【摘要】：遺傳多樣性是生物多樣性的重要組成部分,體現(xiàn)了物種群體之間或同一群體內(nèi)不同個體之間的遺傳變異程度,反映了物種不同群體之間的遺傳關(guān)系。認(rèn)識物種的遺傳多樣性,不僅有助于理解物種親緣演化關(guān)系,為良種選育、遺傳改良奠定基礎(chǔ),還可以通過分析物種的生活習(xí)性和地理環(huán)境因子對物種遺傳多樣性高低的影響,幫助瀕危或受威脅的物種制定科學(xué)合理的保護(hù)措施,減少或避免生物多樣性的喪失。中華華鰍與寬體華鰍隸屬于真骨魚類(Teleostei),鯉形目(Cypriniformes),沙鰍科(Botiidae),華鰍屬(Sinibotia)。該屬共包括6個物種,其中中華華鰍與寬體華鰍主要分布于長江水系,斑紋華鰍、美麗華鰍及壯體華鰍主要分布于珠江水系,而長腹華鰍主要分布于瀾滄江水系。華鰍屬魚類多棲息于砂石底的流水環(huán)境中,不同種類其體斑、體色不同,因此倍受觀賞魚養(yǎng)殖愛好者的青睞。目前,華鰍屬魚類的研究主要集中于胚胎發(fā)育、組織學(xué)和繁殖生物學(xué)等方面,關(guān)于華鰍屬各物種間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系雖然有部分研究報(bào)道,但多基于單個分子標(biāo)記的分析且并沒有囊括該屬所有物種。已有研究多集中在中華華鰍與寬體華鰍上,研究發(fā)現(xiàn),這兩個物種在形態(tài)上非常相似,在分子水平上分歧很小,不能通過DNA條形碼區(qū)分,彼此之間存在一定的基因交流,因此本研究將中華華鰍與寬體華鰍作為一個整體進(jìn)行遺傳多樣性及遺傳結(jié)構(gòu)的分析。基于以上問題,首先,本研究基于2個線粒體基因(COI,Cytb)標(biāo)記和3個核基因(RH,RAG1,IRBP)標(biāo)記,采用分子系統(tǒng)學(xué)方法分析了華鰍屬魚類物種間的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系;其次,通過Illumina Mi Seq/Hi Seq進(jìn)行基因組測序,在中華華鰍中開發(fā)了多態(tài)性微衛(wèi)星分子標(biāo)記,并在寬體華鰍中檢測其通用性;最后,結(jié)合線粒體基因(Cytb)標(biāo)記與微衛(wèi)星標(biāo)記,基于遺傳變異參數(shù)分析了中華華鰍和寬體華鰍的遺傳多樣性及種群遺傳結(jié)構(gòu),探討了其遺傳多樣性及進(jìn)化潛力。本研究的主要結(jié)果如下:1.基于5個分子標(biāo)記的華鰍屬魚類系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系分析。本研究通過PCR擴(kuò)增及測序共得到華鰍屬(5個種)及外類群(3個種)共187條序列,包括39條Cytb基因序列,50條COI基因序列,42條IRBP基因序列,49條RAG1基因序列和47條RH基因序列。基于最大似然法和貝葉斯推斷法得到的系統(tǒng)發(fā)育結(jié)果一致顯示,沙鰍科8個屬主要分為兩大支:(薄鰍屬+副沙鰍屬)和((沙鰍屬+色鰍屬)+((華鰍屬+安巴鰍屬)+(纓須鰍屬+安彥鰍屬))),且均為單系;華鰍屬中壯體華鰍處于基部位置,且斑紋華鰍、美麗華鰍、壯體華鰍各自均為單系群,中華華鰍與寬體華鰍相互交叉聚為一支,兩者共同構(gòu)成一個單系群。2.基于線粒體Cytb基因序列和微衛(wèi)星分子標(biāo)記的中華華鰍與寬體華鰍遺傳多樣性分析。主要結(jié)果為:(1)成功擴(kuò)增出387條Cytb基因序列,共分離出86個單倍型。基于單倍型構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹和單倍型網(wǎng)絡(luò)圖均支持中華華鰍與寬體華鰍的13個群體分為三個支系,第一支為除米易外的所有中華華鰍群體,第二支為寬體華鰍的合川群體,第三支為中華華鰍的米易群體與寬體華鰍的白馬群體和資中群體;(2)共設(shè)計(jì)66對微衛(wèi)星引物,39對具有多態(tài)性,挑選出9個多態(tài)性標(biāo)記對中華華鰍與寬體華鰍的12個群體進(jìn)行擴(kuò)增。基于微衛(wèi)星的Structure分析結(jié)果顯示,k=3時(shí),支持基于線粒體Cytb基因分析的單倍型網(wǎng)絡(luò)圖和系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果;(3)基于86個單倍型與微衛(wèi)星標(biāo)記的遺傳多樣性參數(shù)分析一致顯示中華華鰍和寬體華鰍的遺傳多樣性較高,且中華華鰍的遺傳多樣性高于寬體華鰍;遺傳結(jié)構(gòu)分析結(jié)果顯示中華華鰍除米易群體外其他群體之間遺傳分化較小,寬體華鰍中合川群體與資中群體和白馬群體的遺傳分化較大;(4)基于線粒體Cytb基因序列的86個單倍型的錯配分布、中性檢驗(yàn)以及BSP分析結(jié)果支持中華華鰍在近期有明顯種群擴(kuò)張,寬體華鰍只有輕微的種群擴(kuò)張。
【學(xué)位授予單位】：西南大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：S917.4
【圖文】：

圖 3-1 中華華鰍與寬體華鰍采樣點(diǎn)地圖Figure 3-1 Sampling locations for S. superciliaris and S. reevesae

圖 3-2 基于線粒體 Cytb 單倍型構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹Figure 3-2 Phylogenetic tree based on mtDNA Cytb haplotypes注：系統(tǒng)樹上的數(shù)字分別代表貝葉斯后驗(yàn)概率和最大似然樹的支持率。樹上只標(biāo)了主要的進(jìn)化枝的后驗(yàn)概率或Note: Numbers represented nodal supports inferred from Bayesian posterior probability (BI) and maximum likelihood(ML), respectively. The supported or bootstrap value was only displayed among main clades

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2735062