結(jié)直腸癌（Colorectal cancer,CRC）是世界上最常見的惡性腫瘤之一。國內(nèi)外許多學(xué)者對(duì)CRC進(jìn)行了大量的分子機(jī)制研究,產(chǎn)生了海量的數(shù)據(jù)。我們通過數(shù)據(jù)挖掘和分子實(shí)驗(yàn)相結(jié)合的研究方法,尋找潛在的致病基因。為結(jié)直腸癌的分子機(jī)制研究提供參考。首先,利用基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫（Gene Expression Omnibus,GEO）中的數(shù)據(jù)集GSE87211進(jìn)行了權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）,并通過關(guān)聯(lián)臨床信息,篩選了與CRC發(fā)病相關(guān)的關(guān)鍵模塊。另外,我們通過關(guān)鍵模塊基因的基因本體論（Gene Ontology,GO）和京都基因與基因組百科全書富集分析（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）,尋找其功能通路。進(jìn)一步利用Cytoscape平臺(tái)篩選樞紐基因。此外,我們對(duì)樞紐基因進(jìn)行了初步驗(yàn)證及分子機(jī)制的探討。最終,我們分析得到2個(gè)關(guān)鍵模塊（綠色和棕色模塊）,它們可能通過細(xì)胞外基質(zhì)（EMC）途徑、PI3K-AKT和趨化因子信號(hào)通路調(diào)控CRC的發(fā)... 

【文章頁數(shù)】：81 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略詞表
前言
1 篩選結(jié)直腸癌潛在生物標(biāo)志物
    1.1 前言
        1.1.1 WGCNA理論基礎(chǔ)
        1.1.2 GO功能注釋和KEGG通路富集
        1.1.3 cytoscape插件cyto Hubba
    1.2 數(shù)據(jù)分析來源及方法
        1.2.1 數(shù)據(jù)來源及預(yù)處理
        1.2.2 WGCNA分析
        1.2.3 功能注釋和通路富集分析
        1.2.4 篩選模塊的樞紐基因
    1.3 結(jié)果
        1.3.1 WGCNA軟閾值
        1.3.2 基于計(jì)算異構(gòu)層次聚類方法構(gòu)建WGCNA
        1.3.3 關(guān)鍵模塊的識(shí)別
        1.3.4 關(guān)鍵模塊的GO功能注釋和KEGG通路分析
        1.3.5 篩選樞紐基因
    1.4 討論
2 樞紐基因的驗(yàn)證
    2.1 前言
        2.1.1 數(shù)據(jù)庫交叉驗(yàn)證
        2.1.2 分子水平驗(yàn)證
    2.2 數(shù)據(jù)分析方法
        2.2.1 差異基因驗(yàn)證
        2.2.2 數(shù)據(jù)庫交叉驗(yàn)證
        2.2.3 BEST2 基因分子水平驗(yàn)證
        2.2.4 CBX2 基因臨床樣本驗(yàn)證
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 生存分析驗(yàn)證
        2.3.2 表達(dá)水平驗(yàn)證
        2.3.3 文獻(xiàn)研究驗(yàn)證
        2.3.4 BEST2 基因分子水平驗(yàn)證
        2.3.5 CBX2 基因臨床樣本驗(yàn)證
    2.4 討論
3 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
綜述 權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析在疾病中的應(yīng)用
    參考文獻(xiàn)
作者簡歷及在學(xué)期間所取得的科研成果
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
[1]基于加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的腫瘤中特異表達(dá)基因篩選方法研究[D]. 劉毅.哈爾濱工程大學(xué) 2018
[2]基于加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)算法的遺傳數(shù)據(jù)分析與應(yīng)用[D]. 徐文靜.北京工業(yè)大學(xué) 2018
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本文編號(hào)：3702125