藥用蒲公英低溫和高溫脅迫下內(nèi)參基因篩選與相關(guān)基因表達(dá)分析
發(fā)布時(shí)間:2022-01-23 20:54
為研究不同溫度脅迫下藥用蒲公英最適內(nèi)參基因與溫度響應(yīng)相關(guān)基因的表達(dá),分別以低溫(4℃)和高溫(38℃)脅迫0、3、6、12、24和48 h共12個(gè)處理的葉片為材料,選取10個(gè)候選內(nèi)參基因18S、EF1α、TUB、40S、GAPDH、β-actin、ACT11、TUA、60S和SKIP,利用RT-qPCR技術(shù)以及geNorm、NormFinder和BestKeeper軟件評(píng)價(jià)其穩(wěn)定性。利用篩選出的最適內(nèi)參基因?qū)λ幱闷压?2個(gè)溫度響應(yīng)基因(AP2/ERF、Dof、ICE1、MYB、b ZIP、NTL6、HSF、Gols、HSP、NAC、XCT和WRKY)的表達(dá)水平進(jìn)行定量分析。結(jié)果顯示:溫度脅迫下藥用蒲公英最適內(nèi)參基因?yàn)?8S和GAPDH;藥用蒲公英AP2/ERF、HSF、Glos、HSP、NAC、XCT基因在低溫和高溫脅迫下均為先上調(diào)后下調(diào)表達(dá),bZIP、NTL6在溫度脅迫下波動(dòng)變化,Dof、ICE1、MYB在低溫脅迫下先上調(diào)后下調(diào)表達(dá),高溫脅迫下持續(xù)下調(diào)表達(dá),WRKY在高溫脅迫下表達(dá)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于低溫脅迫。依據(jù)基因表達(dá)量推測(cè),藥用蒲公英低溫和高溫脅迫的響應(yīng)機(jī)制存在差異,AP2/ERF、D...
【文章來源】:園藝學(xué)報(bào). 2020,47(06)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:12 頁
【部分圖文】:
藥用蒲公英RNA(A)和候選內(nèi)參基因瓊脂糖電泳圖譜(B)
CT值是反映基因表達(dá)豐度的重要參數(shù)。對(duì)各處理10個(gè)候選內(nèi)參基因的CT值進(jìn)行統(tǒng)計(jì)(圖2),10個(gè)基因CT值在17~38之間,18S和GAPDH的CT比較小,其基因表達(dá)豐度高,ACT11、TUA、60S、SKIP的CT比較大,基因表達(dá)豐度低,EF1α、TUB、40S、β-actin的CT處于中間范圍。簡單從CT值可以看出18S在不同脅迫時(shí)期表達(dá)較為穩(wěn)定,且表達(dá)較高,可以作為內(nèi)參基因。2.3 藥用蒲公英溫度脅迫下候選內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性
geNorm軟件V值(配對(duì)變異值,Pairwise variation value)可以確定篩選內(nèi)參基因的數(shù)量,M值(表達(dá)穩(wěn)定值,Expression stability)可以判斷基因穩(wěn)定性,M值越小越穩(wěn)定。由圖3,A可知,配對(duì)變異值V2/3小于0.15,所以2個(gè)基因作為溫度脅迫下內(nèi)參基因組合便可滿足要求。由圖3,B可知,M值以18S和GAPDH最小,穩(wěn)定性最好,因此選擇18S和GAPDH組合作為藥用蒲公英溫度脅迫下內(nèi)參基因。2.3.2 NormFinder
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]核桃不定根發(fā)生階段內(nèi)參基因篩選與關(guān)鍵基因表達(dá)分析[J]. 宋曉波,常英英,劉昊,徐慧敏,裴東. 園藝學(xué)報(bào). 2019(10)
[2]西南鳶尾花色變異實(shí)時(shí)定量PCR內(nèi)參基因的篩選與驗(yàn)證[J]. 馬璐琳,崔光芬,王祥寧,賈文杰,段青,杜文文,王繼華,陳發(fā)棣. 核農(nóng)學(xué)報(bào). 2019(09)
[3]銀杏實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析中內(nèi)參基因的選擇與驗(yàn)證[J]. 蘇西婭,石元豹,楊曉明,汪貴斌,曹福亮. 植物生理學(xué)報(bào). 2019(06)
[4]零上低溫脅迫對(duì)藥蒲公英亞顯微結(jié)構(gòu)和生理特性的影響[J]. 喬永剛,王勇飛,陳亮,崔芬芬,曹亞萍,宋蕓. 草地學(xué)報(bào). 2018(06)
