菊花（Chrysanthemum×morifolium Ramat）是菊科、菊屬多年生草本植物,是中國十大傳統(tǒng)名花之一,具有重要的觀賞和經(jīng)濟價值。菊花在1600多年的栽培歷史中產(chǎn)生了豐富的變異,呈現(xiàn)出千姿百態(tài),菊花變異起源的問題一直是研究者普遍關(guān)注的一個重要命題。在一些研究中發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)座可導(dǎo)致物種產(chǎn)生變異,但菊花中還未有相關(guān)報道。對菊花轉(zhuǎn)座子進行深入研究,探明其起源與進化的歷程,對了解菊花的進化過程及培育新品種材料都有重要的意義。由于菊花基因組比較大、變異性和結(jié)構(gòu)都很復(fù)雜,目前對菊花基因組進行全面測序比較困難,沒有可供利用的觀賞型多倍體基因組序列,這限制了對菊花反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子的深入研究。近年來,隨著高通量測序技術(shù)快速發(fā)展,單分子實時測序技術(shù)（該技術(shù)能對較長片段進行測序,現(xiàn)已成為全長轉(zhuǎn)錄組測序的主要采用方法之一）得以廣泛應(yīng)用。本研究利用該方法對傳統(tǒng)菊花品種‘金背大紅’進行了全長轉(zhuǎn)錄組測序。本研究以測序分析結(jié)果為依據(jù),通過信息學(xué)分析對全長轉(zhuǎn)錄本中的長末端重復(fù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（Long terminal repeat,LTR）和微型終端重復(fù)反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子（Terminal-repeat retro... 

【文章來源】：河南大學(xué)河南省

【文章頁數(shù)】：90 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

長度及質(zhì)量分布

i圖 2-2 功能注釋統(tǒng)計結(jié)果，橫坐標為分類，縱坐標左邊為基因數(shù)目所占百分比，右邊為基因數(shù)分類內(nèi)容，縱坐標為基因數(shù)目；i： KEGG 分類圖，橫坐標為基因所縱坐標為分類。Fig 2-2 Functional notes statistical results classification map, abscissa for classification, ordinate left for the percenr the number of genes; h: KOG classification map, abscissa for classificatimber of genes; i: KEGG classification map, abscissa is the percentage of geis the classification.

點總數(shù)的 24.6%；5’UTR 區(qū)有 28,651 個，占所有 SSR 位點總數(shù)的 44.2%；3’,903 個，占所有 SSR 位點總數(shù)的 30.7%，如表 2-1。表 2-1 SSR 位點鑒定及分布統(tǒng)計結(jié)果展示Table 2-1 Statistical results of SSR loci identification and distributionD SSR nr SSR type SSR size start end SSR_distrib59/1679 1 P2(AC)6 12 43 54 5-UTR60/2009 1 P3(ACA)6 18 1304 1321 CDS37/1659 1 P2(CA)14 28 5 32 5-UTR37/1659 2 P1(T)10 10 1319 1328 3-UTR48/1989 1 P3(ACA)5 15 1286 1300 CDS.3.4 CDS 及長鏈非編碼 RNA 預(yù)測過BLAST比對NR數(shù)據(jù)庫和ESTScan對141,817個高質(zhì)量非冗余FLNC進行STScan 軟件預(yù)測的 CDS 的結(jié)果如圖 2-3，高質(zhì)量非冗余 FLNC CDS 預(yù)測的表 2-2。

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3455325