茶樹是世界范圍重要的飲料作物,具有重要的經濟價值。貴州作為茶樹的核心起源地,因其特殊的地理位置具有豐富的茶樹資源。目前貴州已成茶葉大省,茶園面積和茶葉產量均居世界前茅,但在品種創(chuàng)新和種質資源保護上亟待加強以支撐貴州由茶葉大省到茶葉強省的轉變,茶樹種質資源的遺傳多樣性分析將為貴州茶樹種質資源的保護利用提供相應的理論基礎。本研究通過高通量RNA-Seq（轉錄組測序）技術獲得大量貴州茶樹的轉錄組序列,以這些轉錄組序列為基礎進行茶樹單核苷酸多態(tài)性（SNP）鑒定,對貴州茶樹地方品種種質資源進行了遺傳多樣性分析。主要研究結果如下:貴州省9個市州的51份茶樹品種通過高通量RNA-Seq技術,總共獲得了519.26Gb堿基序列,在不同茶樹基因型中共發(fā)現(xiàn)659,161個SNP位點,SNP平均發(fā)生頻率為1 SNP/4.58kb,其中,轉換（A/G,C/T）類型分別占所有檢測到SNP的34%左右,顛換（A/T,G/T,A/C,C/G）類型的比例在7%-8.5%之間。茶樹樣品間遺傳相似系數(shù)在0.49-0.96之間,采用UPGMA法繪制品種聚類樹可將51份樣本材料劃分為14類,反映出這些茶葉品種間親緣關系的遠近... 

【文章來源】：貴州師范大學貴州省

【文章頁數(shù)】：57 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 茶樹起源分布及貴州茶樹種質資源在茶產業(yè)中的地位
        1.1.1 茶樹起源分布
        1.1.2 貴州茶樹種質資源在茶產業(yè)中的地位
    1.2 茶樹遺傳多樣性研究進展
        1.2.1 基于形態(tài)標記的茶樹遺傳多樣性研究進展
        1.2.2 基于生化成分標記的茶樹遺傳多樣性研究進展
        1.2.3 基于細胞學標記的茶樹遺傳多樣性研究進展
    1.3 分子標記技術在茶樹遺傳多樣性研究中的應用
        1.3.1 分子標記概述
        1.3.2 分子標記的類型
        1.3.3 分子標記技術在茶樹遺傳多樣性研究中的應用
    1.4 現(xiàn)代測序技術的發(fā)展
        1.4.1 第一代測序技術的發(fā)展
        1.4.2 第二代測序技術的發(fā)展
        1.4.3 第三代測序技術的發(fā)展
    1.5 轉錄組測序技術在茶樹遺傳多樣性研究中的應用
        1.5.1 轉錄組測序技術的概述
        1.5.2 論文用到的轉錄組測序分析的生物信息學軟件
        1.5.3 轉錄組測序技術在茶樹遺傳多樣性分析中的應用
    1.6 本文的技術路線
    1.7 研究內容和論文結構
第二章 茶樹轉錄組測序及分析
    2.1 樣品來源和總RNA提取
        2.1.1 樣品來源
        2.1.2 總RNA提取
    2.2 文庫構建和測序
        2.2.1 文庫構建
        2.2.2 測序和序列質量控制
    2.3 測序數(shù)據比對到參考基因組
第三章 茶樹SNP檢測及分析
    3.1 基于RNA-SEQ的茶樹SNP檢測流程
        3.1.1 SNP的檢測
        3.1.2 SNP的GO分析
    3.2 SNP分析結果
        3.2.1 SNP的類型及數(shù)目
        3.2.2 SNP的分布
        3.2.3 SNP的功能效應
        3.2.4 SNP的GO注釋
        3.2.5 討論
第四章 貴州茶樹種質資源的遺傳多樣性評價
    4.1 數(shù)據處理
    4.2 貴州茶樹品種間的SNP分析
    4.3 貴州茶樹種質資源的遺傳相似性分析
    4.4 貴州茶樹種質資源的聚類分析
    4.5 討論
第五章 總結與展望
    5.1 總結
    5.2 展望
參考文獻
致謝
攻讀碩士期間發(fā)表的論文
附錄


