魔芋是天南星科多年生草本植物,特有的魔芋葡甘露聚糖具有廣泛的應用。然而魔芋生活周期較長,影響魔芋有性雜交育種工作的開展。針對魔芋花芽分化的機制尚不明確這一問題,本研究以花魔芋為試驗材料,用二代測序技術對花芽和葉芽進行轉錄組測序和基因功能分析,共獲得61.03 Gb的數(shù)據(jù),組裝后得到184 366條Transcript和95 707條Unigene序列,其中29 685條Unigene注釋成功,占全部Unigene的31.00%。差異基因表達分析發(fā)現(xiàn),與花芽相比,葉芽中有781個基因的表達上調,1 822個基因的表達下調。KEGG信號通路分析發(fā)現(xiàn),35個基因參與植物激素信號轉導通路,暗示激素可能在花芽和葉芽的分化過程中發(fā)揮重要作用。本研究為深入開展魔芋花芽分化的分子機制研究提供了一定的理論基礎。 

【文章來源】：分子植物育種. 2020,18(16)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

差異表達基因分析

隨著高通量測序技術的發(fā)展，轉錄組測序在研究功能基因組學、探究代謝途徑等方面發(fā)揮著重要作用(劉紅亮等,2013;Liu et al.,2013)。本研究在沒有參考基因組的情況下，對花魔芋和花芽和葉芽進行轉錄組測序及分析，共獲得了61.03 Gb的數(shù)據(jù)，Transcript和Unigene的N50分別為2 216 bp和1 442 bp,Q30堿基百分比均不小于89.66%，組裝效果較為理想。在后續(xù)的分析中鑒定出6種類型的SSR標記和2 603個差異表達基因，其中1 822個基因在花芽中表達上調。GO功能分析和KEGG代謝通路分析發(fā)現(xiàn)，差異表達基因較集中在淀粉和蔗糖代謝通路以及植物激素信號轉導通路。本研究數(shù)據(jù)豐富了魔芋轉錄組數(shù)據(jù)庫，為進一步研究魔芋花芽和葉芽分化及其分子機制提供了一定的基礎。3 材料與方法

將凍存樣品在液氮中研磨，用TRIzol Reagent(Invitrogen,美國)提取總RNA，分別采用Nanodrop2 000和瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA樣品的純度和質量。樣品檢測合格后，構建文庫，并用Q-PCR方法對文庫的質量進行檢驗，檢驗合格后用Illumina Hi Seq2 000進行高通量測序。3.3 測序數(shù)據(jù)處理

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3410511