異常漢遜酵母具有高產(chǎn)乙酸乙酯的能力,且在較高溫度的下具有較強(qiáng)的發(fā)酵力和酯化力,是釀造工業(yè)中的主要生香來源,同時(shí)也是常用的外源基因表達(dá)載體,用于離子注入介導(dǎo)的轉(zhuǎn)基因研究。本研究使用PacBio三代測(cè)序技術(shù)對(duì)離子束重組異常漢遜酵母菌Ar_Han0458及其原始菌株As2340進(jìn)行了基因組de novo測(cè)序,應(yīng)用生物信息學(xué)方法,從基因組結(jié)構(gòu)與組分、基因功能、系統(tǒng)進(jìn)化等方面開展了低能離子注入前后的異常漢遜酵母菌基因組學(xué)的研究。基因組de novo測(cè)序結(jié)果表明,低能離子注入前,異常漢遜酵母菌As2340的基因組大小為13,760,069bp,Contig N50長(zhǎng)度為1,883,332bp,GC含量為34.53%;檢測(cè)到總長(zhǎng)為238,164bp的1,897條串聯(lián)重復(fù)序列,散在重復(fù)序列108,253bp,重復(fù)序列長(zhǎng)度占基因組的2.46%;預(yù)測(cè)到了932個(gè)非編碼RNA基因;在預(yù)測(cè)的6,664個(gè)編碼基因中,98.62%具有同源蛋白基因,其基因完整性達(dá)到91.7%;注釋到KOG、KEGG和GO數(shù)據(jù)庫(kù)的蛋白編碼基因分別為4,391個(gè)、2,119個(gè)和3,580個(gè),富集獲得了3,937種GO功能(GO Ter... 

【文章來源】：新疆大學(xué)新疆維吾爾自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數(shù)】：65 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    1.1 離子束注入技術(shù)
    1.2 測(cè)序技術(shù)及研究現(xiàn)狀
        1.2.1 第一代測(cè)序技術(shù)
        1.2.2 第二代測(cè)序技術(shù)
        1.2.3 第三代測(cè)序技術(shù)
    1.3 酵母菌基因組研究現(xiàn)狀
    1.4 研究?jī)?nèi)容及意義
第二章 材料與方法
    2.1 材料
        2.1.1 酵母菌株
        2.1.2 培養(yǎng)基配制
    2.2 方法
        2.2.1 基因組DNA提取及測(cè)序
        2.2.2 基因組組裝
        2.2.3 重復(fù)序列
        2.2.4 非編碼RNA
        2.2.5 基因預(yù)測(cè)
        2.2.6 基因完整性評(píng)估
        2.2.7 基因功能注釋
        2.2.8 SNP/InDel
        2.2.9 基因家族分析
        2.2.10 系統(tǒng)進(jìn)化分析
第三章 結(jié)果與討論
    3.1 酵母菌培養(yǎng)及其基因組DNA制備
Han0458 基因組草圖">    3.2 離子束重組異常漢遜酵母菌Ar_Han0458 基因組草圖
        3.2.1 測(cè)序結(jié)果
        3.2.2 組裝結(jié)果
        3.2.3 重復(fù)序列
        3.2.4 非編碼RNA
        3.2.5 基因預(yù)測(cè)
        3.2.6 基因完整性
        3.2.7 基因功能注釋
    3.3 原始菌株As2340 基因組草圖
        3.3.1 測(cè)序結(jié)果
        3.3.2 組裝結(jié)果
        3.3.3 重復(fù)序列
        3.3.4 非編碼RNA
        3.3.5 基因預(yù)測(cè)
        3.3.6 基因完整性
        3.3.7 基因功能注釋
    3.4 異常漢遜酵母菌的比較基因組學(xué)分析
        3.4.1 離子注入前后異常漢遜酵母菌含六核苷酸重復(fù)基序的微衛(wèi)星序列分析
        3.4.2 SNP/InDel分析
        3.4.3 基因家族
        3.4.4 系統(tǒng)進(jìn)化分析
第四章 結(jié)論與展望
參考文獻(xiàn)
附錄
在讀期間發(fā)表論文及參加學(xué)術(shù)會(huì)議
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]碳離子束輻照誘變選育丁醇耐受菌株[J]. 高越,楊陽,張苗苗,郭曉鵬,李文建,陸棟.  輻射研究與輻射工藝學(xué)報(bào). 2019(01)
[2]高產(chǎn)二十碳五烯酸的微擬球藻藻株的誘變選育[J]. 李悅明,崔球,夏修巒,宋曉金,徐建春,李霞,范棟,李妍.  發(fā)酵科技通訊. 2018(03)
[3]16S rRNA基因在微生物生態(tài)學(xué)中的應(yīng)用[J]. 劉馳,李家寶,芮俊鵬,安家興,李香真.  生態(tài)學(xué)報(bào). 2015(09)
[4]非編碼RNA與基因表達(dá)調(diào)控[J]. 楊福蘭,饒周舟,陳漢春.  生命的化學(xué). 2014(01)
[5]非編碼RNA——有待挖掘的生物寶庫(kù)[J]. 陳潤(rùn)生.  生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展. 2013(07)
[6]H+,N+和Ar+離子束輻射誘導(dǎo)碳納米結(jié)構(gòu)的變化（英文）[J]. A Ishaq,Shahid Iqbal,Naveed Ali,A A Khurram,A U Akrajas,C F Dee,Shahzad Naseem,H M Rafique,Yan Long.  新型炭材料. 2013(02)
[7]低能N+離子注入誘變選育瓊膠酶高產(chǎn)菌株[J]. 梅建鳳,唐中秀,王琦,易喻,王鴻,應(yīng)國(guó)清.  浙江工業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2013(01)
[8]比較研究嚙齒類動(dòng)物基因組中的散在重復(fù)序列[J]. 韓麗娟.  科技通報(bào). 2012(12)
[9]低能離子注入誘變選育鹽霉素高產(chǎn)菌株[J]. 武利勤,苗鳳香,顧�？�,尚宏忠.  安徽農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(28)
[10]重離子輻照檸檬酸菌株的誘變選育[J]. 胡偉,陳積紅,張珍,劉敬,王曙陽,李文建.  輻射研究與輻射工藝學(xué)報(bào). 2012(01)

博士論文
[1]家蠶基因組中50-500nt非編碼RNA的發(fā)現(xiàn)鑒定及表達(dá)譜研究[D]. 李丹丹.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2010



本文編號(hào)：2940262