基于葉綠體基因和微衛(wèi)星的中國西南地區(qū)特有種泡核桃譜系地理學和群體結(jié)構(gòu)研究
發(fā)布時間:2021-10-11 01:36
中國西南地區(qū)具有活躍的構(gòu)造,形成了一個動態(tài)的、嚴重侵蝕的景觀,從而影響動、植物居群的遺傳結(jié)構(gòu)。泡核桃是中國特有的落葉經(jīng)濟樹種,已經(jīng)長期栽培,營養(yǎng)價值高。另外泡核桃是喬木,枝繁葉茂,具有凈化空氣的能力,常常用于綠化和觀賞。本研究使用5個葉綠體DNA序列片段和22個核微衛(wèi)星位點標記對中國西南地區(qū)的36個野生泡核桃居群共765個個體進行了基因測序,推斷泡核桃的遺傳多樣性、遺傳結(jié)構(gòu)、遺傳分化和當代/歷史基因流水平。本次研究的結(jié)果表和結(jié)論如下:1、泡核桃的遺傳多樣性。基于cpDNA標記,泡核桃確實具有相對較低的遺傳多樣性(Hd=0.2026;π=0.00080);贓ST-SSR標記,36個居群的期望雜合度(HE)低于胡桃屬的其他種(黑核桃:HE=0.807;胡桃楸:HE=0.77)。導(dǎo)致這個現(xiàn)象的原因可能是:泡核桃是地方性物種,具有相對較小的種群規(guī)模,由于基因漂變、奠基者效應(yīng)和其他隨機原因,通常會比那些更常見和分布更廣的物種具有較低的遺傳多樣性。2、泡核桃的遺傳分化。在母系遺傳cpDNA標記中居群遺傳分化...
【文章來源】:西北大學陜西省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:84 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
基于溯祖方法對群體中個體譜系的理論模型
2.1 樣品的采集根據(jù)國家標本平臺(NSII;http://www.nsii.org.cn/2017/home.php)和中國數(shù)字標本館(CVH;http://www.cvh.ac.cn/class)泡核桃物種分布范圍標本數(shù)據(jù)的記錄。在 2015-201年期間,我們對大多數(shù)泡核桃的自然地理分布區(qū)進行了全面的野外調(diào)查和樣品采集,本研究的植物樣品均采自云南和貴州兩省的山林,林道或者村莊附近,一共采集了 36 個居群,765 個個體。樣本詳細信息可于表一中查詢(表 2.1),樣本點地理位置見圖 2.1所有取樣的樹木都是成熟、健康的成年樹,每個采樣個體之間至少相隔 50 m,根據(jù)物種分布和種群大小不同,每個居群采集 6-31 個個體的新鮮葉片,并置于放硅膠的塑封袋中密封干燥,保存于西北大學進化實驗室內(nèi)。所有樣本均根據(jù)中國植物志鑒定[Flora oChina, 1999]。同時測定并記錄每個采集樣點的經(jīng)緯度和海拔。然后使用 ArcGIS v10.(ESRI Inc., Redlands, California, USA)繪制所有樣本點的地理分布圖。
圖 2.2 3 個泡核桃的預(yù)測進化歷史情景模式Fig 2.2 3 predict evolutionary historical scenarios patterns for J. sigillata i附注 1:N1,N2 代表有效群體大小附注 2:t 代表世代數(shù)附注 3:Pop1 包括泡核桃 22 個居群的 377 個個體,Pop2 包括泡核桃 14 個居群的Note1: N1, N2 show effective population sizeNote2: t shows generation numbersNote3: Pop1 includes 377 individuals in 22 populations and Pop2 includes 388populations
【參考文獻】:
期刊論文
[1]分子鐘假說的基本原理及在古生物等學科中的應(yīng)用[J]. 劉曉楓,張愛兵. 古生物學報. 2016(03)
[2]胡桃屬植物分子系統(tǒng)發(fā)育和生物地理研究進展[J]. 趙鵬,周惠娟,劉占林,Keith E. Woeste,呼東峰,黨萌,李忠虎,王瑪麗,趙桂仿. 林業(yè)科學. 2014(11)
[3]珍貴樹種核桃楸的生態(tài)學問題及培育前景[J]. 馬萬里,羅菊春,荊濤,Joni Kujansuu. 內(nèi)蒙古師范大學學報(自然科學漢文版). 2005(04)
[4]云南省珍稀瀕危植物及國家保護植物區(qū)系成分分析[J]. 鄒新慧,何平,陳建民,馬洪菊. 西南師范大學學報(自然科學版). 2002(06)
