本文關鍵詞：2014年中國麻疹的流行病學和四種麻疹病毒基因型H基因特征分析

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【摘要】：目的對2014年全國麻疹報告確診病例流行病學數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析,了解全國麻疹流行病學特征,對2014年全國麻疹報告確診病例進行空間分析,了解麻疹發(fā)病的空間分布特點及空間面積單元(省為基本單元)間疹發(fā)病的空間自相關關系和探索熱點；分析2014年全國麻疹病毒野毒株基因型特征分布及分子流行病學特征；研究2013-2014年引起中國大陸4起麻疹暴發(fā)疫情的四種基因型(包括H1, B3, D8, D9)麻疹野毒株的血凝素蛋白(H)基因核苷酸和氨基酸變異特征,為預防控制本土和輸入性麻疹疫情提供科學依據(jù)。方法分析中國2014年中國疾病預防控制中心信息系統(tǒng)麻疹監(jiān)測信息報告管理系統(tǒng)的流行病學數(shù)據(jù)。ArcGis軟件導入省基本單元的shp地理數(shù)據(jù),屬性表通過地理行政編碼連接相關外部excel數(shù)據(jù)表,導入病例數(shù),發(fā)病率等分析指標,再導出該圖層所有要素；使用Geoda軟件創(chuàng)建權重矩陣,利用單變量分析指標分析面積單元的的空間自相關關系。使用SatScan軟件以市為地理單位,天為時間單位,進行時空掃描,探索熱點區(qū)域。麻疹病原學常規(guī)監(jiān)測數(shù)據(jù)分析方法,按照用于基因型鑒定的450bpN羧基末端模板目的片段,使用sequencher軟件對測序的麻疹野毒株原始序列進行剪切。再用WHO推薦的26株A-G基因型毒株序列和Shanghai-191及4株中國H1基因型共31株作為參照株,再用Mega5.0軟件對2014年全國31省分離到的麻疹毒株構建親緣性關系樹進行基因型鑒定和挑選2014年毒株庫中具有時間和空間代表性的29株Hla基因亞型代表株及輸入基因型(B3、D8、D9和G3)的N基因羧基末端450bp核苷酸序列進行同源性分析,了解全國麻疹毒株2014年分子流行病學特征。選擇2013-2014年中國大陸本土麻疹病毒流行株H1基因型和三株輸入性基因型麻疹病毒株D8,D9和B3各一株,提取核酸,用逆轉錄-聚合酶鏈反應(RT-PCR)擴增出H基因編碼區(qū)全長基因片段(1854bp),并對擴增出的產(chǎn)物進行序列測定和分析。以GenBank收錄的H1四株,B3及D8各8株和D9兩株及中國麻疹疫苗株滬191(S191)和長47(C 47)共25株H基因序列作為參照,構建親緣性關系樹和分析H基因核苷酸和氨基酸的遺傳距離和變異特征。結果2014年全國麻疹報告病例數(shù)52637例,全國麻疹報告發(fā)病率3.88/10萬,較2013年(27646例,發(fā)病率2.04/10萬)上升明顯,上升幅度90.4%。2014年麻疹成人病例構成比較往年上升,而小年齡組的(0-15歲)相應降低。2014年較2013年12省發(fā)病率降低,病例數(shù)減少,其中湖南省,安徽省,云南省發(fā)病率降低最明顯,依次下降了4.28/10萬,2.89/10萬,2.11/10萬；21省發(fā)病率上升,病例數(shù)增加,其中遼寧省,天津市,內(nèi)蒙古自治區(qū)發(fā)病率上升最高,依次較13年上升了19.26/10萬,16.35/10萬,12.39/10萬。②免疫史監(jiān)測2014年全國麻疹麻疹確診病例52637例,含麻疹成分疫苗接種史包括接種0劑,1劑,2劑,≥3劑,不詳五種情況,病例數(shù)依次為25766例,3814例,1777例,21242例,有含麻疹成分疫苗明確接種史(包括1劑,2劑,≥3劑)5629例,占麻疹報告病例數(shù)10.1%。