SNP標記全基因組關聯(lián)分析饅頭的主要品質性狀
發(fā)布時間:2020-08-07 22:03
【摘要】:饅頭是我國人民尤其是北方人民的傳統(tǒng)主食,在膳食結構中一直占有重要的地位。目前,國內外已有許多關于饅頭的研究,但這些研究多局限于饅頭的原材料、加工工藝以及配料對饅頭品質的影響,對饅頭品質分子遺傳機理方面的研究幾乎是空白。近年來,隨著生物統(tǒng)計技術的不斷發(fā)展和基因組學在植物領域的成功應用,利用自然群體單核苷酸多態(tài)性(SNP)標記的全基因組關聯(lián)分析(GWAS)挖掘作物數量性狀基因已成為作物領域研究的熱點,這為從分子角度研究影響?zhàn)z頭各品質性狀的基因提供新的思路。本實驗利用24 355個SNP標記對饅頭的主要品質性狀(比容、色澤以及質構)進行全基因組分析,旨在深入探究基因對饅頭品質性狀的影響,為結合分子育種技術培育有良好性狀的小麥植株奠定基礎。主要研究結果如下:1.對四個環(huán)境下小麥粉饅頭主要品質的表型變異分析表明:各性狀表型變異系數存在差異,內a~*、外a~*、硬度、黏著性、膠著性5個性狀的遺傳變異系數超過20%,比容、外L~*、外b~*、內L~*、內b~*、彈性和回復性7個性狀的遺傳變異系數位于10%-20%之間。以上性狀遺傳變異較為豐富,具有較大的改良潛力。2.運用TASSEL3.0軟件分析GLM、GLM_Q和MLM_Q+K三種統(tǒng)計模型的顯著關聯(lián)位點數量與Q-Q plot圖中每個SNP位點的P值的實際值和期望值的吻合程度,確定研究所用最優(yōu)統(tǒng)計模型為MLM_Q+K模型。3.在四個環(huán)境下,利用24 355個分布于小麥染色體上的SNP位點對饅頭主要品質性狀進行性狀/標記全基因組關聯(lián)分析。顯著水平下(P0.001)共得到631個性狀/標記(Marker-trait association,MTA)關聯(lián)位點。其中,極顯著和相對穩(wěn)定關聯(lián)位點78個,貢獻率10%的位點即主效位點84個,分布于小麥的21條染色體上,且染色體4A、2B、5B、7A、3B和6A分布位點數量約占位點總數的56%。4.本研究共得到40個SNP標記同時與兩個及以上性狀存在關聯(lián)的多效性關聯(lián)位點。位于染色體2D上的位點Kukri_c13329_800和染色體7A上的wsnp_Ex_c14654_22713386同時關聯(lián)性狀最多(4個)。
【學位授予單位】:山東農業(yè)大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2019
【分類號】:TS213.2
【圖文】:
圖 1 E3環(huán)境三種模型饅頭內 a*、膠著性全基因組關聯(lián)分析的 Manhattan 圖和 Q-Q plot 圖(a: GLM 模型; b: GLM_Q模型; c: MLM_Q+K模型, E1:2014,德州; E2: 2014, 泰安)Fig. 1Manhattan plot and Q-Q plot of GWAS for internal a*and gumminess using three Modes in two environmen(a: GLM model; b: GLM_Q model; c: MLM_Q+K model, E1:2014, Dezhou; E2: 2014, Tai,an)注:紅色水平線代表全基因組關聯(lián)分析的顯著閾值(p<0.001)Note: Red horizontal line indicates the genome-wide significance threshold (p<0.001)頭主要品質性狀的表型變異和關聯(lián)分析 比容性狀的表型變異和關聯(lián)分析.1 比容性狀的表型變異分析四個環(huán)境下,小麥粉饅頭比容表型數據如表 2 所示。E4 環(huán)境下饅頭比容性狀的數最大(19.54%),E1 環(huán)境下變異系數最。8.45%);除個別環(huán)境外,各性度和峰度的絕對值大部分都小于 1,符合正態(tài)分布,表現(xiàn)為數量性狀遺傳,適合聯(lián)分析。
2D 769 17 53A 1154 32 33B 1628 50 53D 331 3 04A 1145 54 34B 882 23 14D 78 2 05A 1243 33 15B 2187 88 55D 240 3 16A 1463 47 16B 1786 30 16D 234 6 17A 1550 54 217B 1471 33 67D 230 8 3全基因組 24355 631 78
本文編號:2784583
【學位授予單位】:山東農業(yè)大學
【學位級別】:碩士
【學位授予年份】:2019
【分類號】:TS213.2
【圖文】:
圖 1 E3環(huán)境三種模型饅頭內 a*、膠著性全基因組關聯(lián)分析的 Manhattan 圖和 Q-Q plot 圖(a: GLM 模型; b: GLM_Q模型; c: MLM_Q+K模型, E1:2014,德州; E2: 2014, 泰安)Fig. 1Manhattan plot and Q-Q plot of GWAS for internal a*and gumminess using three Modes in two environmen(a: GLM model; b: GLM_Q model; c: MLM_Q+K model, E1:2014, Dezhou; E2: 2014, Tai,an)注:紅色水平線代表全基因組關聯(lián)分析的顯著閾值(p<0.001)Note: Red horizontal line indicates the genome-wide significance threshold (p<0.001)頭主要品質性狀的表型變異和關聯(lián)分析 比容性狀的表型變異和關聯(lián)分析.1 比容性狀的表型變異分析四個環(huán)境下,小麥粉饅頭比容表型數據如表 2 所示。E4 環(huán)境下饅頭比容性狀的數最大(19.54%),E1 環(huán)境下變異系數最。8.45%);除個別環(huán)境外,各性度和峰度的絕對值大部分都小于 1,符合正態(tài)分布,表現(xiàn)為數量性狀遺傳,適合聯(lián)分析。
2D 769 17 53A 1154 32 33B 1628 50 53D 331 3 04A 1145 54 34B 882 23 14D 78 2 05A 1243 33 15B 2187 88 55D 240 3 16A 1463 47 16B 1786 30 16D 234 6 17A 1550 54 217B 1471 33 67D 230 8 3全基因組 24355 631 78
【參考文獻】
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3 曹廷杰;謝菁忠;吳秋紅;陳永興;王振忠;趙虹;王西成;詹克慧;徐如強;王際睿;羅明成;劉志勇;;河南省近年審定小麥品種基于系譜和SNP標記的遺傳多樣性分析[J];作物學報;2015年02期
4 張學勇;童依平;游光霞;郝晨陽;蓋紅梅;王蘭芬;李濱;董玉琛;李振聲;;選擇牽連效應分析:發(fā)掘重要基因的新思路[J];中國農業(yè)科學;2006年08期
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