石榴(Punica granatum L.)為千屈菜科(Lythraceae)石榴屬(Punica granatum)古老的果樹(shù),是重要的功能性水果,在我國(guó)栽培歷史悠久,遺傳多樣性豐富。果實(shí)富含類黃酮類、安石榴苷等抗氧化物質(zhì),具有很高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值。而石榴的商品價(jià)值主要取決于果實(shí)的外觀品質(zhì)和內(nèi)在品質(zhì),果皮色澤不僅影響果實(shí)的外觀性狀和市場(chǎng)價(jià)值,而且在很大程度上關(guān)系到果實(shí)的內(nèi)在品質(zhì)和營(yíng)養(yǎng)價(jià)值。研究石榴果皮中花青苷合成的分子機(jī)理不僅能為石榴果皮著色的研究奠定重要的理論基礎(chǔ),還可以利用克隆的重要基因?qū)κ襁M(jìn)行分子育種改良,從而改良石榴的外觀品質(zhì)。目前,對(duì)果樹(shù)如蘋果、葡萄等品種的花青苷合成的分子機(jī)理研究很深入,近年來(lái)石榴的花青苷合成的分子機(jī)理已經(jīng)成為石榴研究的熱點(diǎn),目前國(guó)內(nèi)還沒(méi)有任何石榴轉(zhuǎn)錄組測(cè)序方面的研究。本研究利用Illumina測(cè)序技術(shù)對(duì)石榴的果皮、籽粒進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,并且對(duì)果皮、籽粒的轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行比較分析和花青苷合成代謝等途徑的解析;對(duì)相關(guān)調(diào)控因子MYB基因進(jìn)行了基因克隆和功能預(yù)測(cè)研究,主要結(jié)果如下:1、石榴果皮、籽粒轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的序列組裝。使用Velvet、SOAP Denovo、Trini...

【文章頁(yè)數(shù)】：68 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
致謝
摘要
abstract
1 前言
    1.1 石榴概述
        1.1.1 石榴的生物學(xué)特性
        1.1.2 石榴的價(jià)值與栽培現(xiàn)狀
    1.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)概述
        1.2.1 轉(zhuǎn)錄組概念
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組研究方法概述
        1.2.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)發(fā)展歷程
        1.2.4 植物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究進(jìn)展
    1.3 花色苷概述
        1.3.1 花色苷生物合成途徑
    1.4 植物MYB轉(zhuǎn)錄因子
        1.4.1 MYB轉(zhuǎn)錄因子概述
        1.4.2 MYB轉(zhuǎn)錄因子對(duì)花青苷的調(diào)控研究
    1.5 本論文研究的內(nèi)容、目的、意義
2 石榴果皮、籽粒轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 石榴籽粒、果皮總RNA的提取
        2.1.3 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
        2.1.4 測(cè)序數(shù)據(jù)的統(tǒng)計(jì)與評(píng)估
        2.1.5 序列組裝
        2.1.6 Unigenes功能注釋
    2.2 結(jié)果與討論
        2.2.1 石榴果皮、籽粒總RNA提取
        2.2.2 測(cè)序統(tǒng)計(jì)與質(zhì)量分析
        2.2.3 序列組裝結(jié)果
        2.2.4 RNA-seq序列比對(duì)結(jié)果
        2.2.5 COG功能分類
        2.2.6 Unigenes GO功能分析
        2.2.7 KEGG代謝通路分析
3 石榴MYB基因的克隆與生物信息分析
    3.1 試驗(yàn)材料與方法
        3.1.1 植物材料
        3.1.2 主要試劑及儀器
        3.1.3 試驗(yàn)用具處理
        3.1.4 試驗(yàn)方法
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 MYB氨基酸序列相似性比較與系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析
        3.2.2 MYB理化性質(zhì)分析
        3.2.3 MYB信號(hào)肽分析
        3.2.4 MYB跨膜結(jié)構(gòu)分析
        3.2.5 MYB親疏水性分析
        3.2.6 MYB蛋白亞細(xì)胞定位
        3.2.7 MYB蛋白結(jié)構(gòu)功能域分析
        3.2.8 MYB蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
4 討論
    4.1 幾種轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)拼接軟件的比較
    4.2 石榴轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究
    4.3 MYB基因克隆及生物信息學(xué)分析
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄



本文編號(hào)：3856776