目的:旨在通過生物信息學方法篩選與腎透明細胞癌(ccRCC)發(fā)生、發(fā)展相關的關鍵樞紐基因.方法:從公共基因數(shù)據(jù)庫下載ccRCC基因芯片數(shù)據(jù)集(GSE66270)并篩選ccRCC組織與正常癌旁組織樣本間的差異表達基因.R軟件的clusterProfiler程序包用于差異表達基因的基因本體(GO)功能注釋、京都基因與基因組百科全書(KEGG)通路富集分析.使用STRING數(shù)據(jù)庫、Cytoscape軟件構建蛋白互作網(wǎng)絡(PPI)并篩選關鍵樞紐基因.通過GEPIA數(shù)據(jù)庫對關鍵樞紐基因進行驗證和預后分析.結果:共篩選出280個差異表達基因.GO分析結果顯示差異表達基因在離子的穩(wěn)態(tài)、跨膜轉運和離子跨膜轉運蛋白活性中顯著富集.KEGG富集分析結果顯示,差異表達基因主要參與PPAR信號通路、補體和凝血級聯(lián)反應以及膽固醇代謝等相關腫瘤信號通路.從差異表達基因中篩選出7個關鍵樞紐基因,包括3個上調基因C3、CXCR4、CXCL9和4個下調基因EGF、ALB、KNG1、CASR.生存分析結果顯示,關鍵樞紐基因C3和CASR與ccRCC患者的預后不良相關.結論:通過生物信息學方法篩選了與ccRCC發(fā)生、發(fā)展相...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 基因芯片數(shù)據(jù)的獲取
    1.2 差異表達基因分析
    1.3 GO功能注釋和KEGG通路富集
    1.4 PPI網(wǎng)絡的構建及模塊分析
    1.5 關鍵樞紐基因的驗證和生存分析
    1.6 統(tǒng)計學方法
2 結果
    2.1 ccRCC組織與正常腎組織之間的差異表達基因
    2.2 差異表達基因的GO功能注釋和KEGG通路富集分析
    2.3 PPI網(wǎng)絡的構建及關鍵樞紐基因的篩選
    2.4 關鍵樞紐基因的驗證和生存分析
3 討論



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