四照花屬(Cornus)植物隸屬于山茱萸科(Cornacease),多數(shù)種類為觀賞價值極高的園林綠化樹種,大花四照花、日本四照花和太平洋四照花等都因其奇特的苞片特征受到廣泛關(guān)注,大花四照花更是因極高的觀賞價值作為美國密蘇里州、北卡萊羅納州、華盛頓州等地的州花,極具開發(fā)利用價值。目前國內(nèi)市場上四照花種質(zhì)資源遺傳背景不清,品種名稱混亂,給鑒別造成一定困難,不利于種質(zhì)資源推廣、開發(fā)和利用。本研究以19份不同種及品種的四照花為試驗(yàn)材料,利用轉(zhuǎn)錄組測序?qū)λ恼栈ǖ腟SR分子標(biāo)記進(jìn)行開發(fā),優(yōu)化了 SSR-PCR反應(yīng)體系,同時探討了四照花不同種及品種之間的親緣關(guān)系,并構(gòu)建了品種的指紋圖譜,為更好的利用四照花種質(zhì)資源提供了依據(jù)。主要研究結(jié)果如下:(1)利用Illumina平臺的RNA-seq技術(shù)對大花四照花進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測序,得到了豐富的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),利用生物信息學(xué)軟件對獲得的Unigene進(jìn)行SSR位點(diǎn)的挖掘,共獲得30 401個SSR位點(diǎn),SSR的分布頻率為22.90%,平均分布距離為2.88 kb。SSR位點(diǎn)的重復(fù)類型以單核苷酸重復(fù)和二核苷酸重復(fù)為主,各占所有位點(diǎn)的45.73%和37.98%。綜合來看...

【文章頁數(shù)】：58 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
1. 引言
    1.1. 研究背景
    1.2. 四照花種質(zhì)資源研究進(jìn)展
        1.2.1. 四照花種質(zhì)資源的分類及分布
        1.2.2. 四照花屬植物研究概況
        1.2.3. 四照花種質(zhì)資源的開發(fā)與利用
    1.3. SSR分子標(biāo)記研究進(jìn)展
        1.3.1. SSR分子標(biāo)記的定義及特點(diǎn)
        1.3.2. SSR分子標(biāo)記的開發(fā)
        1.3.3. SSR分子標(biāo)記在植物中的應(yīng)用
    1.4. 指紋圖譜的發(fā)展及應(yīng)用
        1.4.1. 指紋圖譜的發(fā)展
        1.4.2. 指紋圖譜的現(xiàn)狀及應(yīng)用
    1.5. 研究目的和意義
2. 材料與方法
    2.1. 試驗(yàn)材料
    2.2. 試驗(yàn)方法
        2.2.1. 基因組DNA的提取
        2.2.2. 四照花SSR分子標(biāo)記開發(fā)
        2.2.3. SSR-PCR反應(yīng)體系的優(yōu)化及引物篩選
        2.2.4. 數(shù)據(jù)處理和分析
    2.3. 技術(shù)路線
3. 結(jié)果與分析
    3.1. 四照花基因組DNA提取結(jié)果
    3.2. 轉(zhuǎn)錄組SSR位點(diǎn)分布特征分析及引物設(shè)計(jì)
        3.2.1. 轉(zhuǎn)錄組測序與組裝
        3.2.2. 轉(zhuǎn)錄組SSR重復(fù)類型及基序類型
        3.2.3. 轉(zhuǎn)錄組SSR重復(fù)次數(shù)及長度分布
    3.3. SSR分子標(biāo)記的開發(fā)
        3.3.1. SSR-PCR反應(yīng)體系的優(yōu)化
        3.3.2. SSR引物篩選
        3.3.3. SSR位點(diǎn)遺傳參數(shù)分析
    3.4. 四照花種質(zhì)資源鑒定
        3.4.1. 四照花種質(zhì)資源間聚類分析
        3.4.2. 四照花指紋圖譜構(gòu)建
4. 討論
    4.1. 利用轉(zhuǎn)錄組開發(fā)SSR分子標(biāo)記
    4.2. 利用正交設(shè)計(jì)優(yōu)化PCR反應(yīng)體系
    4.3. 利用SSR引物分析親緣關(guān)系的可行性
    4.4. DNA指紋圖譜的構(gòu)建
    4.5. 四照花種質(zhì)資源的開發(fā)利用前景
5. 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
個人簡介
第一導(dǎo)師簡介
第二導(dǎo)師簡介
第三導(dǎo)師簡介
致謝



本文編號：3837395