發(fā)布時間：2021-05-24 10:38

　　為了全面獲得和發(fā)掘薏苡的基因數(shù)據(jù)、功能信息以及潛在的SSR標記,本研究采用PacBio SequelTM第三代測序平臺對干旱脅迫下薏苡苗期葉片進行全長轉錄組測序與分析,獲得總計98 858條非冗余的高質量Unigenes,其平均長度為2 318 bp,1 kb以上Unigenes占91.74%。利用BLAST等軟件在NR、Swiss Prot、eggNOG、GO和KEGG等公共數(shù)據(jù)中注釋了90 339個Unigenes,占91.50%。NR注釋表明,在90 093個被注釋的Unigenes中,與之匹配數(shù)量最多是來源于高粱的序列,其次是玉米和谷子,這與它們之間在進化上的親緣關系相一致。GO注釋顯示,34 765個Unigenes被注釋到生物過程、細胞組分和分子功能等三大類別;eggNOG注釋的89 158條Unigenes分屬于25個功能聚類;KEGG代謝通路分析表明,30 579個Unigenes被注釋到133條已知代謝通路,其中,1 884條Unigenes涉及信號轉導和環(huán)境適應途徑,包括植物激素信號轉導途徑、MAPK信號途徑和植物-病原互作信號途徑,上述代謝通路或途徑均與植物響應干... 

【文章來源】：分子植物育種. 2020,18(15)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：16 頁

【文章目錄】：
1 結果與分析
    1.1 全長轉錄組測序與序列分析
    1.2 Unigenes功能注釋與分析
        1.2.1 NR注釋分析
        1.2.2 GO功能注釋
        1.2.3 eggNOG功能分類
        1.2.4 KEGG代謝途徑分析
    1.3 Unigenes簡單重復序列(SSR)預測分析
2 討論
3 材料與方法
    3.1 試驗材料及干旱處理
    3.2 RNA提取、轉錄組文庫構建、測序及組裝
    3.3 Unigenes功能注釋與分類
    3.4 SSR位點信息預測分析
作者貢獻


【參考文獻】：
期刊論文
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[2]不同比例大黑山薏苡草粉飼糧對生長肉兔生長性能、養(yǎng)分表觀消化率和屠宰性能的影響[J]. 田剛,魯院院,余冰,向素梅,曾繪錦,蔡景義,周樹峰.  動物營養(yǎng)學報. 2018(05)
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[9]植物干旱脅迫響應機制研究進展——從表型到分子[J]. 沈少炎,吳玉香,鄭郁善.  生物技術進展. 2017(03)
[10]植物應答非生物脅迫的蛋白質組學研究進展[J]. 付晨熙,肖自華,高飛,周宜君.  基因組學與應用生物學. 2016(12)



本文編號：3204059