水稻苗期耐冷性差異的轉錄組分析
發(fā)布時間:2021-05-16 22:27
低溫冷害是影響作物生長發(fā)育的重要環(huán)境因素之一。鑒定水稻耐冷新基因以及揭示其可能的機制并應用于新種質創(chuàng)制和新品種選育,是提高水稻耐冷性的重要途徑之一。本研究以日本晴(Nip)為對照,對耐冷品種P427的表型和掃描電鏡表皮組織觀察,顯示P427具有更強的苗期耐冷性。進而對低溫處理后的水稻幼苗轉錄組進行測序,結果顯示P427與Nip共有12 056個差異表達基因(DEGs),P427獨有2 984個DEGs。對DEGs進行Pathway顯著性富集分析發(fā)現,P427和Nip共有的DEGs主要富集在代謝途徑、次生代謝物的生物合成等途徑。而P427獨有的DEGs主要集中在泛素介導的蛋白水解、內質網中的蛋白質加工、植物激素信號轉導等途徑。結果暗示激素信號轉導、苯丙氨酸代謝通路、光合作用、次生代謝生物合成等途徑可能在水稻苗期冷脅迫響應中起主導作用。植物對低溫的響應是涉及多個基因和多個信號傳導途徑的復雜過程,本研究擴展了對植物低溫冷害耐受性的復雜機制的理解,為今后開展水稻和其他谷類作物的耐冷性研究提供了理論依據。
【文章來源】:分子植物育種. 2020,18(06)北大核心CSCD
【文章頁數】:9 頁
【文章目錄】:
1 結果與分析
1.1 苗期耐冷性篩選及表型特征
1.2 水稻苗期耐冷性掃描電鏡觀察
1.3 低溫脅迫下DEGs的識別和差異表達分析
1.4 差異表達基因的qRT-PCR熒光定量表達驗證
1.5 差異表達基因GO分類和顯著性富集分析
1.6 部分表達差異倍數較大基因的功能注釋
1.7 差異表達基因的代謝路徑分析
2 討論
3 材料與方法
3.1 試驗材料
3.2 苗期耐冷性篩選試驗
3.3 掃描電鏡試驗
3.4 低溫脅迫處理與轉錄組測序取樣
3.5 RT-qPCR
3.6 RNA-seq分析
作者貢獻
【參考文獻】:
期刊論文
[1]水稻苗期低溫應答轉錄組分析[J]. 朱琳,袁夢,高紅秀,曲悅,何沈雨,王劍,王珊,王思宇,楊玲,張忠臣,金正勛. 華北農學報. 2018(05)
[2]The calcium-dependent kinase OsCPK24 functions in cold stress responses in rice[J]. Yu Liu,Chunjue Xu,Yanfen Zhu,Lina Zhang,Taiyu Chen,Fei Zhou,Hao Chen,Yongjun Lin. Journal of Integrative Plant Biology. 2018(02)
[3]miR395abcd與其靶基因ATRX在不同耐寒木薯品種中對低溫響應的差異性分析[J]. 曾長英,周玉飛,彭明. 基因組學與應用生物學. 2015(11)
[4]普通野生稻染色體片段代換系的孕穗期耐冷性研究[J]. 覃寶祥,劉立龍,韓飛怡,陳霖,李楠,黃敏,李容柏. 基因組學與應用生物學. 2015(06)
[5]低溫脅迫下擬南芥表皮蠟質的響應機制[J]. 倪郁,宋超,王小清. 中國農業(yè)科學. 2014(02)
[6]黃瓜萌芽期和苗期耐冷性評價[J]. 苗永美,寧宇,曹玉杰,沈佳,龐欣,崔利,程春燕,陳勁楓. 應用生態(tài)學報. 2013(07)
[7]逆境處理下水稻葉角質層蠟質積累及其與蠟質合成相關基因OsGL1表達的關系[J]. 周玲艷,姜大剛,李靜,周海,曹偉煒,莊楚雄. 作物學報. 2012(06)
