骨髓移植是一種針對血液惡性腫瘤和原發(fā)性免疫疾病治療的主要方法,現已廣泛應用于臨床中。移植前接受大劑量放化療對人體腸道造成破壞,并且降低患者本身免疫防御能力,極易引發(fā)各種感染。骨髓移植后,免疫系統(tǒng)發(fā)生重建,在免疫系統(tǒng)重建過程中,腸道微生物群落組成也存在重建問題。本研究對骨髓移植后免疫系統(tǒng)重建過程中腸道微生物群落組成的變化規(guī)律進行研究,以期對骨髓移植后免疫系統(tǒng)重建與腸道微生物重建的相關性進行分析,為相關的臨床提供理論支持。本研究以供體、骨髓移植患者各個時期的糞便為實驗材料,其中患者選擇了預處理前、移植后兩周、移植后四周、移植后六周四個時間點。利用高通量測序技術對供體與患者不同時期糞便樣品進行測序,在OTU的基礎上,通過α-多樣性、群落組成、樣本組間差異等對腸道微生物群落進行分析。我們發(fā)現與健康供體相比,患者預處理前微生物多樣性降低,移植后兩周時腸道微生物的多樣性處于最低狀態(tài),在移植后四周腸道微生物多樣性開始呈現增長趨勢,移植后六周時多樣性接近預處理前。進一步分析發(fā)現,門水平上不同時期具有一定的變化但是均沒有統(tǒng)計學意義;在屬水平上,不同時期具有一定的變化,Enterococcus(腸球菌屬)、Bacteroides(擬桿菌屬)、Alistipes、Faecalibacterium、Roseburia、Dorea等十五株菌屬在患者不同時期與供體相比有明顯的差異。對健康供體和患者不同時期的共有微生物進行分析,供體組具有Faecalibacterium、Blautia、Streptococcus(鏈球菌屬)等16種共有微生物,在患者預處理前以及移植后兩周兩個時期所有樣本中未發(fā)現共有的腸道微生物,移植后四周和六周均出現了一個共有的菌屬Enterococcus(腸球菌屬),結果表明從移植后四周開始患者體內可能逐步形成一個相對較穩(wěn)定的微生物群落。本研究還對腸道微生物多樣性與患者臨床數據進行了相關性分析,發(fā)現腸道微生物多樣性變化趨勢與淋巴細胞/單核細胞比值(LMR)的變化趨勢相同,表明腸道微生物的多樣性與免疫細胞之間可能存在一定的相關性。綜上所述,本論文通過高通量測序技術對健康供體、骨髓移植患者不同時期腸道微生物進行研究,通過研究我們得到患者不同時期腸道微生物群落的變化規(guī)律,并且初步推測腸道微生物多樣性與免疫細胞可能存在著相關性,這為減少及預防患者移植后相關的臨床感染提供了一定的實驗基礎。
【學位單位】：山東師范大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2018
【中圖分類】：R457.7
【部分圖文】：

山東師范大學碩士學位論文上機要求；另外 3 個樣品 P9-1、P6-3、P6-4 經過兩次擴增以后，文庫濃度均偏低無法滿足上機要求。經過重新送樣，樣品 P9-1、P6-3、P6-4 還是擴增失敗，我們初步判定可能在取樣或者樣品保存期間出現了問題，所以在后續(xù)的分析中我們將這三個樣本去掉，具體擴增結果如圖 3-1。

22在 430-470bp，存在 450-470bp 之間的序列數所占的比重最高。圖3-2 有效序列長度分布圖。橫坐標為序列長度，縱坐標為以5bp為單位統(tǒng)計的序列數。Figure 3-2 Distribution of effective sequence length.The X axis was the sequence length, and the Y axiswas the number of the sequences counted based on 5bp.3 測序數據的生物信息學分析3.1 OTU聚類在生物信息分析中，我們通常在一定的相似水平下（本文采用的是 97%）對所有測序得到的序列進行 OTU 劃分，并在此基礎上進行相關的生物信息統(tǒng)計分析。各個樣本的 OTU 數統(tǒng)計見表 3-3。

41 4 8 9 17 20 17 5 7 9 11 12 34 4 9 10 19 23 57 5 11 15 23 38 庫質量的評定本實驗中，所有樣本的 Good's Coverage 值除 P9-d、P10-1、P10-4 接近于本的 Good's Coverage 值均等于 1（Good's Coverage 值詳細信息見表 3-4）蓋率很高，即樣本中的所有序列幾乎能夠全部被檢測到。我們以樣本抽為橫坐標，以有效序列歸類的 OTU 數目為縱坐標做稀釋性曲線（rarefacti樣本量是否充分，如圖 3-3，我們發(fā)現隨著測序深度的增加，OTU 數量隨TU 到達一定量后曲線趨于平緩，說明隨著測序深度的加深，檢測到的 O加，說明此時的測序數據量較為合理，能夠反映樣本中幾乎所有的微生
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本文編號：2871908