[5]作物耐熱生理基礎(chǔ)與基因發(fā)掘研究進(jìn)展[J]. 吳昊,李燕敏,謝傳曉. 作物雜志. 2018(05)
[6]朱頂紅實(shí)時(shí)熒光定量PCR中不同組織器官內(nèi)參基因的篩選[J]. 劉曉婷,王順利,薛璟祺,薛玉前,呂英民,張秀新. 園藝學(xué)報(bào). 2018(05)
[7]蔬菜作物應(yīng)答非生物逆境脅迫的分子生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 郭仰東,張磊,李雙桃,曹蕓運(yùn),齊傳東,王晉芳. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(06)
[8]干旱、高鹽及低溫脅迫下植物生理及轉(zhuǎn)錄因子的應(yīng)答調(diào)控[J]. 王冰,程憲國. 植物營養(yǎng)與肥料學(xué)報(bào). 2017(06)
[9]模擬增溫下短花針茅實(shí)時(shí)熒光定量內(nèi)參基因的篩選及驗(yàn)證[J]. 高金玉,郭慧琴,曹路,韓冰. 草地學(xué)報(bào). 2017(05)
[10]藥用植物有效成分生物合成途徑解析及其應(yīng)用[J]. 馬瑩,郭娟,毛亞平,曾雯,詹志來,孟繁蘊(yùn),黃璐琦. 中華中醫(yī)藥雜志. 2017(05)
博士論文
[1]大豆苗期干旱和高溫脅迫應(yīng)答機(jī)制研究及關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子的篩選[D]. 王利彬.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]甘藍(lán)型油菜低溫誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄組和蛋白組分析[D]. 杜春芳.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]利用基因芯片技術(shù)發(fā)掘小麥內(nèi)參基因及抗赤霉病相關(guān)基因[D]. 龍翔宇.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
碩士論文
[1]基于實(shí)時(shí)熒光定量PCR的忍冬內(nèi)參基因篩選[D]. 劉霞宇.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]近30年華北地區(qū)夏季極端高溫天氣事件及其影響機(jī)理研究[D]. 李小鋒.蘭州大學(xué) 2015
[3]擬南芥溫度脅迫和紅光響應(yīng)基因XCT表觀遺傳機(jī)理探究[D]. 王玉晗.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[4]鹽堿脅迫對(duì)蒲公英種子萌發(fā)及幼苗生長影響的研究[D]. 張曉暉.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
本文編號(hào):3605133
【文章來源】:園藝學(xué)報(bào). 2020,47(06)北大核心CSCD
【文章頁數(shù)】:12 頁
【部分圖文】:
藥用蒲公英RNA(A)和候選內(nèi)參基因瓊脂糖電泳圖譜(B)
CT值是反映基因表達(dá)豐度的重要參數(shù)。對(duì)各處理10個(gè)候選內(nèi)參基因的CT值進(jìn)行統(tǒng)計(jì)(圖2),10個(gè)基因CT值在17~38之間,18S和GAPDH的CT比較小,其基因表達(dá)豐度高,ACT11、TUA、60S、SKIP的CT比較大,基因表達(dá)豐度低,EF1α、TUB、40S、β-actin的CT處于中間范圍。簡單從CT值可以看出18S在不同脅迫時(shí)期表達(dá)較為穩(wěn)定,且表達(dá)較高,可以作為內(nèi)參基因。2.3 藥用蒲公英溫度脅迫下候選內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性
geNorm軟件V值(配對(duì)變異值,Pairwise variation value)可以確定篩選內(nèi)參基因的數(shù)量,M值(表達(dá)穩(wěn)定值,Expression stability)可以判斷基因穩(wěn)定性,M值越小越穩(wěn)定。由圖3,A可知,配對(duì)變異值V2/3小于0.15,所以2個(gè)基因作為溫度脅迫下內(nèi)參基因組合便可滿足要求。由圖3,B可知,M值以18S和GAPDH最小,穩(wěn)定性最好,因此選擇18S和GAPDH組合作為藥用蒲公英溫度脅迫下內(nèi)參基因。2.3.2 NormFinder
