蛋白質(zhì)、RNA等生物分子是組成生物體的重要物質(zhì),其通過相互作用的方式參與了生物體的大部分生理過程。為了理解這些分子在生理過程中的作用與機(jī)制,對(duì)其分子結(jié)構(gòu)的研究是必要的。對(duì)于現(xiàn)階段的實(shí)驗(yàn)技術(shù)而言,得到蛋白質(zhì)與RNA的序列要易于得到其結(jié)構(gòu),并且得到其單體結(jié)構(gòu)要易于得到其復(fù)合體結(jié)構(gòu)。所以發(fā)展出了利用已有的序列和結(jié)構(gòu)信息來預(yù)測(cè)未知的生物分子結(jié)構(gòu)的計(jì)算方法。以此為基礎(chǔ)在本文中主要研究了三個(gè)方面的問題:1.構(gòu)建新的蛋白質(zhì)-RNA復(fù)合體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)的打分函數(shù)。目前對(duì)于生物分子的復(fù)合體結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)主要分為兩個(gè)步驟:采樣和打分。其中打分部分的打分函數(shù)可以分為基于知識(shí)的打分函數(shù)和基于物理的打分函數(shù)�；谥R(shí)的打分函數(shù)主要受兩個(gè)因素的影響:統(tǒng)計(jì)對(duì)象和參考態(tài)的選擇。本文嘗試使用新的統(tǒng)計(jì)對(duì)象來構(gòu)建新的打分函數(shù):a)以蛋白質(zhì)殘基與RNA堿基之間的堆積（stacking）現(xiàn)象作為統(tǒng)計(jì)對(duì)象構(gòu)建了打分函數(shù)Score_π。該打分函數(shù)在已有的打分函數(shù)基礎(chǔ)上加入stacking修正項(xiàng),從而使打分函數(shù)更容易得到近天然態(tài)結(jié)構(gòu)。b)不同于以往的打分函數(shù)通過距離,角度等參數(shù)描述配對(duì)狀態(tài),以蛋白質(zhì)殘基與RNA堿基之間的配對(duì)... 

【文章來源】：華中科技大學(xué)湖北省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：240 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

homas小組提出的迭代算法流程圖

華 中 科 技 大 學(xué) 博 士 學(xué) 位 論 文24圖1-8. 在人類細(xì)胞的細(xì)胞周期不同階段中不同的 yclin 復(fù)合體在細(xì)胞中的出現(xiàn)情況，其中左側(cè)標(biāo)記出的是不同的細(xì)胞周期；中間為不同的 yclin 復(fù)合體，其中 yclin 簡(jiǎn)化為 yc， 簡(jiǎn)化為 ；右側(cè)為不同復(fù)合體在不同的細(xì)胞周期中的作用。本圖來自文獻(xiàn)106在細(xì)胞周期的 G1 階段，CyclinD 會(huì)優(yōu)先與 CDK4 和 CDK6 形成復(fù)合體并發(fā)揮其催化作用。Cyclin D 的合成和穩(wěn)定性受細(xì)胞內(nèi)的生長(zhǎng)因子水平的控制，并且Cyclin D 的活化可以控制細(xì)胞通過 G1 階段的速度[117; 118]。同一階段，Cyclin E會(huì)與 CDK2 形成活性的復(fù)合體，并且其濃度會(huì)在細(xì)胞周期由 G1 階段轉(zhuǎn)入至 S 階段時(shí)達(dá)到頂峰

華 中 科 技 大 學(xué) 博 士 學(xué) 位 論 文29圖2-2. 蛋白質(zhì)和 中具有非飽和鍵平面 環(huán)形結(jié)構(gòu)的氨基酸 堿基結(jié)構(gòu)，而在這些結(jié)構(gòu)之間會(huì)出現(xiàn) π-π 相互作用。


本文編號(hào)：2942117