DNA甲基化是重要的表觀遺傳修飾方式,參與細胞分化、早期胚胎發(fā)育、基因組印記、X染色體失活以及腫瘤發(fā)生等過程的調(diào)控。研究表明異常DNA甲基化使得相關(guān)基因表達失調(diào),與腫瘤的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。因此鑒定腫瘤細胞的異常DNA甲基化變化,并針對性地進行調(diào)節(jié)將有利于腫瘤的診斷和治療。本研究利用RNA-seq數(shù)據(jù)篩選和驗證乳腺癌相關(guān)基因,檢測候選基因與DNA甲基化修飾的相關(guān)性,并探討了利用CRISPR/dCas9技術(shù)對DDR2基因啟動子區(qū)進行甲基化編輯后對基因表達及腫瘤惡性表型的影響。1.不同乳腺癌細胞系中DNA甲基化對基因表達的調(diào)節(jié)本研究首先利用源于NCBI數(shù)據(jù)庫的RNA-seq數(shù)據(jù)分別分析了乳腺癌細胞系MCF7、HS578T與乳腺上皮細胞系MCF10A的差異基因,求交集后得出62個共同差異基因,根據(jù)已有文獻報道篩選出10個與乳腺癌發(fā)生相關(guān)的基因并進行驗證,qPCR結(jié)果顯示與RNA-seq數(shù)據(jù)趨勢一致。在選擇的10個基因中,DDR2對乳腺癌遷移與侵襲具有重要作用,本研究進一步檢測了不同乳腺癌細胞系MCF7、HS578T與BCAP37中DDR2基因表達。結(jié)果表明,三種乳腺癌細胞中DDR2 mRNA與... 

【文章來源】：內(nèi)蒙古大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū) 211工程院校

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

RNA-seq數(shù)據(jù)分析

圖 2.2 不同乳腺癌細胞系 DDR2 基因的 mRNA 與蛋白水平顯著大于乳腺上皮細胞（p<0.05）。A. mRNA 表達。B.蛋白表達。g.2.2 The mRNA and protein levels of DDR2 gene in different breast cancer cell lines were significantly hithan those in breast epithelial cells（p<0.05）.A. mRNA expression. B. protein expression.2.2 DDR2 基因在不同乳腺癌細胞系的甲基化程度為檢測 DNA 甲基化與 DDR2 基因表達的關(guān)系，本研究利用亞硫酸氫鹽測序方法對 DD因啟動子區(qū)甲基化進行分析。結(jié)果表明，不同乳腺癌細胞系的 DDR2 基因 DNA 甲基化顯著低于乳腺上皮細胞（p<0.05），其中三陰性乳腺癌細胞系 HS578T 的 DDR2 基因位于未甲基化狀態(tài)（圖 2.3 C）。結(jié)合 DDR2 基因的 mRNA 及蛋白表達分析，可得出 DD因的表達與其基因啟動子區(qū) DNA 甲基化負相關(guān)。圖 2.3 A 是 DDR2 基因 PCR 結(jié)果，該長 196 bp，PCR 最適退火溫度為 59℃。圖 2.3 B 是對轉(zhuǎn)化結(jié)果進行驗證，10 個白斑的目帶（紅色標注）均大于藍斑，說明轉(zhuǎn)化成功，均可送測序。

圖 2.3 不同乳腺癌細胞系的 DDR2 基因甲基化程度顯著小于乳腺上皮細胞（p<0.05）。A. DDR2 基因的 PCR 結(jié)果。B.轉(zhuǎn)化結(jié)果驗證。C.甲基化程度。Fig.2.3 The methylation level of DDR2 gene in different breast cancer cell lineswas significantly lower than that in breast epithelial cells (p<0.05).A. PCR results of DDR2 gene. B. Transformation result verification. C. Methylation level.


本文編號：3579988