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加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析挖掘急性髓系白血病相關(guān)致病基因

發(fā)布時(shí)間:2021-11-14 12:10
  急性髓系白血。ˋML)是一種造血干細(xì)胞惡性增殖引起的血液腫瘤,在我國(guó)以及全球都有著高發(fā)病率和高死亡率。作為一個(gè)高異質(zhì)性疾病,篩選合適的預(yù)后因子對(duì)精準(zhǔn)治療AML來(lái)說(shuō)十分重要。本研究中,我們通過(guò)對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的急性髓系白血病數(shù)據(jù)進(jìn)行加權(quán)共表達(dá)基因網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA),篩選與AML臨床信息顯著相關(guān)的基因模塊,并且進(jìn)一步探究這些模塊中基因的功能和意義。最終我們從16個(gè)模塊中找到一個(gè)與臨床信息最顯著相關(guān)的包含289個(gè)基因的模塊,該模塊中最重要的樞紐基因?yàn)镠OXA家族中的HOXA6基因。關(guān)于HOXA家族與AML的相關(guān)性已經(jīng)被許多文獻(xiàn)證實(shí),但是關(guān)于HOXA6與AML之間的關(guān)系尚不明確。我們通過(guò)統(tǒng)計(jì)學(xué)方法研究,發(fā)現(xiàn)HOXA6的高表達(dá)與FAB分型以及NPM1基因突變相關(guān),結(jié)果表明HOXA6在AML中高表達(dá)可能與預(yù)后不良有關(guān)。本研究將WGCNA應(yīng)用于探索AML相關(guān)基因的研究,為找到AML不良預(yù)后相關(guān)因子奠定了基礎(chǔ),證明了HOXA家族基因在白血病中的作用,也為我們了解AML的分子機(jī)制提供了新的依據(jù)。 

【文章來(lái)源】:浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】:80 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】:碩士

【部分圖文】:

加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析挖掘急性髓系白血病相關(guān)致病基因


造血系統(tǒng)分化圖

流程圖,流程圖,HOX基因,果蠅


浙江大學(xué)碩士學(xué)位論緒論5圖1.2RNA-seq流程圖1.3HOX基因家族同源盒基因(homeoboxgene,HOX)最初是在果蠅中發(fā)現(xiàn)的,沿果蠅前后(antero-posterior,AP)軸分布且在胚胎發(fā)育中發(fā)揮重要作用一組基因。在果蠅中,HOX基因的時(shí)空表達(dá)模式與它們?cè)谌旧w上的位置有關(guān):靠近3’端的基因更多在胚胎發(fā)育早期表達(dá)在前體部位,而靠近5’的基因則更多在胚胎發(fā)育中后期參與后部區(qū)域的表達(dá)[25]。對(duì)小鼠的研究也顯示HOX基因的時(shí)空表達(dá)模式與它們從3’到5’的位置排布有關(guān),這表明HOX基因的時(shí)空表達(dá)模式在哺乳動(dòng)物中可能是保守的[26,27]。人類(lèi)中HOX基因共有39個(gè)成員,分布在2、7、12、17這四條染色體中。在人類(lèi)中HOX基因能轉(zhuǎn)錄出長(zhǎng)約60個(gè)氨基酸的同源蛋白,這些蛋白質(zhì)往往都具有

染色體,位置,基因,白血病


浙江大學(xué)碩士學(xué)位論緒論6相似的與DNA結(jié)合的同源結(jié)構(gòu)域。HOX蛋白作為重要的轉(zhuǎn)錄因子,參與胚胎發(fā)育,造血調(diào)節(jié)等等過(guò)程。尤其是HOXA中有許多基因都被報(bào)道與白血病的形成有關(guān)。其中靠近5’的HOXA1到HOXA4這四個(gè)基因在造血干細(xì)胞(hematopoieticstemcell,HSC)中表達(dá)較活躍,而靠近3’的HOXA7到HOXA13這7個(gè)基因在造血祖細(xì)胞中表達(dá)較多。Bach等人研究了HOXA基因與白血病的關(guān)系,發(fā)現(xiàn)除了HOXA2和HOXA5之外,所有的HOXA基因都能抑制造血干細(xì)胞的分化,從而造成白血病的發(fā)生[28]。而靠近尾部3’的HOXA7,HOXA8和HOXA9基因則有著促進(jìn)永久細(xì)胞系形成的作用,提示這些基因可能與造血細(xì)胞分化和白血病的發(fā)生有關(guān)。人體中HOXA基因家族在染色體上的位置見(jiàn)圖1.3。圖1.37號(hào)染色體上27,018,452至27,286,571位置圖在急性髓系白血病中功能被廣泛研究的是HOXA9基因,該基因在除了FAB分型中治愈率最高的M3類(lèi)型之外的所有AML病人中都有著顯著地高表達(dá)[29]。Kawagoe等人曾構(gòu)建過(guò)度表達(dá)HOXA9的小鼠模型,發(fā)現(xiàn)過(guò)表達(dá)小鼠在3-10個(gè)月內(nèi)發(fā)生AML[30]。HOXA10常與HOXA9呈現(xiàn)共表達(dá),HOXA10和HOXA9過(guò)表達(dá)有促進(jìn)造血祖細(xì)胞增殖的作用[31]。Wang等建立了HOXA10過(guò)表達(dá)的小鼠模型,驗(yàn)證也有HOXA10促進(jìn)增殖,導(dǎo)致AML形成的作用[32]。HOX基因往往是與其他基因協(xié)同發(fā)揮作用的,比如最常見(jiàn)與HOX基因相互作

【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]老年急性髓系白血病的治療方法研究進(jìn)展[J]. 申清云,高大.  新鄉(xiāng)醫(yī)學(xué)院學(xué)報(bào). 2019(01)
[2]長(zhǎng)鏈非編碼RNAs及其功能研究[J]. 朱曉攀,苗向陽(yáng).  畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2013(10)
[3]急性髓系白血病的預(yù)后影響因素[J]. 潘歆,王曉敏.  醫(yī)學(xué)綜述. 2010(06)
[4]HOX基因在人類(lèi)白血病發(fā)生中的作用[J]. 王艷艷,徐開(kāi)林,潘秀英.  國(guó)際輸血及血液學(xué)雜志. 2006(04)



本文編號(hào):3494613

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