[5]種間雜交培育的5個核桃早實新品系[J]. 范志遠,習學良. 湖南林業(yè)科技. 2002(01)
[6]運用RAPD對核桃屬種間親緣關(guān)系的研究[J]. 吳燕民,裴東,奚聲珂,李嘉瑞. 園藝學報. 2000(01)
[7]云南麻核桃授粉特性研究[J]. 王大來,劉德良,張琴. 湖南林業(yè)科技. 1999(01)
碩士論文
[1]胡桃組植物遺傳標記開發(fā)應(yīng)用和中國核桃譜系進化歷史研究[D]. 馮曉佳.西北大學 2018
[2]枹櫟和短柄枹櫟的居群遺傳結(jié)構(gòu)和譜系地理學研究[D]. 王雁紅.西北大學 2015
本文編號:3429537
【文章來源】:西北大學陜西省 211工程院校
【文章頁數(shù)】:84 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
基于溯祖方法對群體中個體譜系的理論模型
2.1 樣品的采集根據(jù)國家標本平臺(NSII;http://www.nsii.org.cn/2017/home.php)和中國數(shù)字標本館(CVH;http://www.cvh.ac.cn/class)泡核桃物種分布范圍標本數(shù)據(jù)的記錄。在 2015-201年期間,我們對大多數(shù)泡核桃的自然地理分布區(qū)進行了全面的野外調(diào)查和樣品采集,本研究的植物樣品均采自云南和貴州兩省的山林,林道或者村莊附近,一共采集了 36 個居群,765 個個體。樣本詳細信息可于表一中查詢(表 2.1),樣本點地理位置見圖 2.1所有取樣的樹木都是成熟、健康的成年樹,每個采樣個體之間至少相隔 50 m,根據(jù)物種分布和種群大小不同,每個居群采集 6-31 個個體的新鮮葉片,并置于放硅膠的塑封袋中密封干燥,保存于西北大學進化實驗室內(nèi)。所有樣本均根據(jù)中國植物志鑒定[Flora oChina, 1999]。同時測定并記錄每個采集樣點的經(jīng)緯度和海拔。然后使用 ArcGIS v10.(ESRI Inc., Redlands, California, USA)繪制所有樣本點的地理分布圖。
圖 2.2 3 個泡核桃的預(yù)測進化歷史情景模式Fig 2.2 3 predict evolutionary historical scenarios patterns for J. sigillata i附注 1:N1,N2 代表有效群體大小附注 2:t 代表世代數(shù)附注 3:Pop1 包括泡核桃 22 個居群的 377 個個體,Pop2 包括泡核桃 14 個居群的Note1: N1, N2 show effective population sizeNote2: t shows generation numbersNote3: Pop1 includes 377 individuals in 22 populations and Pop2 includes 388populations
【參考文獻】:
期刊論文
[1]分子鐘假說的基本原理及在古生物等學科中的應(yīng)用[J]. 劉曉楓,張愛兵. 古生物學報. 2016(03)
[2]胡桃屬植物分子系統(tǒng)發(fā)育和生物地理研究進展[J]. 趙鵬,周惠娟,劉占林,Keith E. Woeste,呼東峰,黨萌,李忠虎,王瑪麗,趙桂仿. 林業(yè)科學. 2014(11)
[3]珍貴樹種核桃楸的生態(tài)學問題及培育前景[J]. 馬萬里,羅菊春,荊濤,Joni Kujansuu. 內(nèi)蒙古師范大學學報(自然科學漢文版). 2005(04)
[4]云南省珍稀瀕危植物及國家保護植物區(qū)系成分分析[J]. 鄒新慧,何平,陳建民,馬洪菊. 西南師范大學學報(自然科學版). 2002(06)
[5]種間雜交培育的5個核桃早實新品系[J]. 范志遠,習學良. 湖南林業(yè)科技. 2002(01)
[6]運用RAPD對核桃屬種間親緣關(guān)系的研究[J]. 吳燕民,裴東,奚聲珂,李嘉瑞. 園藝學報. 2000(01)
[7]云南麻核桃授粉特性研究[J]. 王大來,劉德良,張琴. 湖南林業(yè)科技. 1999(01)
碩士論文
[1]胡桃組植物遺傳標記開發(fā)應(yīng)用和中國核桃譜系進化歷史研究[D]. 馮曉佳.西北大學 2018
[2]枹櫟和短柄枹櫟的居群遺傳結(jié)構(gòu)和譜系地理學研究[D]. 王雁紅.西北大學 2015
本文編號:3429537
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