辣椒（Capicum spp.）作為重要的蔬菜和調味料,在世界范圍內(nèi)被廣泛種植。黃瓜花葉病毒（CucumberMosaic Virus,CMV）是導致辣椒病毒病發(fā)生的主要病毒,具有巨大的危害性。CMV傳播范圍廣、速度快,利用化學藥劑等方式難以防治,而選育抗病品種是有效減輕該病害的方法之一。目前,辣椒育種主要是利用傳統(tǒng)育種方式,存在育種周期長、不良連鎖不易被打破等缺點。分子標記輔助選擇育種能夠克服傳統(tǒng)育種的缺陷,加速育種進程。本研究以辣椒基因組數(shù)據(jù)的公布為契機,基于高通量測序的SLAF-seq技術為基礎開展分子育種的基礎研究。本文研究主要包括以下三個方面內(nèi)容:以高抗CMV的灌木狀辣椒PBC688和不抗CMV的一年生辣椒G29為父母本構建F1和F2代群體,進行表型驗證;利用SLAF-seq技術定位抗CMV關聯(lián)區(qū)域;利用Indel標記進行抗CMV連鎖圖譜的構建和QTL定位,預測抗CMV相關基因。主要結論如下:（1）以高抗CMV的灌木狀辣椒PBC688和不抗CMV的一年生辣椒G29為父母本繁育后代,統(tǒng)計了父母本、F1、F2群體的發(fā)病率.結果顯示PBC688病情指數(shù)（DI）小于G29,F1代植株... 

【文章來源】：南京農(nóng)業(yè)大學江蘇省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：67 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
引言
第一章 文獻綜述
    1 黃瓜花葉病毒(CMV)
        1.1 黃瓜花葉病毒簡介
        1.2 黃瓜花葉病毒基因組結構
        1.3 黃瓜花葉病毒株系劃分
            1.3.1 根據(jù)寄主范圍和寄主反應劃分
            1.3.2 根據(jù)基因組RNA劃分
        1.4 黃瓜花葉病毒傳播途徑與癥狀
        1.5 辣椒抗黃瓜花葉病毒遺傳分析
        1.6 辣椒抗黃瓜花葉病毒相關QTL定位及連鎖標記分析
            1.6.1 辣椒抗CMV相關QTL定位
            1.6.2 辣椒抗CMV相關基因的連鎖標記分析
        1.7 辣椒抗CMV種質資源現(xiàn)狀及抗性機制分析
            1.7.1 辣椒抗CMV種質資源現(xiàn)狀
    2 辣椒抗CMV分子輔助育種
        2.1 分子標記類型
            2.1.1 插入/缺失多態(tài)性(Insertion/deletion,Indel)標記
            2.1.2 單核苷酸多態(tài)性標記
        2.2 分子標記輔助育種類型
            2.2.1 標記輔助回交
            2.2.2 基因聚合
            2.2.3 標記輔助輪回選擇
            2.2.4 全基因組選擇
    3 高通量測序NGS和集群分離分析方法BSA
        3.1 高通量測序(High-Throughput Sequencing)
            3.1.1 高通量測序(High-Throughput Sequencing)原理與技術流程
            3.1.2 高通量測序優(yōu)點
            3.1.3 單分子測序技術
            3.1.4 高通量測序技術在農(nóng)業(yè)科學研究中的應用
                3.1.4.1 全基因組測序
                3.1.4.2 基因組重測序
                3.1.4.3 簡化基因組測序
                3.1.4.4 轉錄組測序
        3.2 集群分離分析方法BSA
            3.2.1 DNA池的構建
    4 SLAF-seq(specific length amplified fragment se-quencing)技術
        4.1 多態(tài)性SLAF標簽后續(xù)檢驗方法
            4.1.1 CAPS標記開發(fā)
            4.1.2 dCAPS標記的開發(fā)
            4.1.3 等位基因特異PCR (AS-PCR)
            4.1.4 單鏈構象多態(tài)性
第二章 基于SLAF-seq技術定位辣椒抗黃瓜花葉病毒病基因
    1 辣椒抗CMV表型鑒定
        1.1 材料和方法
            1.1.1 供試材料
            1.1.2 父母本接種CMV方法
                1.1.2.1 接種液制備
                1.1.2.2 接種方法
        1.2 結果與分析
    2 利用SLAF-seq技術定位抗CMV關聯(lián)區(qū)域
        2.1 材料和方法
        2.2 SLAF-seq文庫構建和SLAF-seq標簽開發(fā)
            2.2.1 酶切方案
            2.2.2 SLAF標記開發(fā)
            2.2.3 SLAF多態(tài)性分析
            2.2.4 SLAF標簽在染色體上的分布
            2.2.5 多態(tài)性SLAF標簽篩選
            2.2.6 SNP_index標記關聯(lián)分析
        2.3 重測序結果分析
            2.3.1 參考基因組對比統(tǒng)計
            2.3.2 SNP檢測
        2.4 重測序結果與SLAF結果整合分析
            2.4.1 關聯(lián)區(qū)域分析
        2.5 關聯(lián)結果功能分析
            2.5.1 關聯(lián)區(qū)域基因注釋
            2.5.2 關聯(lián)區(qū)域內(nèi)基因的KEGG富集分析
            2.5.3 關聯(lián)區(qū)域內(nèi)基因COG分類統(tǒng)計
    3 利用Indel標記進行抗CMV連鎖圖譜的構建和QTL定位
        3.1 Indel標記的開發(fā)
        3.2 Indel標記分析的材料與方法
            3.2.1 試驗材料
                3.2.1.1 植物DNA的提取
                3.3.1.2 Indel標記分析的方法
            3.2.2 InDel標記多態(tài)性結果
        3.3 結果與分析
        3.4 候選QTL區(qū)域生物信息學分析確定辣椒抗CMV候選基因
全文結論
創(chuàng)新之處
參考文獻
附錄
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
[1]辣椒抗黃瓜花葉病毒病研究進展[J]. 郭廣君,刁衛(wèi)平,劉金兵,潘寶貴,戈偉,王述彬.  華北農(nóng)學報. 2014(S1)
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[3]甜(辣)椒病毒病室內(nèi)接種鑒定技術研究[J]. 嚴立斌,范妍芹,孫英濤,婁曉黎.  河北農(nóng)業(yè)科學. 2012(05)
[4]辣椒CMV廣州分離物的鑒定及辣椒材料抗病性篩選[J]. 孫秀東,雷建軍,周淑梅,陳國菊,曹必好,劉愛媛.  中國蔬菜. 2008(03)
[5]貴州地方辣椒種質資源抗病性評價[J]. 吳躍勇,崔德祥.  種子. 2007(10)
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[9]辣椒抗病毒病種質資源創(chuàng)新研究初報[J]. 黃啟中,呂中華,黃任中,林清,史思茹,雷蕾.  辣椒雜志. 2004(04)
[10]辣椒主要病害抗性雙列雜交分析[J]. 鄒學校,侯喜林,陳文超,劉榮云,張竹青,馬艷青,戴雄澤,楊宇紅.  中國農(nóng)業(yè)科學. 2004(11)

博士論文
[1]辣椒病毒病研究[D]. 張竹青.湖南農(nóng)業(yè)大學 2009

碩士論文
[1]辣椒抗CMV基因同源序列克隆與分子標記研究[D]. 楊學玲.南京農(nóng)業(yè)大學 2009
[2]辣椒抗黃瓜花葉病毒（CMV）遺傳分析及ISSR分子標記篩選[D]. 吳小麗.揚州大學 2007



本文編號：3501796