小年齡組(8月齡-歲)麻疹報告病例數(shù)20553,其中有含麻疹疫苗成分明確接種史的2693例,占該年齡組病例數(shù)的13.1%。面積單元空間自相關分析結果,2014年全國麻疹報告病例數(shù)與成人麻疹報告病例數(shù)全域Moran'I值及統(tǒng)計學檢驗P值分別為0.1493和0.0212及0.2853和0.000021,在α=0.5水平上具有統(tǒng)計學意義；而小于8月齡的嬰兒全域Moran's I值為0.1012,p值為0.5725,全國小于8月齡嬰兒報告病例數(shù)在中國區(qū)域內(nèi)無空間自相關性,但局域Moran's I分析,遼寧省與臨省間存在高-高空間自相性,而浙江省與臨省存在低-低空間自相關。對全國所有病例報告發(fā)病率進行空間自相關分析,其結果為全域Moran's I值為0.2848,P值為0.000069,報告發(fā)病率在全局上存在正相關關系。熱點探索結果為,第一類聚集區(qū)在北京,天津,吉林、遼寧和內(nèi)蒙古五省,其他西南地區(qū)和西北地區(qū),湖南局部存在發(fā)病熱點。麻疹病原學監(jiān)測結果,2014年全國監(jiān)測到麻疹毒株且有N羧基末端450bp核苷酸序列毒株4938株,其中Hla基因亞型4891株,占99.03%,10株B3基因型,3株D8,9株D9,和1株G3。北京市監(jiān)測麻疹毒株1279株,其中Hla1271株,2株D8,1株B3,和5株VAC。從4891株H1a毒株中挑選了29株代表株進行同源性分析,基于N基因羧基末端450bp序列,結果顯示,29株核苷酸序列同源性為96.1%-99.8%,核苷酸差異個數(shù)在1-18個,氨基酸同源性為99.0%-99.8,氨基酸差異為1～2個。29株序列同S191相比,核苷酸同源性89.2%-91.9%(36～48),氨基酸同源性為98.5%-98.7%(2-3)。與Chin9322/H1a核苷酸同源性為97.3%-98.9%(5-12),氨基酸同源性為99.2%-99.5%(1～2)；與Chin9475/H1b相比核苷酸同源性為95.1%-96.8%(14～22),氨基酸同源性為98.8%-99.1%(2)。4株不同基因型野毒株與A基因型疫苗株H基因核苷酸和氨基酸同源性為94.2%-96.7%,95.4%-96.7%,氨基酸差異數(shù)為20-28,其中Beijingl4-1 (Hla)與A基因型疫苗株H基因同源性最低。Hla毒株與1993-1994年分離的毒株核苷酸同源性較高為97.7%-98.2%。 Beijingl4-1(H1a)和Shanghail4-1(B3)第240位點氨基酸位點由S→N,導致HA蛋白的1個N-糖基化位點丟失。結論2014年全國麻疹報告病例數(shù)及發(fā)病率較2013年增加明顯,成人麻疹病例比例上升,小年齡組相對降低。需加強常規(guī)免疫接種及在高發(fā)病率地區(qū)加強麻疹強化免疫。2014年麻疹發(fā)病存在多個聚集區(qū),華北,東北,西南,西北等地區(qū)。麻疹報告病例數(shù)、成人麻疹報告病例數(shù)及報告發(fā)病率在全局上具有正相關作用,小于8月齡嬰兒報告病例數(shù)全局空間自相關性無統(tǒng)計學意義；局域空間自相關分析各項指標(總報告病例數(shù),成人報告病例數(shù)和報告發(fā)病率)高-高空間自相關主要在河北省、遼寧省和吉林省,低-低空間自相關關系主要在浙江及四川省。4株野毒株與中國A基因型疫苗株H基因核苷酸和氨基酸同源性較高,且重要中和抗原位點未出現(xiàn)明顯突變。A基因型疫苗株對我國流行的H1a亞型及B3、D8和D9輸入性基因型野毒株感染仍具有保護作用。