【參考文獻】：
期刊論文
[1]番木瓜果實轉錄組數(shù)據組裝及基因功能注釋[J]. 蔣邊,潘嘉琪,葉柳清,陸麗施,袁長春,劉鍇棟.  分子植物育種. 2018(21)
[2]應用SNP標記分析24份煙草品種的遺傳多樣性[J]. 張劍鋒,羅朝鵬,何聲寶,金靜靜,李澤鋒,許亞龍,謝小東,魏攀,王燃,楊軍.  煙草科技. 2017(11)
[3]四球茶轉錄組SSR位點信息分析[J]. 黎瑞源,邢輝,申鐵.  安徽農業(yè)大學學報. 2017(04)
[4]福建省53份茶樹種質資源遺傳多樣性ISSR分析[J]. 朱晨,張舒婷,常笑君,王仲,許長同,張梓浩,林玉玲,賴鐘雄,郭玉瓊.  熱帶作物學報. 2017(07)
[5]鳥王茶轉錄組中SSR位點信息分析[J]. 劉江濤,曹爍,黎瑞源,申鐵.  貴州師范大學學報(自然科學版). 2017(03)
[6]基于高通量測序的發(fā)芽苦蕎轉錄組學研究[J]. 陳春旭,李琦,郭元新,杜傳來,丁志剛.  生物技術通報. 2016(07)
[7]黔南60份茶樹種質資源遺傳多樣性的SSR分析[J]. 張明澤,姚玉仙,陳世軍.  西北植物學報. 2016(06)
[8]基于茶樹芽葉轉錄組序列的EST-SSR分布特征研究[J]. 陳琪,楊華,韋朝領,張正竹,宛曉春.  安徽農業(yè)大學學報. 2016(02)
[9]新一代測序技術的發(fā)展和應用[J]. 田李,張穎,趙云峰.  生物技術通報. 2015(11)
[10]基于RNA-Seq技術的“紫娟”茶樹轉錄組分析[J]. 陳林波,夏麗飛,周萌,宋維希,李曉霞,焉文光,梁名志.  分子植物育種. 2015(10)

博士論文
[1]馬鈴薯種質資源遺傳多樣性研究及塊莖性狀的全基因組關聯(lián)分析[D]. 王艦.中國農業(yè)大學 2017
[2]我國秈稻品種遺傳結構與多樣性的SNP分析[D]. 徐群.中國農業(yè)科學院 2016
[3]基于EST數(shù)據庫和轉錄組測序的茶樹DNA分子標記開發(fā)與應用研究[D]. 王麗鴛.中國農業(yè)科學院 2011
[4]廣東茶樹種質遺傳多樣性的形態(tài)和分子評價及其親緣關系研究[D]. 沈程文.湖南農業(yè)大學 2007
[5]茶組植物的分子系統(tǒng)學研究[D]. 陳亮.浙江大學 2002

碩士論文
[1]基于SRAP、SSR標記的辣椒種質遺傳多樣性分析與核心種質構建[D]. 吳茵.江西農業(yè)大學 2017
[2]基于RNA-Seq的小麥產量性狀全基因組關聯(lián)分析[D]. 李洪娜.山東農業(yè)大學 2017
[3]我國茶樹優(yōu)良品種遺傳多樣性分析及指紋圖譜構建[D]. 黃丹娟.中國農業(yè)科學院 2016
[4]楊樹干旱響應轉錄組測序分析[D]. 歐佳佳.南京林業(yè)大學 2015
[5]我國茶樹地方品種遺傳多樣性及人為選擇影響的研究[D]. 姜燕華.中國農業(yè)科學院 2010
[6]中國茶樹核心種質的初步構建及其RAPD分析[D]. 李娟.安徽農業(yè)大學 2004



本文編號：3565562