近交衰退作為一種重要的遺傳學(xué)現(xiàn)象，在動(dòng)植物中廣泛存在。由近交而引起的生物適應(yīng)性衰退一直是進(jìn)化生物學(xué)、物種保護(hù)和育種等領(lǐng)域的研究重點(diǎn)。海洋雙殼貝類由于其高繁殖力及多樣交配系統(tǒng)，正逐漸成為研究近交衰退的良好模式生物。蝦夷扇貝(Patinopecten yessoensis)是我國(guó)北方重要的經(jīng)濟(jì)養(yǎng)殖貝類，近年來(lái)養(yǎng)殖群體出現(xiàn)了一定的近交現(xiàn)象，本研究從性狀、基因組和轉(zhuǎn)錄組三個(gè)水平對(duì)蝦夷扇貝近交衰退的表現(xiàn)、可能的遺傳機(jī)制、表達(dá)譜特點(diǎn)等方面進(jìn)行研究。 1.蝦夷扇貝近交衰退的生物學(xué)效應(yīng) 蝦夷扇貝通常是雌雄異體，但在養(yǎng)殖群體中發(fā)現(xiàn)了一定比例的雌雄同體現(xiàn)象。本研究利用雌雄同體的蝦夷扇貝構(gòu)建了近交系數(shù)為0.5的自交家系，同時(shí)構(gòu)建了近交系數(shù)為0.25的F2代家系和普通對(duì)照家系，通過(guò)記錄不同近交系數(shù)、在生活史不同階段的不同性狀分析蝦夷扇貝中的近交效應(yīng)。研究發(fā)現(xiàn)不同的近交系數(shù)對(duì)衰退率的影響不同：自交系孵化率的衰退是F2代的6.2倍，自交系幼蟲不同階段存活率、生長(zhǎng)性狀的衰退較F2家系也分別提高了3.7⁷.8、1.5³.1倍。不同性狀在近交衰退中的表現(xiàn)也不同，與適應(yīng)性聯(lián)系緊...

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 緒論
    第一節(jié) 近交及近交衰退的研究進(jìn)展
        0 引言
        1 近交的生物學(xué)效應(yīng)及影響因素
            1.1 近交衰退及表現(xiàn)
            1.2 影響近交衰退的因素
            1.3 近交的積極意義
        2 近交衰退遺傳機(jī)制的兩種假說(shuō)
        3 近交相關(guān)參數(shù)的計(jì)算
            3.1 近交系數(shù)
            3.2 近交衰退率
            3.3 近交負(fù)荷
        4 近交對(duì)遺傳負(fù)荷的清除
        5 雙殼貝類近交效應(yīng)研究進(jìn)展
            5.1 雙殼貝類近交的研究現(xiàn)狀及問(wèn)題
            5.2 雙殼貝類的性別表現(xiàn)與雌性同體
        6 蝦夷扇貝概述、雌雄同體現(xiàn)象及研究意義
    第二節(jié) SNP 標(biāo)記及遺傳連鎖圖譜的應(yīng)用
        0 引言
        1 SNP 標(biāo)記概述
            1.1 分子標(biāo)記技術(shù)的發(fā)展
            1.2 SNP 標(biāo)記的特點(diǎn)
            1.3 SNP 的檢測(cè)方法
            1.4 高通量測(cè)序技術(shù)
            1.5 SNP 在遺傳研究中的應(yīng)用
        2 遺傳連鎖圖譜
            2.1 遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建過(guò)程
                2.1.1 作圖群體
                2.1.2 作圖標(biāo)記
                2.1.3 連鎖分析與作圖
            2.2 遺傳連鎖圖譜的應(yīng)用：
                2.2.1 基因定位
                2.2.2 分子標(biāo)記輔助育種
                2.2.3 比較基因組研究
        3 水產(chǎn)動(dòng)物分子標(biāo)記及遺傳圖譜相關(guān)研究進(jìn)展
    第三節(jié) 轉(zhuǎn)錄組水平的差異基因表達(dá)分析
        0 引言
        1 傳統(tǒng)差異基因表達(dá)分析法
        2 高通量差異基因分析方法
            2.1 基因芯片技術(shù)
            2.2 數(shù)字基因表達(dá)譜（DGE）
        3 RNA-Seq 的原理和應(yīng)用
            3.1 RNA-Seq 的概念及原理
            3.2 RNA-Seq 的優(yōu)勢(shì)
            3.3 RNA-Seq 的應(yīng)用
            3.4 基于 RNA-Seq 的數(shù)據(jù)處理：
        4 海洋生物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序研究進(jìn)展
    第四節(jié) 本論文研究的目的及意義
第二章 蝦夷扇貝自交、近交家系的構(gòu)建及近交生物學(xué)效應(yīng)
    前言
    第一節(jié) 蝦夷扇貝養(yǎng)殖群體自交、近交全同胞家系的構(gòu)建
        1 材料與方法
            1.1 材料來(lái)源
            1.2 親貝的促熟及催產(chǎn)
            1.3 家系的構(gòu)建與孵化
            1.4 選幼及幼蟲培育
            1.5 稚貝的保苗和養(yǎng)成
            1.6 取樣及性狀測(cè)量
            1.7 近交系數(shù)的計(jì)算及數(shù)據(jù)分析
        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            2.1 自交家系與 F2家系的近交系數(shù)
            2.2 受精率和孵化率的比較
            2.3 幼蟲階段生長(zhǎng)的比較
            2.4 幼蟲存活率的比較
            2.5 養(yǎng)成期生長(zhǎng)與存活的比較
        3 討論
            3.1 蝦夷扇貝自交家系構(gòu)建的方法與意義
            3.2 不同近交組近交衰退的初步表現(xiàn)
    第二節(jié) 基于不同性狀和近交系數(shù)的蝦夷扇貝近交衰退分析
