三維生物相關(guān)譜網(wǎng)絡(luò)服務(wù)的構(gòu)建
發(fā)布時(shí)間：2020-12-16 05:11
本課題組前期提出了一種基于分子形狀相似性向量的分子描述符---三維生物相關(guān)譜（Three-Dimensional Biologically Relevant Spectrum,BRS-3D）,該描述符可用于基于配體的虛擬篩選、組合藥物和多靶標(biāo)藥物的設(shè)計(jì)等領(lǐng)域。但是由于分子形狀比較的計(jì)算量較大,無(wú)法實(shí)現(xiàn)實(shí)時(shí)計(jì)算,一直未能建立BRS-3D的在線計(jì)算平臺(tái)。本論文通過(guò)總體架構(gòu)設(shè)計(jì)、技術(shù)路線選取、前后端開(kāi)發(fā)、項(xiàng)目部署上線和測(cè)試等步驟,完成BRS-3D網(wǎng)絡(luò)服務(wù)的構(gòu)建,提供對(duì)已經(jīng)計(jì)算完成的近200多萬(wàn)種化合物BRS-3D的查詢和用戶給定的單個(gè)化合物BRS-3D的在線計(jì)算以及基于BRS-3D的分子相似性搜索。BRS-3D網(wǎng)絡(luò)服務(wù)包含五大功能模塊:化合物BRS-3D的查詢、化合物BRS-3D在線計(jì)算、基于BRS-3D的分子相似性搜索、任務(wù)調(diào)度和用戶管理。a)化合物BRS-3D的查詢:用戶通過(guò)提交給定化合物的Canonical SMILES或直接上傳該化合物mol2格式的三維結(jié)構(gòu)文件,即可在已完成計(jì)算的BRS-3D數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行查詢,結(jié)果可以CSV或JSON格式下載。b)化合物BRS-3D在線計(jì)算:若已計(jì)算...
【文章來(lái)源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：109 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
藥物研發(fā)流程
將前期工作成果進(jìn)行很好的保存，不論是網(wǎng)絡(luò)服務(wù)使用者還是下一版開(kāi)發(fā)者，都可以很方便地對(duì)其中內(nèi)容進(jìn)行調(diào)取使用。借助于本網(wǎng)絡(luò)服務(wù)，用戶可以從一個(gè)感興趣的化合物出發(fā)，得到在蛋白質(zhì)活性空間中該化合物的高維描述符，用戶可以借助此結(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)等方法自行構(gòu)建擬合和判別模型，加速后續(xù)虛擬篩選等工作。同時(shí)，用戶還可以以點(diǎn)到面地得到在生物活性空間中與目標(biāo)化合物具有較高相似度的一批化合物，用于后續(xù)的研究中。本項(xiàng)目源代碼邏輯清晰，結(jié)構(gòu)明了，具有令人滿意的穩(wěn)定性和較高的可移植性。創(chuàng)新點(diǎn)在于作者基于 BRS-3D 算法，采用 Node.js 平臺(tái)配合 MongoDB 數(shù)據(jù)庫(kù)，首次構(gòu)建了 BRS-3D 多功能網(wǎng)絡(luò)服務(wù)平臺(tái)。在本服務(wù)中，作者通過(guò)需求調(diào)研，獨(dú)立完成前后端開(kāi)發(fā)，最終構(gòu)建了一套全自動(dòng)化合物 BRS-3D 在線計(jì)算流程。同時(shí)基于化合物的 BRS-3D 特征，構(gòu)建了分子相似性搜索功能，可根據(jù)已知的活性化合物快速發(fā)現(xiàn)具有潛在活性的候選商品化合物，用于先導(dǎo)化合物的優(yōu)化、“Me Too”藥物設(shè)計(jì)等研究之中。用戶可以將得到的這批化合物于自己的藥物篩選策略相配合，為日后的藥物研發(fā)打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。