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]核桃不定根發(fā)生階段內(nèi)參基因篩選與關(guān)鍵基因表達(dá)分析[J]. 宋曉波,常英英,劉昊,徐慧敏,裴東. 園藝學(xué)報(bào). 2019(10)
[2]西南鳶尾花色變異實(shí)時(shí)定量PCR內(nèi)參基因的篩選與驗(yàn)證[J]. 馬璐琳,崔光芬,王祥寧,賈文杰,段青,杜文文,王繼華,陳發(fā)棣. 核農(nóng)學(xué)報(bào). 2019(09)
[3]銀杏實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析中內(nèi)參基因的選擇與驗(yàn)證[J]. 蘇西婭,石元豹,楊曉明,汪貴斌,曹福亮. 植物生理學(xué)報(bào). 2019(06)
[4]零上低溫脅迫對(duì)藥蒲公英亞顯微結(jié)構(gòu)和生理特性的影響[J]. 喬永剛,王勇飛,陳亮,崔芬芬,曹亞萍,宋蕓. 草地學(xué)報(bào). 2018(06)
[5]作物耐熱生理基礎(chǔ)與基因發(fā)掘研究進(jìn)展[J]. 吳昊,李燕敏,謝傳曉. 作物雜志. 2018(05)
[6]朱頂紅實(shí)時(shí)熒光定量PCR中不同組織器官內(nèi)參基因的篩選[J]. 劉曉婷,王順利,薛璟祺,薛玉前,呂英民,張秀新. 園藝學(xué)報(bào). 2018(05)
[7]蔬菜作物應(yīng)答非生物逆境脅迫的分子生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 郭仰東,張磊,李雙桃,曹蕓運(yùn),齊傳東,王晉芳. 中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(06)
[8]干旱、高鹽及低溫脅迫下植物生理及轉(zhuǎn)錄因子的應(yīng)答調(diào)控[J]. 王冰,程憲國. 植物營養(yǎng)與肥料學(xué)報(bào). 2017(06)
[9]模擬增溫下短花針茅實(shí)時(shí)熒光定量內(nèi)參基因的篩選及驗(yàn)證[J]. 高金玉,郭慧琴,曹路,韓冰. 草地學(xué)報(bào). 2017(05)
[10]藥用植物有效成分生物合成途徑解析及其應(yīng)用[J]. 馬瑩,郭娟,毛亞平,曾雯,詹志來,孟繁蘊(yùn),黃璐琦. 中華中醫(yī)藥雜志. 2017(05)
博士論文
[1]大豆苗期干旱和高溫脅迫應(yīng)答機(jī)制研究及關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子的篩選[D]. 王利彬.東北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]甘藍(lán)型油菜低溫誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄組和蛋白組分析[D]. 杜春芳.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[3]利用基因芯片技術(shù)發(fā)掘小麥內(nèi)參基因及抗赤霉病相關(guān)基因[D]. 龍翔宇.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011
碩士論文
[1]基于實(shí)時(shí)熒光定量PCR的忍冬內(nèi)參基因篩選[D]. 劉霞宇.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[2]近30年華北地區(qū)夏季極端高溫天氣事件及其影響機(jī)理研究[D]. 李小鋒.蘭州大學(xué) 2015
[3]擬南芥溫度脅迫和紅光響應(yīng)基因XCT表觀遺傳機(jī)理探究[D]. 王玉晗.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
[4]鹽堿脅迫對(duì)蒲公英種子萌發(fā)及幼苗生長影響的研究[D]. 張曉暉.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2012
本文編號(hào):3605133
本文鏈接:http://www.sikaile.net/kejilunwen/jiyingongcheng/3605133.html
最近更新
教材專著