        1 材料與方法
        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            2.1 近交衰退率的計(jì)算
            2.2 近交衰退率隨不同時(shí)期、不同性狀的變化特點(diǎn)
            2.3 近交負(fù)荷荷的計(jì)算及及回歸分析
        3 討論
            3.1 兩類不同性狀的近交衰退調(diào)控方式
            3.2 海洋貝類的繁殖特點(diǎn)及自交帶來(lái)的影響
            3.3 清除遺傳負(fù)荷對(duì)維持高雜合度的影響
        4 小結(jié)
第三章 蝦夷扇貝自交家系的 SNP 開發(fā)及遺傳連鎖圖譜構(gòu)建
    引言
    第一節(jié) 基于自交家系的高通量 SNP 開發(fā)及偏分離分析
        1 實(shí)驗(yàn)材料和方法
            1.1 實(shí)驗(yàn)家系材料
            1.2 自交家系子代個(gè)體的親子鑒定
            1.3 Illumina 測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建過(guò)程
                1.3.1 主要儀器及試劑
                1.3.2 蝦夷扇貝基因組 DNA 的提取
                1.3.3 基因組 DNA 酶切
                1.3.4 測(cè)序接頭連接
                1.3.5 酶切標(biāo)簽的 PCR 擴(kuò)增
                1.3.6 目的產(chǎn)物切膠回收
                1.3.7 接頭延伸
                1.3.8 產(chǎn)物純化及濃度測(cè)定
                1.3.9 Illumina 高通量測(cè)序
            1.4 測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)處理
            1.5 SNP 標(biāo)記的開發(fā)及分型
            1.6 標(biāo)記偏分離情況的計(jì)算
            1.7 不同時(shí)期標(biāo)記分離的驗(yàn)證
        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            2.1 自交家系子代親子鑒定
            2.2 接頭的選擇與文庫(kù)構(gòu)建
            2.3 測(cè)序數(shù)據(jù)預(yù)處理與分型
            2.4 標(biāo)記偏分離情況
            2.5 偏分離現(xiàn)象的驗(yàn)證
        3 討論
            3.1 偏分離現(xiàn)象的主要原因
            3.2 合子偏分離與配子偏分離
            3.3 顯性效應(yīng)與超顯性效應(yīng)
            3.4 不同時(shí)期的驗(yàn)證
    第二節(jié) 基于自交系的高密度遺傳連鎖圖譜構(gòu)建
        1 實(shí)驗(yàn)材料和方法
            1.1 作圖家系及標(biāo)記
            1.2 遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
            1.3 遺傳圖譜參數(shù)和質(zhì)量的估算
            1.4 生長(zhǎng)性狀的 QTL 定位
            1.5 偏分離聚集區(qū)（SDR）的分析
        2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            2.1 自交家系的性狀特點(diǎn)
            2.2 遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建
            2.3 QTL 定位
            2.4 圖譜中的偏分離區(qū)域
        3 討論
            3.1 圖譜中偏分離標(biāo)記的分布特點(diǎn)
            3.2 QTL 定位
            3.3 偏分離標(biāo)記的功能
第四章 自交家系與對(duì)照群體的表達(dá)譜差異分析
    0 前言
    1 實(shí)驗(yàn)材料及方法
        1.1 實(shí)驗(yàn)家系及群體
        1.2 主要實(shí)驗(yàn)用品
        1.3 RNA-Seq 表達(dá)譜文庫(kù)構(gòu)建
            1.3.1 蝦夷扇貝總 RNA 的提取
            1.3.2 mRNA 的獲取
            1.3.3 RNA-Seq 測(cè)序文庫(kù)構(gòu)建
        1.4 Illumina 測(cè)序
        1.5 測(cè)序數(shù)據(jù)處理及差異表達(dá)基因篩選
        1.6 差異基因的注釋及富集分析
    2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.1 RNA 提取及文庫(kù)構(gòu)建
        2.2 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量過(guò)濾
        2.3 測(cè)序數(shù)據(jù)的總體分析及差異基因篩選
            2.3.1 實(shí)驗(yàn)重復(fù)性分析及基因表達(dá)水平分布
            2.3.2 差異基因的篩選及注釋
        2.4 差異基因的功能及富集分析
    3 討論
        3.1 數(shù)據(jù)過(guò)濾及比對(duì)質(zhì)量
        3.2 基因表達(dá)的整體分布趨勢(shì)及差異基因的篩選
        3.3 差異基因的功能注釋、分析
        3.4 上下調(diào)基因功能富集分類
參考文獻(xiàn)
英文縮略詞表
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷
學(xué)術(shù)成果



本文編號(hào)：3951999