[8]不同海拔下水稻正反交F2群體的孕穗期耐冷性研究[J]. 王石華,譚學林,譚亞玲. 云南農業(yè)大學學報(自然科學版). 2011(06)
[9]秈粳稻間苗期耐冷性的遺傳研究[J]. 徐云碧,申宗坦. 中國農業(yè)科學. 1989(05)
博士論文
[1]番茄耐寒種質低溫脅迫下的轉錄組分析及相關基因功能鑒定[D]. 劉輝.華中農業(yè)大學 2012
[2]云南稻種資源耐冷性研究[D]. 戴陸園.華中農業(yè)大學 2002
本文編號:3190519
【文章來源】:分子植物育種. 2020,18(06)北大核心CSCD
【文章頁數】:9 頁
【文章目錄】:
1 結果與分析
1.1 苗期耐冷性篩選及表型特征
1.2 水稻苗期耐冷性掃描電鏡觀察
1.3 低溫脅迫下DEGs的識別和差異表達分析
1.4 差異表達基因的qRT-PCR熒光定量表達驗證
1.5 差異表達基因GO分類和顯著性富集分析
1.6 部分表達差異倍數較大基因的功能注釋
1.7 差異表達基因的代謝路徑分析
2 討論
3 材料與方法
3.1 試驗材料
3.2 苗期耐冷性篩選試驗
3.3 掃描電鏡試驗
3.4 低溫脅迫處理與轉錄組測序取樣
3.5 RT-qPCR
3.6 RNA-seq分析
作者貢獻
【參考文獻】:
期刊論文
[1]水稻苗期低溫應答轉錄組分析[J]. 朱琳,袁夢,高紅秀,曲悅,何沈雨,王劍,王珊,王思宇,楊玲,張忠臣,金正勛. 華北農學報. 2018(05)
[2]The calcium-dependent kinase OsCPK24 functions in cold stress responses in rice[J]. Yu Liu,Chunjue Xu,Yanfen Zhu,Lina Zhang,Taiyu Chen,Fei Zhou,Hao Chen,Yongjun Lin. Journal of Integrative Plant Biology. 2018(02)
[3]miR395abcd與其靶基因ATRX在不同耐寒木薯品種中對低溫響應的差異性分析[J]. 曾長英,周玉飛,彭明. 基因組學與應用生物學. 2015(11)
[4]普通野生稻染色體片段代換系的孕穗期耐冷性研究[J]. 覃寶祥,劉立龍,韓飛怡,陳霖,李楠,黃敏,李容柏. 基因組學與應用生物學. 2015(06)
[5]低溫脅迫下擬南芥表皮蠟質的響應機制[J]. 倪郁,宋超,王小清. 中國農業(yè)科學. 2014(02)
[6]黃瓜萌芽期和苗期耐冷性評價[J]. 苗永美,寧宇,曹玉杰,沈佳,龐欣,崔利,程春燕,陳勁楓. 應用生態(tài)學報. 2013(07)
[7]逆境處理下水稻葉角質層蠟質積累及其與蠟質合成相關基因OsGL1表達的關系[J]. 周玲艷,姜大剛,李靜,周海,曹偉煒,莊楚雄. 作物學報. 2012(06)
[8]不同海拔下水稻正反交F2群體的孕穗期耐冷性研究[J]. 王石華,譚學林,譚亞玲. 云南農業(yè)大學學報(自然科學版). 2011(06)
[9]秈粳稻間苗期耐冷性的遺傳研究[J]. 徐云碧,申宗坦. 中國農業(yè)科學. 1989(05)
博士論文
[1]番茄耐寒種質低溫脅迫下的轉錄組分析及相關基因功能鑒定[D]. 劉輝.華中農業(yè)大學 2012
[2]云南稻種資源耐冷性研究[D]. 戴陸園.華中農業(yè)大學 2002
本文編號:3190519
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