多種雄性生殖性疾病和精子發(fā)生的過程息息相關,探究精子發(fā)生的分子調控機理具有重要的研究價值。長鏈非編碼RNA（long noncoding RNA,lncRNA）是一類長度大于200個核苷酸的非編碼RNA,其表達在不同的生長發(fā)育過程以及組織、細胞類型中具有時空特異性。已有研究表明,一些lncRNA在睪丸組織中特異性表達,預示其在精子發(fā)生過程中可能具有潛在的調控功能。然而,其中只有小部分lncRNA有功能上或者機制上的研究,尚缺乏針對其在精子發(fā)生過程中的系統(tǒng)性分析。近年來有研究發(fā)現,lncRNA可作為競爭性內源RNA（ceRNA）參與基因的表達調控。其通過與miRNA結合,從而充當miRNA的分子“海綿”,消除miRNA對相應靶基因的抑制和降解效果,在細胞發(fā)育、分化和疾病等生物學現象中扮演重要的調控角色。然而,精子發(fā)生過程中特異性表達的lncRNA是否會作為ceRNA發(fā)揮調控作用尚不明確。因此,本研究基于小鼠精子發(fā)生過程中的RNA-seq數據,構建小鼠精子發(fā)生過程中的lncRNA作為ceRNA的調控網絡,探索ceRNA網絡和精子發(fā)生轉錄調控的關系。1.基于RNA-seq數據分析小鼠精子發(fā)生... 

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【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻綜述
    1.1 精子發(fā)生過程簡述
    1.2 小鼠精子發(fā)生過程中的關鍵基因
    1.3 精子發(fā)生過程中的非編碼RNA
        1.3.1 精子發(fā)生過程中的microRNA
        1.3.2 精子發(fā)生過程中的長鏈非編碼RNA
    1.4 ceRNA研究現狀
    1.5 本論文的研究目的
第二章 材料與方法
    2.1 數據的收集和整理
        2.1.1 小鼠參考基因組文件及注釋文件
        2.1.2 小鼠microRNA數據和注釋的獲取
        2.1.3 小鼠轉錄因子數據庫的獲取
        2.1.4 小鼠精子發(fā)生過程中高通量測序數據的收集與處理
        2.1.5 miRNA和基因間的相互作用
    2.2 方法
        2.2.1 實驗流程
        2.2.2 小鼠精子發(fā)生過程中的microRNA
        2.2.3 精子發(fā)生過程中的lncRNA和 mRNA
        2.2.4 篩選精子發(fā)生過程中的ceRNAs
第三章 結果
    3.1 精子發(fā)生過程中的miRNA與靶基因的相互作用
    3.2 RNA-seq數據的分析
    3.3 lncRNA作為ceRNA的調控網絡的構建
        3.3.1 lncRNA-mRNA關系的魯棒性分析
        3.3.2 ceRNA網絡的優(yōu)化
    3.4 精子發(fā)生過程特異的ceRNA網絡
        3.4.1 階段特異表達的基因與精子發(fā)生的功能密切相關
        3.4.2 基于差異基因的ceRNA網絡
    3.5 ceRNA網絡分析
        3.5.1 ceRNA網絡展示
        3.5.2 ceRNA網絡中的度
        3.5.3 ceRNA網絡中的轉錄因子
        3.5.4 ceRNA網絡與組織特異性
        3.5.5 ceRNA網絡分析小結
    3.6 ceRNA網絡中的mRNA呈動態(tài)表達
    3.7 高表達miRNA相關的ceRNA網絡
    3.8 高置信度的ceRNA關系對篩選
        3.8.1 ceRNA關系對的Fisher精確檢驗
        3.8.2 基于表達的ceRNA關系對打分
第四章 討論與結論
    4.1 討論
    4.2 結論
    4.3 主要特色
附錄
    附錄A 兩種情況下的富集分析結果
致謝
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本文編號：3714408