利用生物信息學和比較基因組學方法對高粱COBRA基因家族進行鑒定,并對其基因結構、系統(tǒng)進化、選擇壓力和表達模式進行分析,為進一步研究COBRA基因功能奠定基礎。結果表明,在高粱基因組中共鑒定出10個COBRA基因,分別命名為SbBC1和SbBC1L1—SbBC1L9,其中5個成員分布于1號染色體,4個成員分布于2號染色體,僅SbBC1L6分布于6號染色體,同時明確了SbBC1L1和SbBC1L3、SbBC1和SbBC1L4、SbBC1L2和SbBC1L5共6個成員是由3次串聯(lián)復制事件產(chǎn)生。此外,這些基因編碼蛋白質在N端都具有信號肽和CCVS保守結構域,除SbBC1L5外,其他9個成員C端都有GPI錨定蛋白的ω-位點。系統(tǒng)進化分析顯示,COBRA基因家族可以分為兩組,第一組包含A、B亞組;第二組包含C、D、E和F亞組。其中,B亞組產(chǎn)生于單子葉和雙子葉植物分化之后,屬于單子葉植物特有類群,而C亞組在單子葉和雙子葉植物中都發(fā)生COBRA基因丟失。Ka(非同義替換率)/Ks(同義替換率)值揭示,所有高粱COBRA基因在進化過程中都受到了純化選擇。表達分析顯示,在高粱的11個檢測樣本中,所有家族...

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【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 試驗材料
    1.2 高粱和其他11種代表性植物的COBRA基因的鑒定
    1.3 高粱COBRA基因家族的生物信息學分析
    1.4 高粱COBRA基因家族復制事件和選擇壓力
    1.5 高粱COBRA基因家族的表達分析
2 結果與分析
    2.1 高粱COBRA基因家族的鑒定
    2.2 高粱和其他11種被子植物的COBRA蛋白的系統(tǒng)發(fā)育分析
    2.3 高梁COBRA基因家族選擇壓力分析
    2.4 高粱COBRA蛋白的系統(tǒng)進化和基因結構分析
    2.5 高粱COBRA基因家族成員的表達分析
3 結論與討論



本文編號：3853575