式化的時(shí)間組件：Moment.js。原生 JavaScript 提供了函數(shù) Da使用起來(lái)非常繁瑣。Moment.js 語(yǔ)法簡(jiǎn)潔易懂，可擴(kuò)展http://momentjs.com/)可將時(shí)間封裝成一個(gè) moment 對(duì)象，傳入多種形式進(jìn)行構(gòu)造。還可以使用 get 和 set 方法來(lái)對(duì)時(shí)間和日持時(shí)間加減、查詢、驗(yàn)證等操作。ongoDB 數(shù)據(jù)庫(kù)操作組件：Mongoose。Mongoose(https://www.m.js 平臺(tái)下對(duì) MongoDB 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行操作的一個(gè)組件，也是在 B頻率最高的組件之一。可以首先使用 connect 方法將 No建立連接。其次可以使用 mongoose 中的 schema 對(duì)文檔的基，生成文檔模板。然后通過(guò)定義好的文檔模板生成數(shù)據(jù)庫(kù)模型增、刪、改、查等操作都是通過(guò) model 對(duì) MongoDB 進(jìn)行操作中只有集合和文檔，而 schema 和 model 都是定義和生成集合
本文編號(hào)：2919590
【文章來(lái)源】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)湖北省 211工程院校 教育部直屬院校
【文章頁(yè)數(shù)】：109 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【部分圖文】：
藥物研發(fā)流程
將前期工作成果進(jìn)行很好的保存，不論是網(wǎng)絡(luò)服務(wù)使用者還是下一版開(kāi)發(fā)者，都可以很方便地對(duì)其中內(nèi)容進(jìn)行調(diào)取使用。借助于本網(wǎng)絡(luò)服務(wù)，用戶可以從一個(gè)感興趣的化合物出發(fā)，得到在蛋白質(zhì)活性空間中該化合物的高維描述符，用戶可以借助此結(jié)合機(jī)器學(xué)習(xí)等方法自行構(gòu)建擬合和判別模型，加速后續(xù)虛擬篩選等工作。同時(shí)，用戶還可以以點(diǎn)到面地得到在生物活性空間中與目標(biāo)化合物具有較高相似度的一批化合物，用于后續(xù)的研究中。本項(xiàng)目源代碼邏輯清晰，結(jié)構(gòu)明了，具有令人滿意的穩(wěn)定性和較高的可移植性。創(chuàng)新點(diǎn)在于作者基于 BRS-3D 算法，采用 Node.js 平臺(tái)配合 MongoDB 數(shù)據(jù)庫(kù)，首次構(gòu)建了 BRS-3D 多功能網(wǎng)絡(luò)服務(wù)平臺(tái)。在本服務(wù)中，作者通過(guò)需求調(diào)研，獨(dú)立完成前后端開(kāi)發(fā)，最終構(gòu)建了一套全自動(dòng)化合物 BRS-3D 在線計(jì)算流程。同時(shí)基于化合物的 BRS-3D 特征，構(gòu)建了分子相似性搜索功能，可根據(jù)已知的活性化合物快速發(fā)現(xiàn)具有潛在活性的候選商品化合物，用于先導(dǎo)化合物的優(yōu)化、“Me Too”藥物設(shè)計(jì)等研究之中。用戶可以將得到的這批化合物于自己的藥物篩選策略相配合，為日后的藥物研發(fā)打下堅(jiān)實(shí)基礎(chǔ)。
式化的時(shí)間組件：Moment.js。原生 JavaScript 提供了函數(shù) Da使用起來(lái)非常繁瑣。Moment.js 語(yǔ)法簡(jiǎn)潔易懂，可擴(kuò)展http://momentjs.com/)可將時(shí)間封裝成一個(gè) moment 對(duì)象，傳入多種形式進(jìn)行構(gòu)造。還可以使用 get 和 set 方法來(lái)對(duì)時(shí)間和日持時(shí)間加減、查詢、驗(yàn)證等操作。ongoDB 數(shù)據(jù)庫(kù)操作組件：Mongoose。Mongoose(https://www.m.js 平臺(tái)下對(duì) MongoDB 數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行操作的一個(gè)組件，也是在 B頻率最高的組件之一。可以首先使用 connect 方法將 No建立連接。其次可以使用 mongoose 中的 schema 對(duì)文檔的基，生成文檔模板。然后通過(guò)定義好的文檔模板生成數(shù)據(jù)庫(kù)模型增、刪、改、查等操作都是通過(guò) model 對(duì) MongoDB 進(jìn)行操作中只有集合和文檔，而 schema 和 model 都是定義和生成集合
本文編號(hào)：2919590
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