石首魚科（Sciaenidae）隸屬鱸形目,在全世界范圍內(nèi)共有70個(gè)屬300余種,是鱸形目中屬種最多的科之一。我國沿海石首魚類種屬眾多,共有17個(gè)屬30多種。石首魚科的絕大多數(shù)種類肉味鮮美、經(jīng)濟(jì)價(jià)值高,是海洋漁業(yè)和海水養(yǎng)殖的重要對象。石首科魚類是我國海洋經(jīng)濟(jì)魚類中產(chǎn)量最大的類群之一,其中大黃魚（Larimichthys crocea）曾占據(jù)著中國“四大海產(chǎn)”的“半壁江山”,是中國重要的海洋經(jīng)濟(jì)魚類。本研究以我國常見石首魚的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系為切入點(diǎn),分析大黃魚SSR在親緣物種中的通用性,進(jìn)而利用EPIC標(biāo)記、線粒體COI基因中的DNA序列多態(tài)性和SNP深入分析大黃魚種群遺傳多樣性,主要結(jié)果如下：（1）基于EPIC核基因DNA序列和線粒體COI基因序列多態(tài)性變異分析石首魚的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系利用核基因序列內(nèi)含子多態(tài)性（EPIC）及線粒體COI基因?qū)ΤＲ?種石首魚的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系進(jìn)行了分析,兩種不同的分析途徑產(chǎn)生的結(jié)果略有不同,從所構(gòu)建的兩種進(jìn)化樹來看,最大的區(qū)別是皮氏叫姑魚（Johnius belangerii）黃姑魚（Nibea albiflora）及鮸魚（Miichthys miiuy）的進(jìn)化差異... 

