本文關(guān)鍵詞： 肺炎克雷伯菌 質(zhì)粒 多重耐藥 全基因組測(cè)序 耐藥編碼基因 轉(zhuǎn)座子 插入序列　出處：《西南醫(yī)科大學(xué)》2017年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae KPN)是臨床常見(jiàn)的細(xì)菌,常引起原發(fā)性肺炎、支氣管炎、泌尿道感染。近年來(lái),由于抗菌藥物選擇壓力加大,臨床濫用藥物情況嚴(yán)重,致使多重耐藥肺炎克雷伯菌分離率明顯增加。根據(jù)中國(guó)細(xì)菌耐藥監(jiān)測(cè)網(wǎng)CHINET 2015年底公布最新數(shù)據(jù)顯示革蘭陰性菌占臨床分離菌總數(shù)的71.1%,肺炎克雷伯菌占所有革蘭陰性菌的比例達(dá)到19.8%。本研究采用第三代高通量測(cè)序技術(shù)平臺(tái)對(duì)臨床所分離多重耐藥肺炎克雷伯菌株SWU01進(jìn)行全基因組測(cè)序,研究多重耐藥肺炎克雷伯菌的耐藥機(jī)制和傳播機(jī)制,對(duì)多重耐藥肺炎克雷伯菌的防治具有重要意義。目的:分析臨床分離多重耐藥肺炎克雷伯菌株SWU01對(duì)18種臨床常用抗菌藥物的耐藥情況以及其產(chǎn)超廣譜β-內(nèi)酰胺酶(ESBLs)、AmpC酶、碳青霉烯酶情況,為指導(dǎo)臨床合理使用抗生素提供科學(xué)依據(jù);運(yùn)用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)多重耐藥肺炎克雷伯菌株SWU01進(jìn)行全基因測(cè)序,分析其基因組特征,并對(duì)耐藥基因進(jìn)行分析,了解菌株多重耐藥的遺傳機(jī)制,為醫(yī)院感染防控提供實(shí)驗(yàn)依據(jù)。方法:收集2016年某醫(yī)院臨床分離的多重耐藥肺炎克雷伯菌SWU01,經(jīng)培養(yǎng)鑒定、18種抗菌藥物(阿米卡星、氨芐西林、慶大霉素、頭孢吡肟、頭孢曲松、頭孢他啶、頭孢替坦、頭孢唑林、妥布霉素、氨芐西林/舒巴坦、哌拉西林/他唑巴坦、氨曲南、厄他培南、亞胺培南、呋喃妥因、復(fù)方新諾明、環(huán)丙沙星、左旋氧氟沙星)最低抑菌濃度值(MIC)以及相關(guān)耐藥表型驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)確定其耐藥表型;采用多位點(diǎn)序列分型(MLST)方法確定菌株克隆型別;運(yùn)用高通量測(cè)序技術(shù)進(jìn)行全基因組測(cè)序,運(yùn)用多種生物信息分析軟件和ncbi基因資料庫(kù)對(duì)所得基因信息進(jìn)行分析。結(jié)果:1.swu01經(jīng)培養(yǎng)鑒定為肺炎克雷伯菌;藥敏實(shí)驗(yàn)對(duì)所有18種抗菌藥物均表現(xiàn)為耐藥,耐藥率達(dá)100%;超廣譜β內(nèi)酰胺酶、ampc酶、碳青霉烯酶均為陽(yáng)性,為多重耐藥菌株;mlst型別為st11。2.對(duì)獲得菌株的基因組進(jìn)行全基因組測(cè)序,所獲數(shù)據(jù)通過(guò)大量軟件分析后最終確定swu01基因序列全長(zhǎng)5,536,506bp,平均gc含量57.51%(genebankaccess-ionno:cp018454-cp018455),包含6459個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因;在同源基因分析的基礎(chǔ)上,將所有比齊后的同源基因串聯(lián)起來(lái)獲得全基因組水平上的比對(duì)結(jié)果進(jìn)行全基因組進(jìn)化樹的構(gòu)建,明確swu01與菌株cp006659.2親緣關(guān)系最近。3.swu01耐藥基因主要分布在質(zhì)粒pswu01,pswu01全長(zhǎng)162,552bp,gc含量52.76%;含有250個(gè)開放閱讀框,其中有69個(gè)耐藥相關(guān)編碼基因,包括36個(gè)接合性質(zhì)粒轉(zhuǎn)移編碼基因、5個(gè)抗菌藥物耐藥編碼基因(tem-1、ctx-m-65、shv-12、rmtb、kpc-2)、4個(gè)毒素編碼基因、8個(gè)轉(zhuǎn)座子、15個(gè)插入序列以及1個(gè)Ⅰ類整合子整合酶編碼基因;pswu01質(zhì)粒與genebank已收錄的耐藥質(zhì)粒lj04(登錄號(hào):kt185451.1)的全長(zhǎng)151,466個(gè)序列中有85%相同;與另一genebank收錄的耐藥質(zhì)粒pkp1034質(zhì)粒(登錄號(hào):kp893385.1)的全長(zhǎng)136,848個(gè)序列中有76%相同。pswu01和lj04、pkp1034三個(gè)質(zhì)粒均攜帶有耐藥基因tem-1、ctx-m-65、shv-12、rmtb和kpc-2,其表達(dá)耐藥基因的序列完全相同,只是各自在質(zhì)粒中所處相對(duì)位置有所差異。結(jié)論:1.肺炎克雷伯菌株swu01對(duì)所有18種抗菌藥物均耐藥,為多重耐藥菌株。2.肺炎克雷伯菌株swu01全基因組測(cè)序(genebankaccessionno:cp018454-cp018455)全長(zhǎng)5,536,506bp,平均gc含量57.51%,包含6459個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因,與菌株cp006659.2親緣關(guān)系最近;SWU01含有耐藥質(zhì)粒,其中耐藥基因主要分布在質(zhì)粒PSWU01。3.肺炎克雷伯菌株SWU01質(zhì)粒PSWU01全長(zhǎng)162,552bp,GC含量52.76%,包含250個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因,其中含大量抗菌藥物耐藥編碼基因是菌株多重耐藥的主要原因。
[Abstract]:鑲虹値鍏嬮浄浼弻(Klebsiella pneumoniae KPN)鏄復(fù)搴婂父瑙佺殑緇嗚弻,甯稿紩璧峰師鍙戞，

本文編號(hào)：1480364