本文關(guān)鍵詞：鴨FTO基因多態(tài)位點(diǎn)篩選和生物信息學(xué)分析

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【摘要】：為挖掘FTO基因的SNP,為今后進(jìn)一步研究該基因遺傳變異奠定基礎(chǔ)。本研究以櫻桃谷鴨為試驗(yàn)對(duì)象,構(gòu)建DNA池,對(duì)第2外顯子、第4外顯子和第5外顯子直接測(cè)序,篩選與脂質(zhì)性狀相關(guān)的SNP位點(diǎn)。結(jié)果表明:FTO基因存在2個(gè)SNPs位點(diǎn)突變,在第5外顯子發(fā)現(xiàn)1個(gè)SNP位點(diǎn)突變,另外一個(gè)在g.33942位點(diǎn)處,堿基A突變?yōu)閴A基G,引起天冬氨酸(GAT)變?yōu)楦拾彼?GGT),在g.33781位點(diǎn)處,存在堿基T和A的突變(在內(nèi)含子處,沒(méi)有引起氨基酸的改變);RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的最小自由能由-475.50 kcal/mol變?yōu)?477.40 kcal/mol。蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn),突變前后,α螺旋、β轉(zhuǎn)角、延伸鏈和自由卷曲數(shù)值均有所改變。其中,α螺旋所占比例有所下降,但比重仍為最大,自由卷曲數(shù)量由原來(lái)的186個(gè)減少到185,比例由33.27%減少32.09%。突變前后多態(tài)位點(diǎn)導(dǎo)致FTO基因編碼的蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)也有所改變。FTO基因篩選出的SNP位點(diǎn),引起RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)甚至是其編碼的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的改變,可能進(jìn)一步引起功能的改變。
【作者單位】： 貴州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院;高原山地動(dòng)物遺傳育種與繁殖省部共建教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;貴州省動(dòng)物遺傳育種與繁殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： FTO基因 SNP 生物信息學(xué)分析
【基金】：教育部博士點(diǎn)基金(20115201120004)資助
【分類號(hào)】：S834
【正文快照】： Bioinformatic Analysis and Polymorphism of FTO Gene in DuckWang Dandan1,2,3Zhang Yiyu1,2,3*Li Wangui1,2,3Luo Hualun1,2,31 College of Animal Sciences,Guizhou University,Guiyang,550025;2 Key Laboratory of Animal Genetics,Breeding and Reproduction in the Pl

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