【目的】本研究基于Affymeytrix Axiom芯片,結合生物信息學方法構建自噬相關通路調控基因相互作用網絡,旨在篩選胃癌中自噬關鍵基因與信號轉導通路。進而比較和分析胃癌病例組和對照組的自噬通路相關易感基因及遺傳標記,研究其與胃癌發(fā)病風險的關系;通過構建基因與基因（環(huán)境）的最佳交互作用模型,探討其對胃癌發(fā)病風險的影響,為胃癌的預防及臨床研究提供依據,并為深入探討胃癌的發(fā)病機制提供參考�！痉椒ā�1.利用Affymetrix生產的920K Axiom Precision Medicine Research Array對來自福建仙游的96例男性胃腺癌患者和96例健康對照的外周血白細胞中的總DNA進行單核苷酸多態(tài)性基因型檢測。通過SPSS20.0軟件對芯片結果進行卡方趨勢檢驗分析,結合生物信息學（KEGG PATHWAY網站、Gene Ontology數據庫、STRING網站等）篩選胃癌中自噬關鍵基因與信號轉導通路。2.進一步篩選上述自噬體形成相關通路上的基因及其SNPs,并增加病例組與對照組的樣本量各622例,采用Sequenom Mass ARRAY技術平臺,檢測各11個基因（AKT1... 

【文章來源】：福建醫(yī)科大學福建省

【文章頁數】：111 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

DNA的電泳結果

樣本質量控制流程圖

行芯片檢測的樣本數量），剔除 call rate<95%的樣本；4）利用哈迪-溫伯格檢驗判斷 SNP 位點的 HWE（Hardy-Weinberg equilibrium,哈迪-溫伯格平衡）情況，剔除 HWE 檢驗 P 值<0.05 的 SNP。5）前期研究采用基質輔助激光解吸附電離飛行時間質譜(National Institute ofenvoronmental Health Sciences，MALDI-TOF)分析技術檢測的 SNPs 與芯片取交集得到共同位點，檢測并比較其分型結果的一致性，以驗證芯片檢測結果的可靠性。1.5 芯片數據分析方法1.5.1 自噬通路基因多態(tài)性位點選擇1.5.1.1 利用生物信息數據篩選自噬相關基因（1）KEGG PATHWAY 網站搜索在人類體內的自噬通路圖（AutophagyAni-mal(Homo sapiens)）并匯總該通路上主要節(jié)點的自噬相關基因（144 個基因），該通路基本涵蓋了與自噬相關的基因。如圖 1.2 所示：

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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[2]PI3K/AKT/mTOR信號通路基因多態(tài)性與胃癌發(fā)生發(fā)展的關聯(lián)性研究[D]. 邱小楠.南京醫(yī)科大學 2016
[3]內質網應激通過AKT-TSC-mTOR信號通路調控自噬[D]. 秦亮.中國協(xié)和醫(yī)科大學 2010
[4]環(huán)境與遺傳因素在胃癌發(fā)生中的交互作用研究[D]. 楊玉鳳.東南大學 2006



本文編號：3383043