目的:從公共數(shù)據(jù)庫下載分析數(shù)據(jù),運用生物信息學(xué)的方法,篩選與胰腺癌發(fā)生和預(yù)后相關(guān)的關(guān)鍵基因,初步探尋相關(guān)基因在胰腺癌中的作用機制;挑選預(yù)后相關(guān)的ITGB6基因,分析其與胰腺癌臨床病理特征的關(guān)系,研究ITGB6在胰腺癌中的作用機制,研究ITGB6下調(diào)表達(dá)對胰腺癌AsPC-1細(xì)胞增殖、凋亡和細(xì)胞周期的影響。方法:在GEO數(shù)據(jù)庫中查找數(shù)據(jù)集,采用在線工具GEO2R分析得到差異基因;然后使用DAVID數(shù)據(jù)庫進行GO富集分析差異基因的主要分子功能和生物學(xué)行為,運用KEGG信號途徑富集分析差異基因作用的信號通路;運用String和Cytoscape構(gòu)建PPI網(wǎng)絡(luò)得到關(guān)鍵基因,在GEPIA數(shù)據(jù)庫提取其中影響胰腺癌預(yù)后的基因,同時使用DGIdb探索藥物基因相互作用,初步預(yù)測胰腺癌潛在的靶向治療藥物。結(jié)合Oncomine和GEPIA分析ITGB6基因在各種腫瘤中的表達(dá)情況;從TCGA下載胰腺癌臨床信息的數(shù)據(jù),研究ITGB6對胰腺癌臨床病理特征的影響;再構(gòu)建ITGB6相關(guān)基因的PPI網(wǎng)絡(luò),運用metascape分析ITGB6的分子機制;在TIMER數(shù)據(jù)庫中探索ITGB6表達(dá)與免疫浸潤細(xì)胞之間的相關(guān)性;最后... 

【文章來源】：江蘇大學(xué)江蘇省

【文章頁數(shù)】：69 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

三個數(shù)據(jù)集中的基因表達(dá)火山圖（紅色代表上調(diào)基因，綠色代表下調(diào)基因）

基于生物信息學(xué)胰腺癌關(guān)鍵基因的篩選和ITGB6在胰腺癌中的表達(dá)及機制8green：down-regulatedgenes）圖2.2共同差異基因的維恩圖Figure2.2VenndiagramofcommonDEGsfromthreeindependentmicroarraydatasets表2.2三個微陣列數(shù)據(jù)集中72個共同差異基因Table2.272commonDEGsinthethreemicroarraydatasets類別基因名稱下調(diào)基因ALB，ANPEP，AQP8，CELA2B，EGF，ERO1B，ERP27，F(xiàn)GL1，GP2，KIAA1324，KLK1，PAIP2B，PDIA2，PDK4，PNLIPRP1，PNLIPRP2，RBPJL，SERPINI2，TMED6，TRHDE上調(diào)基因AGR2，AHNAK2，ANLN，ANTXR1，ANXA10，CEACAM5，CEACAM6，CEMIP，CLDN18，COL10A1，COL11A1，COL12A1，COL1A1，CP，CST1，CTRL，CTSE，CXCL5，DPCR1，EDIL3，F(xiàn)ERMT1，F(xiàn)N1，F(xiàn)XYD3，GABRP，GATM，INHBA，ITGA2，ITGB6，KRT1，KRT19，KRT7，LAMB3，LAMC2，MMP11，MMP12，NOX4，NR5A2，PLAC8，POSTN，SDR16C5，SERPINB5，SLC6A14，SLPI，SULF1，TCN1，TFF1，THBS2，TMC5，TMPRSS4，TSPAN1，VCAN，VSIG12.2.2差異基因富集分析結(jié)果為了進一步研究差異基因在胰腺癌發(fā)展中的作用，使用DAVID數(shù)據(jù)庫對DEGs進行GO分析和KEGG富集。GO分析發(fā)現(xiàn)，DEGs主要參與細(xì)胞外基質(zhì)形成，細(xì)胞粘附，表皮細(xì)胞分化，膠原分解代謝，細(xì)胞外基質(zhì)分解等生物過程。參與細(xì)胞外空間，細(xì)胞外區(qū)域，細(xì)胞外囊泡，細(xì)胞外基質(zhì)等細(xì)胞組份的形成。還發(fā)現(xiàn)了其他分子功能，例如鈣離子結(jié)合，絲氨酸型內(nèi)肽酶活性，蛋白二硫鍵異構(gòu)

江蘇大學(xué)碩士學(xué)位論文9酶活性，整合素結(jié)合。通過KEGG信號通路分析，發(fā)現(xiàn)DEGs主要參與ECM-受體相互作用，粘著斑信號途徑，PI3K-Akt信號通路，蛋白質(zhì)消化吸收以及胰腺分泌通路等。圖2.3差異基因的GO富集和KEGG信號通路氣泡圖（GO富集項；KEGG富集項），P＜0.05具有統(tǒng)計意義Figure2.3BubblemapforGOandKEGGpathwayanalysesofDEGs（GOtermandKEGGterm）.AP-value＜0.05wasconsideredstatisticallysignificant

【參考文獻】：
期刊論文
[1]Pancreatic ductal adenocarcinoma: Treatment hurdles, tumor microenvironment and immunotherapy[J]. Panagiotis Sarantis,Evangelos Koustas,Adriana Papadimitropoulou,Athanasios G Papavassiliou,Michalis V Karamouzis.  World Journal of Gastrointestinal Oncology. 2020(02)
[2]胰腺癌臨床研究回顧與展望[J]. 楊尹默,田孝東,許靜涌,趙旭東.  中國實用外科雜志. 2020(01)
[3]miR-10a-5p敲低通過靶向THBS2抑制胃癌細(xì)胞的生長和轉(zhuǎn)移[J]. 任玲玲,王立明,朱雅碧.  世界華人消化雜志. 2019(23)
[4]胰腺導(dǎo)管腺癌的免疫治療——挑戰(zhàn)與機遇并存[J]. 葛偉玉,王紅霞.  臨床肝膽病雜志. 2019(05)
[5]Ⅹ型膠原蛋白在胰腺癌中的表達(dá)及與胰腺癌預(yù)后的關(guān)系[J]. 陳況,柳儼哲,王子政,王瑨,張雪倩,經(jīng)緯,胡明根.  解放軍醫(yī)學(xué)院學(xué)報. 2019(04)
[6]胰腺癌組織高表達(dá)血小板反應(yīng)蛋白2的預(yù)后意義及其對癌細(xì)胞增殖和遷移的影響[J]. 楊柳,羅黔.  中國腫瘤生物治療雜志. 2019(02)
[7]整合素αvβ6在消化道疾病中的研究進展[J]. 董文艷,陳彬,牛軍,洪建國.  中國現(xiàn)代普通外科進展. 2018(08)
[8]微創(chuàng)與開腹胰體尾切除治療胰腺癌療效比較的meta分析[J]. 朱良,江勇,俞旭東,錢葉本.  肝膽外科雜志. 2018(02)
[9]胰腺導(dǎo)管腺癌腫瘤微環(huán)境的研究進展[J]. 邢榮春,秦周萍.  中國普通外科雜志. 2017(09)
[10]2017年美國臨床腫瘤學(xué)會年會胰腺癌研究進展解析[J]. 陳琦,魏濤,陳怡文,王健鑫,白雪莉,梁廷波.  中華消化外科雜志. 2017 (07)



本文編號：3460757