通過分析灰毛漿果楝葉綠體基因組密碼子的使用特征,探討影響其密碼子使用偏性的主要因素。從灰毛漿果楝葉綠體基因組中篩選出54條編碼序列（CDS）,利用Codon W 1.4.2和CUSP軟件計算不同基因密碼子各位置的GC含量,以明確灰毛漿果楝葉綠體基因組密碼子的使用偏性規(guī)律。結果顯示:灰毛漿果楝葉綠體基因組密碼子第3位堿基的GC含量為28.95%,即第3位密碼子富含A和U,有效密碼子數(shù)(N_ec)在34.60～61.00之間,N_ec值大于45的CDS有39個;相對同義密碼子使用度(U_RSC)值大于1的密碼子有29個,其中16個以U結尾,12個以A結尾;中性繪圖分析結果顯示GC₁₂和GC₃的相關系數(shù)為0.098 4,相關性不顯著,回歸系數(shù)（對角線斜率）為0.137 9;基因N_ec比值大多數(shù)分布在-0.05～0.05區(qū)間外,即大部分基因N_ec值與預期值差距較大;相關關系分析顯示,GC₃與GC₁、 GC... 

【文章來源】：森林與環(huán)境學報. 2020,40(02)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

密碼子使用的中性繪圖分析

將灰毛漿果楝葉綠體基因組中的54個編碼基因作為一個整體在Codon W 1.4.2軟件上運行，以Nec值為標準進行排序，選擇兩極5%的構建高表達和低表達基因庫，分別對兩個庫中的密碼子計算URSC值，再統(tǒng)計各基因ΔURSC值（表5），篩選得到0.08≤ΔURSC<0.30的密碼子，含UUC、UUG和CUA等26個高表達優(yōu)越密碼子（在表5中用*表示），其中6個以A結尾、9個以U結尾、2個以G結尾和9個以C結尾；0.30≤ΔURSC<0.50的有9個，ΔURSC≥0.50的有5個。結合高頻密碼子和高表達優(yōu)越密碼子，將同時滿足2種條件的密碼子確定為灰毛漿果楝葉綠體基因組的最優(yōu)密碼子，即可最終確定GUU、GUA、UCU、AGU、CCU、ACU、GGU、GCU、CAA、AAA、UGU、AGA和AUU，且全部以A或U結尾，其中9個以U結尾，4個以A結尾。3 討論與結論

密碼子使用的有效密碼子數(shù)繪圖分析

【參考文獻】：
期刊論文
[1]酸棗葉綠體基因組密碼子使用偏性分析[J]. 胡曉艷,許艷秋,韓有志,杜淑輝.  森林與環(huán)境學報. 2019(06)
[2]竹亞科葉綠體基因組的密碼子使用偏性分析[J]. 吳妙麗,陳世品,陳輝.  森林與環(huán)境學報. 2019(01)
[3]黃芩葉綠體基因組重復序列及密碼子偏好性分析[J]. 王文斌,于歡,邱相坡.  分子植物育種. 2018(08)
[4]銀絲竹不同葉色葉綠素合成及葉結構差異[J]. 陳凌艷,何麗婷,賴金莉,何舒婷,吳玉香,鄭郁善.  森林與環(huán)境學報. 2017(04)
[5]柿屬植物葉綠體蛋白質編碼基因密碼子用法[J]. 傅建敏,索玉靜,劉慧敏,譚曉風.  經(jīng)濟林研究. 2017(02)
[6]蒺藜苜蓿葉綠體密碼子偏好性分析[J]. 楊國鋒,蘇昆龍,趙怡然,宋智斌,孫娟.  草業(yè)學報. 2015(12)
[7]灰毛漿果楝莖的化學成分[J]. 傅淋然,馬青云,黃圣卓,郁志芳,趙友興.  中草藥. 2015(05)
[8]刺五加葉綠體基因組密碼子的用法分析[J]. 邢朝斌,曹蕾,周秘,修樂山.  中國中藥雜志. 2013(05)
[9]長囊水云葉綠體基因組密碼子使用特征分析[J]. 劉福利,王飛久,邵展茹.  海洋科學進展. 2012(04)
[10]7種作物葉綠體基因的密碼子偏好性及聚類分析[J]. 晁岳恩,常陽,王美芳,何盛蓮,趙獻林,雷振生.  華北農學報. 2012(04)



本文編號：3288815