復(fù)雜性狀作為一種受多個(gè)微效基因和環(huán)境共同控制的性狀,其遺傳機(jī)理研究一直是遺傳學(xué)的熱點(diǎn)與難點(diǎn)。復(fù)雜性狀的研究在人類復(fù)雜疾病的預(yù)防、診斷和治療、以及改良作物農(nóng)藝和品質(zhì)性狀、選育優(yōu)良品種中都發(fā)揮著至關(guān)重要的作用。隨著人類及常見動(dòng)植物基因組測序工作的相繼完成,全基因組關(guān)聯(lián)分析方法（genomewide association studies,GWAS）成為當(dāng)下研究基因與復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)性最重要的策略與工具之一。但對(duì)大多數(shù)復(fù)雜性狀而言,由全基因組關(guān)聯(lián)分析確定的關(guān)聯(lián)位點(diǎn)只能夠解釋相應(yīng)疾病遺傳方差的5%到30%,這一現(xiàn)象被稱為"遺傳性缺失"。已有研究表明,導(dǎo)致該現(xiàn)象發(fā)生的主要因素包括:1)單位點(diǎn)分析統(tǒng)計(jì)效力不足;2)缺乏對(duì)基因之間相互作用以及基因-環(huán)境相互作用的分析;3)罕見變異對(duì)性狀的影響尚不明晰。基于此,本文以單核苷酸多態(tài)性（single nucleotide polymorphism,SNP）數(shù)據(jù)為數(shù)據(jù)材料,從上述1)和2)兩個(gè)關(guān)鍵因素出發(fā),對(duì)多位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析、上位效應(yīng)檢測以及基因-基因相互作用等計(jì)算問題進(jìn)行深入研究,為解決“遺傳性缺失”提供新的思路和方法。具體內(nèi)容包括以下四個(gè)方面:（1）提出基于混... 

【文章來源】：哈爾濱工業(yè)大學(xué)黑龍江省 211工程院校 985工程院校

【文章頁數(shù)】：132 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第1章 緒論
    1.1 課題背景及研究的目的和意義
        1.1.1 課題背景
        1.1.2 課題意義
    1.2 復(fù)雜性狀遺傳分析相關(guān)概念簡介
        1.2.1 單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)
        1.2.2 復(fù)雜性狀
        1.2.3 復(fù)雜性狀關(guān)聯(lián)基因篩選方法
        1.2.4 遺傳性缺失
    1.3 國內(nèi)外研究現(xiàn)狀
        1.3.1 關(guān)聯(lián)分析方法
        1.3.2 基因相互作用檢測
    1.4 本文主要研究內(nèi)容
第2章 基于多元線性混合模型的多位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析
    2.1 引言
    2.2 基于LMM和稀疏組lasso的多位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析方法
        2.2.1 方差比例系數(shù)δ的估計(jì)
        2.2.2 關(guān)聯(lián)系數(shù)β的估計(jì)
        2.2.3 稀疏組lasso方法
        2.2.4 表型值預(yù)測
        2.2.5 復(fù)雜度分析
        2.2.6 模型選擇
    2.3 實(shí)驗(yàn)與分析
        2.3.1 仿真數(shù)據(jù)生成
        2.3.2 性能評(píng)價(jià)指標(biāo)
        2.3.3 仿真實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
        2.3.4 真實(shí)數(shù)據(jù)獲取及預(yù)處理
        2.3.5 真實(shí)實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
    2.4 本章小結(jié)
第3章 基于因子分解機(jī)的上位效應(yīng)檢測的關(guān)聯(lián)分析方法
    3.1 引言
    3.2 因子分解機(jī)簡介
        3.2.1 獨(dú)熱編碼表示
        3.2.2 因子分解機(jī)模型
    3.3 基于FM模型的上位效應(yīng)檢測方法FMepi
        3.3.1 上位效應(yīng)檢測問題描述
        3.3.2 FMepi方法流程
    3.4 實(shí)驗(yàn)與分析
        3.4.1 模擬數(shù)據(jù)生成
        3.4.2 模擬實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
        3.4.3 真實(shí)數(shù)據(jù)獲取及預(yù)處理
        3.4.4 真實(shí)數(shù)據(jù)實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
    3.5 本章小結(jié)
第4章 基于距離相關(guān)系數(shù)的質(zhì)量性狀基因互作的關(guān)聯(lián)分析方法
    4.1 引言
    4.2 基于基因整體的基因互作檢測方法
        4.2.1 質(zhì)量性狀下基因互作檢測方法問題描述
        4.2.2 幾種主流基因-基因互作檢測方法介紹
    4.3 基于距離相關(guān)系數(shù)與置換檢驗(yàn)策略的基因-基因互作檢測方法GBDcor
        4.3.1 距離相關(guān)系數(shù)
        4.3.2 GBDcor方法流程
    4.4 實(shí)驗(yàn)與分析
        4.4.1 仿真數(shù)據(jù)生成
        4.4.2 性能評(píng)價(jià)指標(biāo)
        4.4.3 仿真實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
        4.4.4 真實(shí)數(shù)據(jù)獲取及預(yù)處理
        4.4.5 真實(shí)實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
    4.5 本章小結(jié)
第5章 基于U統(tǒng)計(jì)量的數(shù)量性狀基因互作關(guān)聯(lián)分析方法
    5.1 引言
    5.2 基于U統(tǒng)計(jì)量的度量集成學(xué)習(xí)不確定性方法
        5.2.1 基因互作檢測問題描述
        5.2.2 U統(tǒng)計(jì)量
        5.2.3 基于樹模型的集成學(xué)習(xí)
    5.3 基于U統(tǒng)計(jì)量和集成學(xué)習(xí)的基因互作檢測方法GBUtrees
    5.4 實(shí)驗(yàn)與結(jié)果
        5.4.1 對(duì)比方法
        5.4.2 仿真模擬實(shí)驗(yàn)
        5.4.3 仿真實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
        5.4.4 真實(shí)數(shù)據(jù)獲取及預(yù)處理
        5.4.5 真實(shí)實(shí)驗(yàn)結(jié)果及分析
    5.5 本章小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
攻讀博士學(xué)位期間發(fā)表的論文及其他成果
致謝
個(gè)人簡歷



本文編號(hào)：3301307