【文章來源】：廈門大學(xué)福建省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：125 頁

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第1章 緒論
    1.1 海洋魚類的種質(zhì)資源、遺傳育種及種群遺傳學(xué)的DNA標(biāo)記分析
        1.1.1 海洋魚類的種質(zhì)資源
        1.1.2 魚類育種進(jìn)展
        1.1.3 線粒體基因標(biāo)記(mtDNA)
        1.1.4 內(nèi)含子多態(tài)性(EPIC)
        1.1.5 微衛(wèi)星(SSR)標(biāo)記
        1.1.6 單核苷酸多態(tài)性(SNP)
    1.2 石首魚的種質(zhì)資源及系統(tǒng)學(xué)研究進(jìn)展
        1.2.1 石首魚科一般形態(tài)特征
        1.2.2 石首魚科物種分布情況與生活習(xí)性
        1.2.3 石首魚分子系統(tǒng)學(xué)研究概況
    1.3 大黃魚種群劃分及群體遺傳學(xué)研究進(jìn)展
        1.3.1 大黃魚的形態(tài)特征
        1.3.2 大黃魚的地理種群劃分
        1.3.3 群體遺傳多樣性分析
    1.4 本研究的目的和意義
第2章 基于EPIC核基因DNA序列變異分析石首魚的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系
    2.1 材料
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.2 主要儀器
        2.1.3 主要試劑
    2.2 方法
        2.2.1 形態(tài)鑒定
        2.2.2 利用COI鑒定及檢測
        2.2.3 利用核基因DNA序列檢測
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 DNA提取
        2.3.2 序列變異特點(diǎn)
        2.3.3 堿基組成及遺傳距離
        2.3.4 系統(tǒng)發(fā)育樹
    2.4 討論
第3章 大黃魚微衛(wèi)星標(biāo)記在親緣物種中的通用性研究
    3.1 材料
        3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.1.2 主要儀器
        3.1.3 主要試劑
        3.1.4 溶液配制
    3.2 方法
        3.2.1 DNA模板的制備
        3.2.2 SSR擴(kuò)增
        3.2.3 引物篩選
        3.2.4 SSR擴(kuò)增產(chǎn)物檢測
        3.2.5 數(shù)據(jù)分析
    3.3 結(jié)果
        3.3.1 DNA提取
        3.3.2 黃姑魚多態(tài)微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選
        3.3.3 日本銀姑魚多態(tài)微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選
        3.3.4 皮氏叫姑魚多態(tài)微衛(wèi)星標(biāo)記的篩選
    3.4 討論
第4章 應(yīng)用核基因DNA序列和線粒體基因標(biāo)記對大黃地理種群進(jìn)行劃分
    4.1 材料
        4.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        4.1.2 主要儀器
        4.1.3 主要試劑
    4.2 方法
        4.2.1 DNA模板的制備
        4.2.2 PCR擴(kuò)增和測序
        4.2.3 數(shù)據(jù)分析
    4.3 結(jié)果
        4.3.1 序列遺傳變異
        4.3.2 群體遺傳結(jié)構(gòu)
        4.3.3 遺傳距離
    4.4 討論
第5章 大黃魚基因組SNP標(biāo)記的開發(fā)與檢測
    5.1 材料
        5.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        5.1.2 主要儀器
        5.1.3 主要試劑
    5.2 方法
        5.2.1 DNA模板的制備
        5.2.2 Sequenom實(shí)驗(yàn)操作步驟
        5.2.3 數(shù)據(jù)分析
    5.3 結(jié)果
        5.3.1 SNP候選位點(diǎn)的獲得
        5.3.2 SNP位點(diǎn)的群體基因型分析
        5.3.3 SNP位點(diǎn)的群體多態(tài)性分析
        5.3.4 系統(tǒng)發(fā)育樹
    5.4 討論
        5.4.1 SNP分型的研究
        5.4.2 SNP位點(diǎn)主要遺傳學(xué)參數(shù)估計(jì)
        5.4.3 大黃魚SNP基因分型的群體遺傳學(xué)分析
總結(jié)與展望
參考文獻(xiàn)
在學(xué)期間主持、參與的科研項(xiàng)目及研究論文
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于De Bruijn圖的De Novo序列組裝軟件性能分析[J]. 孟金濤,苑建蕊,魏彥杰,馮圣中.  科研信息化技術(shù)與應(yīng)用. 2013(05)
[2]SNP分子標(biāo)記的研究及其應(yīng)用進(jìn)展[J]. 唐立群,肖層林,王偉平.  中國農(nóng)學(xué)通報(bào). 2012(12)
[3]鯉飼料轉(zhuǎn)化率性狀的QTL定位及遺傳效應(yīng)分析[J]. 王宣朋,張曉峰,李文升,張?zhí)炱?李超,孫效文.  水生生物學(xué)報(bào). 2012(02)
[4]鏡鯉體質(zhì)量和體長的QTL定位研究[J]. 鄭先虎,曹頂臣,匡友誼,張曉峰,魯翠云,李超,孫效文.  中國水產(chǎn)科學(xué). 2012(02)
[5]東、黃海大黃魚種群劃分與地理隔離分析[J]. 陳佳杰,徐兆禮.  中國水產(chǎn)科學(xué). 2012(02)
[6]兩種雜交石斑魚子一代雜種優(yōu)勢的微衛(wèi)星標(biāo)記分析[J]. 周翰林,張勇,齊鑫,張海發(fā),張磊,王樂,蒙子寧,劉曉春,林浩然.  水產(chǎn)學(xué)報(bào). 2012(02)
[7]動(dòng)物遺傳育種學(xué)科發(fā)展歷史與研究前沿[J]. 李寧.  中國家禽. 2012(02)
[8]大菱鲆（Scophthalmus maximus）家系選育F2早期選擇反應(yīng)和現(xiàn)實(shí)遺傳力估計(jì)[J]. 馬愛軍,王新安,黃智慧,楊志,曲江波,李猛,郭建麗.  海洋與湖沼. 2012(01)
[9]SNP在動(dòng)植物遺傳育種中的應(yīng)用[J]. 曲娟娟,于敏,董蕾,王征.  東北農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(bào). 2011(12)
[10]基因組選擇及其應(yīng)用[J]. 李恒德,包振民,孫效文.  遺傳. 2011(12)

博士論文
[1]中國對蝦（Fenneropenaeus chinensis）基因組SNP標(biāo)記的開發(fā)與應(yīng)用[D]. 張建勇.中國海洋大學(xué) 2011
[2]牙鲆選育家系生長性狀的遺傳分析[D]. 劉永新.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009

碩士論文
[1]櫛孔扇貝（Chlamys farreri）單核苷酸多態(tài)性（SNP）標(biāo)記的開發(fā)及應(yīng)用[D]. 李玲.中國海洋大學(xué) 2012
[2]半滑舌鰨（Cynoglossus semilaevis）三倍體誘導(dǎo)和鲆鰈魚類微衛(wèi)星通用性研究[D]. 劉志鵬.中國海洋大學(xué) 2011
[3]半滑舌鰨（Cynoglossus semilaevis）基因組SNP標(biāo)記的開發(fā)與檢測[D]. 莊偉.中國海洋大學(xué) 2010
[4]棉花和松樹內(nèi)含子長度多態(tài)性的檢測和應(yīng)用[D]. 陳曦.浙江大學(xué) 2010
[5]中國石首魚科魚類分子系統(tǒng)學(xué)研究[D]. 陳泉梅.暨南大學(xué) 2007



本文編號(hào)：3572656