(yù)處理
    2.3 重測(cè)序分析
    2.4 從頭測(cè)序分析
    2.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.5.1 利用短讀長(zhǎng)的細(xì)菌基因組進(jìn)行評(píng)估
        2.5.2 利用長(zhǎng)讀長(zhǎng)的細(xì)菌基因組進(jìn)行評(píng)估
        2.5.3 使用測(cè)序梭菌菌株進(jìn)行評(píng)估
    2.6 本章小結(jié)
第3章 基于第二代測(cè)序技術(shù)和第三代測(cè)序技術(shù)的真菌種類鑒別和功能注釋
    3.1 引言
    3.2 序列預(yù)處理
    3.3 參考基因組鑒定
    3.4 基因注釋
    3.5 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        3.5.1 使用真菌短讀長(zhǎng)序列測(cè)試
        3.5.2 使用長(zhǎng)讀長(zhǎng)真菌測(cè)序數(shù)據(jù)的測(cè)試
        3.5.3 參考基因組鑒定分析
    3.6 本章小結(jié)
第4章 基于深度學(xué)習(xí)的病毒種類鑒別和功能注釋
    4.1 引言
    4.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理
    4.3 輸入序列預(yù)處理
    4.4 病毒種類鑒定方法
    4.5 序列注釋功能
    4.6 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.6.1 利用短讀長(zhǎng)的病毒基因組進(jìn)行評(píng)估
        4.6.2 利用長(zhǎng)讀長(zhǎng)的病毒基因組進(jìn)行評(píng)估
    4.7 本章小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]3萬(wàn)億美元:全球經(jīng)濟(jì)或?yàn)榧仔虷1N1流感買(mǎi)單[J]. 顧列銘.  觀察與思考. 2009(10)
[2]SARS影響國(guó)民經(jīng)濟(jì)的短期與長(zhǎng)期分析[J]. 李正全.  經(jīng)濟(jì)科學(xué). 2003(03)



本文編號(hào)：3714553