發(fā)布時(shí)間：2021-07-19 21:15

　　基于金針菇基因組與轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),利用在線軟件BLAST鑒定了一個(gè)擴(kuò)張蛋白類似物編碼基因,命名為fvexpl2,并對(duì)其基因結(jié)構(gòu)進(jìn)行了鑒定,通過(guò)構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的方法分析了fvexpl2與擔(dān)子菌、子囊菌擴(kuò)張蛋白類似物以及植物擴(kuò)張蛋白之間的親緣關(guān)系。結(jié)果表明:擴(kuò)張蛋白類似物外顯子的數(shù)目為4個(gè),內(nèi)含子的數(shù)目為3個(gè),并且CDS的長(zhǎng)度是438 bp,分子量為15 746.88 Da,等電點(diǎn)為4.93;進(jìn)化樹(shù)圖顯示fvexpl2與擔(dān)子菌類擴(kuò)張蛋白處于同一亞支,親緣關(guān)系較近。實(shí)時(shí)熒光定量PCR結(jié)果則表明fvexpl2在菌柄伸長(zhǎng)部位具有較高的表達(dá)水平,其表達(dá)水平遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于菌蓋、原基以及菌絲部位的表達(dá)水平,且其在伸長(zhǎng)較快部位表達(dá)水平顯著高于伸長(zhǎng)較慢部位表達(dá)水平,所以fvexpl2可能對(duì)菌柄伸長(zhǎng)起重要作用。 

【文章來(lái)源】：北方園藝. 2020,(12)北大核心

【文章頁(yè)數(shù)】：7 頁(yè)

【部分圖文】：

FVEXPL2系統(tǒng)進(jìn)化分析

對(duì)fvexpl2基因組序列前后延長(zhǎng)500 bp,作為參考序列,傳至ZOOM軟件利用金針菇轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行結(jié)構(gòu)分析,發(fā)現(xiàn)其有4個(gè)外顯子,3個(gè)內(nèi)含子,內(nèi)含子與外顯子相接處為GT-AG,起止位置分別為638～688、806～859和948～997,長(zhǎng)度分別是51、54、50 bp。去除內(nèi)含子序列后,得到fvexpl2的CDS序列,長(zhǎng)438 bp,可編碼146個(gè)氨基酸。利用GSDS2.0繪制其結(jié)構(gòu)(圖2)。參數(shù)設(shè)置:reads為pair-end的模式;reads的容錯(cuò)長(zhǎng)度為40 bp。圖2 fvexpl2的基因結(jié)構(gòu)

fvexpl2的基因結(jié)構(gòu)

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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