【關鍵詞】：麻疹 流行病學 空間自相關 血凝素蛋白 麻疹病毒 基因特征 輸入性聯(lián)防聯(lián)控
【學位授予單位】：中國疾病預防控制中心
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R511.1;R181.3
【目錄】：

• 英文縮略詞表6-7
• 摘要7-9
• Abstract9-12
• 前言12-15
• 一、麻疹12
• 二、麻疹病毒12-13
• 三、麻疹全球及我國流行趨勢13
• 四、麻疹疫苗及免疫進展13
• 五、我國麻疹病原學監(jiān)測進展13-14
• 六、空間統(tǒng)計分析與空間決策14
• 七、我國麻疹消除課題14-15
• 材料與方法15-30
• 一、數(shù)據(jù)來源15-16
• 1.1 流行病學調(diào)查信息15
• 1.2 核酸檢測結果15-16
• 1.3 病毒分離結果16
• 1.4 基因型鑒定結果16
• 二、實驗耗材與實驗方法16-17
• 2.1 毒株來源與病毒分離16
• 2.2 細胞來源16-17
• 三、實驗試劑及主要儀器17-19
• 3.1 實驗試劑17
• 3.2 主要實驗儀器及作用17-19
• 四、實驗方法19-27
• 4.1 Vero/hSLAM細胞培養(yǎng)相關技術19-21
• 4.2 病毒分離與增殖21
• 4.3 病毒RNA提取21-22
• 4.4 RT-PCR22-24
• 4.5 PCR產(chǎn)物的檢測和鑒定24-25
• 4.6 N基因COOH末端片斷測序25-26
• 4.7 H基因全長測序26-27
• 五、數(shù)據(jù)分析方法27-29
• 5.1 序列整理和其他相關分析軟件27
• 5.2 流行病學分析方法27-29
• 六、技術路線29-30
• 結果30-54
• 一、麻疹傳統(tǒng)流行病學分析30-37
• 1.1 流行病學特征30
• 1.2 時間分布30-31
• 1.3 人群分布31-33
• 1.4 地區(qū)分布33-35
• 1.5 暴發(fā)分析35
• 1.6 含麻疹成分疫苗接種史35-36
• 1.7 臨床癥狀36-37
• 二、空間流行病學分析37-41
• 2.1 空間自相關分析37-40
• 2.2 時空模型40-41
• 三、麻疹病毒分子流行病學分析(基于N基因羧基末端450bp)41-49
• 3.1 麻疹病毒的分離和RT-PCR鑒定41-42
• 3.2 各省麻疹野毒株代表株及其標準命名42
• 3.3 麻疹野毒株基因型鑒定結果分析42-45
• 3.4 麻疹野毒株基因序列同源性分析45-49
• 四、麻疹病毒四種基因型分離株H基因全長核苷酸和氨基酸特征分析49-54
• 4.1 分離毒株來源及基因定型49
• 4.2 RT-PCR結果49
• 4.3 序列分析49-54
• 總結與討論54-57
• 1 流行病學部分54-55
• 1.1 傳統(tǒng)流行病學54
• 1.2 空間統(tǒng)計分析54-55
• 2 基因特征分析55-56
• 2.1 分子流行病學55
• 2.2 H基因特征分析55-56
• 3 總結56-57
• 參考文獻57-62
• 文獻綜述62-67
• 一、麻疹新特點62
• 二、0～8月齡嬰兒麻疹抗體水平與感染危險因素62-63
• 三、成人麻疹抗體水平與感染危險因素63
• 綜述參考文獻63-67
• 攻讀學位期間發(fā)表論文情況67
• 致謝67

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本文編號：527180