弧唇裂腹魚Schizothorax curvilabiatus隸屬于鯉科(Cyprinidae)裂腹魚亞科(Schizothoracinae)裂腹魚屬(Schizothorax),分布在雅魯藏布江下游干支流及察隅河,為西藏特有魚類。本研究首先利用特異性位點擴增片段測序技術(SLAF-seq)構建了弧唇裂腹魚的SLAF文庫,開發(fā)了大量的單核苷酸多態(tài)性(SNP)位點,分析了兩個弧唇裂腹魚群體的遺傳多樣性和親緣關系,同時挖掘了受選擇基因的功能,分析了造成上述結果的原因,獲得的主要結論如下:1.實驗選擇RsaⅠ+HaeⅢ的內切酶組合來酶切弧唇裂腹魚基因組,將日本晴水稻(Oryza sativa ssp.japonica)作為對照組,利用Illumina測序平臺對20條弧唇裂腹魚測序,本實驗共獲得379129個SLAF標簽,標簽的平均測序深度為147.94x,其中,多態(tài)性SLAF標簽有156262個,共獲得506990個SNP位點。2.從實驗獲得的506990個SNP位點中,根據(jù)完整度(INT)≥0.5,次要基因型頻率(MAF)0.05過濾,篩選出154224個高一致性的SNP位點用于群體遺傳學分析。墨脫群體和易貢湖群體的觀測等位基因數(shù)、期望等位基因數(shù)、觀測雜合度、期望雜合度、Nei’s多樣性指數(shù)、香農指數(shù)、多態(tài)性信息含量分別為:2.0000、1.6077、0.3577、0.3586、0.4061、0.5371、0.2877和2.0000、1.5149、0.2867、0.3149、0.3283、0.4842、0.2569。3.通過使用上述SNP位點對兩個弧唇裂腹魚群體進行連鎖不平衡分析、系統(tǒng)發(fā)育分析、主成分分析、群體聚類分析、選擇性清除分析,得知墨脫群體的遺傳多樣性高于易貢湖群體,兩群體之間僅產生了中等程度的遺傳分化,親緣關系較近,且兩群體間還可能存在少數(shù)個體的雙向交流。4.通過將選擇性清除得到的受選擇基因注釋到KOG、GO、KEGG數(shù)據(jù)庫并進行富集分析,得知KOG功能分類中占有的基因數(shù)目最多的蛋白功能類別為信號轉導機制,GO功能注釋富集顯示兩群體間變異基因最多的條目為細胞代謝過程,KEGG通路功能注釋富集表明了兩群體間最大的差異在于蛋白質的消化和吸收上。我們推測兩群體所生活的環(huán)境中餌料豐度可能存在差距,是導致了易貢湖弧唇裂腹魚的群體遺傳多樣性低于墨脫群體的主要原因,這種差距也可能是導致墨脫的弧唇裂腹魚個體上溯至易貢湖的原因之一。
【學位單位】：華中農業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2019
【中圖分類】：S917.4
【部分圖文】：

產生高密度的標記，僅需有充分且分布均勻的 SNP 遺傳標大而廉價的 SLAF- seq 簡化基因組測序技術應運而生。外對于弧唇裂腹魚的研究幾乎沒有，本章實驗利用 SLAF-seq簡化基因組測序并開發(fā) SNP，填補弧唇裂腹魚的研究空白，魚種質資源提供基礎。方法料弧唇裂腹魚樣本于 2018 年 10 月采集，主要分布區(qū)域雅魯藏29.45°N，95.42°E，海拔 720-739m）采集樣本 5 尾（MT1-M藏布江一級支流）的一級支流易貢藏布易貢湖段（30.21°N，00m）采集樣本 15 尾（YG1-YG15），采樣點圖如圖 2-2。取中，帶回實驗室后及時保存于-20℃冰箱中備用。

圖 2-2 弧唇裂腹魚采樣點Fig 2-2Sampling locations of Schizothorax curvilabiatus.2 基因組 DNA 的制備采用改進的酚-氯仿法提取基因組 DNA，紫外分光光度法與瓊脂糖凝膠電泳檢提取質量，測定基因組 DNA 的濃度。將提取的基因組 DNA 置于-20℃冰箱中備。.2.1 基因組 DNA 的提取稱取弧唇裂腹魚尾鰭組織 0.1 g，放入盛有 300 μL 組織提取液（Tris-Cl 10 mM，TA 0.1 M，SDS 0.5%，pH = 8.0）的 1.5 mL 離心管中，充分剪碎至勻漿狀態(tài) ，加 300 μL 組織提取液和 5 μL 蛋白酶 K（20 mg /mL），充分混勻，于 55℃水浴鍋化至澄清。加入 300 μLTris-飽和酚和 300 μL 氯仿抽提，充分混合 10 min，13000

圖 2-3 簡化基因組測序流程Fig 2-3 Specific-locus amplified fragment sequencing process方案與測序數(shù)據(jù)的評估日本晴水稻（Oryza sativa ssp. japonica）基因組（http://rapdb.dn對照組（Control），進行相同程序的測序，以確定酶切方案實施件用于比對測序獲得的日本晴水稻的 reads 與參考基因組，計算不s 數(shù)量占總 reads 的比例（一條序列兩端在參考基因組上的比對跨 reads 占總 reads 的比例 paired-end mapped reads、一條序列兩端比對跨度小于50 bp或大于1 kb的reads占總reads的比例single-e比對到基因組上的 reads 占總 reads 的比例 unmapped reads），以效率是評價簡化基因組實驗是否成功的一個關鍵指標。基因組上如環(huán)狀結構域、連續(xù)酶切位點等）、基因組 DNA 樣品純度較低因素都可能影響限制性內切酶的活性，導致部分酶切位點未被切
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本文編號：2835437