康定櫻桃居群遺傳多樣性的SSR分析
發(fā)布時間:2021-08-07 00:03
康定櫻桃(Cerasus tatsienensis(Batal.)Yu et Li)隸屬于薔薇科Rosaceae櫻屬Cerasus,為我國特有種,種質(zhì)資源豐富,廣泛分布于中國的中部和西南部。其觀賞價值與木材加工價值很高,可在引種馴化后投入應(yīng)用。不過,野生康定櫻桃的生存空間受到了自然環(huán)境惡化和人為破壞等因素的沖擊,且國內(nèi)外對康定櫻桃野生資源的系統(tǒng)研究極少。因此,對康定櫻桃開展居群遺傳多樣性與遺傳結(jié)構(gòu)的研究,收集利用野生優(yōu)良康定櫻桃資源,以及改良康定櫻桃的遺傳特性等都具有重要意義。從康定櫻桃自然分布區(qū)中,采集了17個具有代表性群體的實驗材料,經(jīng)過CTAB-硅珠法提取其總DNA,篩選得到的25對SSR引物,用10μl的PCR體系進(jìn)行擴增,再經(jīng)過8%尿素-聚丙烯酰胺變性膠電泳及銀染過程得到目的條帶。運用GenAlEx 6.502軟件、Popgen 32軟件、NTSYSpc 2.10e軟件、Structure軟件分析康定櫻桃的相關(guān)遺傳數(shù)據(jù),分析康定櫻桃居群的遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu),討論影響其遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)的內(nèi)外部因素。主要研究結(jié)果如下:(1)康定櫻桃的遺傳多樣性。對上述17個居群的251個個...
【文章來源】:南京林業(yè)大學(xué)江蘇省
【文章頁數(shù)】:62 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
康定櫻桃全國采集居群地點標(biāo)注Figure2-2MarkingofcollectingplaceofC.tatsienensisinChina從中國野生康定櫻桃自然分布區(qū)中,采集具有代表性的康定櫻桃居群的實驗材料,每
圖 3-1 CTAB-硅珠法提取的康定櫻桃總 DNA 電泳圖Figure3-1 The electrophoresis of total extracted DNA of C. tatsienensis by CTAB - silicon bead methods3.2 引物篩選與 PCR 擴增利用已提好的康定櫻桃 DNA 進(jìn)行初篩,得到了 31 對具有多態(tài)性的 SSR 引物,再經(jīng)過比較與分析,復(fù)篩得到了 25 對多態(tài)性強、擴增條帶穩(wěn)定、特異性好的 SSR 引物,各引物的具體信息見表 3-2,部分引物的擴增情況見圖 3-3。從已篩得的引物信息上可以看出,引物得到的片段長短不一,大部分片段長度在 20bp 以下,少數(shù)片段長度達(dá)到 300 bp 以上,這種情況下需要對聚丙烯酰胺凝膠電泳時的電泳時間作調(diào)整,不能一概而論。電泳時間過長會導(dǎo)致目的條帶跑出膠條外,導(dǎo)致實驗失敗電泳時間過短,目的條帶表現(xiàn)緊湊,讀數(shù)誤差偏大。從退火溫度 Tm來看,大多數(shù)引物適應(yīng)于 55 ℃條件下,最低 Tm為 50 ℃,最高 Tm為 60 ℃。從循環(huán)次數(shù)來看,絕大多數(shù)引物在循環(huán)次數(shù)為 30 次時,表現(xiàn)出良好的特異性。
引物序列primer sequence (5 -3 )觀測片段長度observed fragmentsize/bp退火溫度(Tm)annealingtemperature/℃循環(huán)數(shù)circle/次來源originAGTTCAGTGTCTACACTCACATCATTCAGCCACTGC174-191 55 30ArmeniacacathayanaEST-SSRTCCCAGGTTAAACTCTTTGACACATGC132-152 58 30sweet cheerygenomic DNAAGGCCAAGGCAACCCGGTTATATGC160-188 55 30C. pseudocerasSSRTCCCAGGTTAAACTCCTTTTGACACATGC122-146 58 30C. pseudocerasSSRCTGGGCTATGGCGCACATTTACGACAGGG253 59 30P. persica(peacSSR
本文編號:3326743
【文章來源】:南京林業(yè)大學(xué)江蘇省
【文章頁數(shù)】:62 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
康定櫻桃全國采集居群地點標(biāo)注Figure2-2MarkingofcollectingplaceofC.tatsienensisinChina從中國野生康定櫻桃自然分布區(qū)中,采集具有代表性的康定櫻桃居群的實驗材料,每
圖 3-1 CTAB-硅珠法提取的康定櫻桃總 DNA 電泳圖Figure3-1 The electrophoresis of total extracted DNA of C. tatsienensis by CTAB - silicon bead methods3.2 引物篩選與 PCR 擴增利用已提好的康定櫻桃 DNA 進(jìn)行初篩,得到了 31 對具有多態(tài)性的 SSR 引物,再經(jīng)過比較與分析,復(fù)篩得到了 25 對多態(tài)性強、擴增條帶穩(wěn)定、特異性好的 SSR 引物,各引物的具體信息見表 3-2,部分引物的擴增情況見圖 3-3。從已篩得的引物信息上可以看出,引物得到的片段長短不一,大部分片段長度在 20bp 以下,少數(shù)片段長度達(dá)到 300 bp 以上,這種情況下需要對聚丙烯酰胺凝膠電泳時的電泳時間作調(diào)整,不能一概而論。電泳時間過長會導(dǎo)致目的條帶跑出膠條外,導(dǎo)致實驗失敗電泳時間過短,目的條帶表現(xiàn)緊湊,讀數(shù)誤差偏大。從退火溫度 Tm來看,大多數(shù)引物適應(yīng)于 55 ℃條件下,最低 Tm為 50 ℃,最高 Tm為 60 ℃。從循環(huán)次數(shù)來看,絕大多數(shù)引物在循環(huán)次數(shù)為 30 次時,表現(xiàn)出良好的特異性。
引物序列primer sequence (5 -3 )觀測片段長度observed fragmentsize/bp退火溫度(Tm)annealingtemperature/℃循環(huán)數(shù)circle/次來源originAGTTCAGTGTCTACACTCACATCATTCAGCCACTGC174-191 55 30ArmeniacacathayanaEST-SSRTCCCAGGTTAAACTCTTTGACACATGC132-152 58 30sweet cheerygenomic DNAAGGCCAAGGCAACCCGGTTATATGC160-188 55 30C. pseudocerasSSRTCCCAGGTTAAACTCCTTTTGACACATGC122-146 58 30C. pseudocerasSSRCTGGGCTATGGCGCACATTTACGACAGGG253 59 30P. persica(peacSSR
本文編號:3326743
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