發(fā)布時間：2021-03-11 11:17

　　【背景】辣椒疫病是一種世界性土傳病害,嚴重影響世界各國辣椒生產(chǎn),并帶來巨大經(jīng)濟損失。果膠裂解酶（pectate lyase,PL）作為一類重要的細胞壁降解酶類是該病的重要致病因子。【目的】對果膠裂解酶基因進行克隆,并對其生物信息學(xué)特性進行相關(guān)分析,進一步闡明該酶的作用機制。【方法】根據(jù)辣椒疫霉菌全基因組序列,以高致病菌株SD33為模板擴增PL101基因的全長cDNA序列,并對其理化性質(zhì)、跨膜區(qū)、親疏水性、結(jié)構(gòu)域等生物學(xué)特性進行分析�！窘Y(jié)果】除獲得PL101相關(guān)生物學(xué)特性信息外,還對PL101進行三維結(jié)構(gòu)建模,獲得可信度較高的蛋白結(jié)構(gòu),并確定PL101可能的催化位點為Asp183、Arg212、Arg272三個氨基酸�！窘Y(jié)論】對PL101基因的克隆及相關(guān)生物學(xué)特性的分析為進一步闡明PL功能特性提供參考。 

【文章來源】：微生物學(xué)通報. 2020,47(12)北大核心

【文章頁數(shù)】：8 頁

【部分圖文】：

PL101基因PCR擴增

通過SWISS-MODEL建模獲得PL101三維結(jié)構(gòu)模型(圖4)，其三維結(jié)構(gòu)為典型的平行β螺旋結(jié)構(gòu)，這也是已報道的PL結(jié)構(gòu)類型數(shù)量最多的一種[12,14]。其空間結(jié)構(gòu)僅含一個結(jié)構(gòu)域，主要結(jié)構(gòu)單元為β折疊，這些折疊進一步卷曲成一個右手方向的圓柱體；除此之外，結(jié)構(gòu)的N端或C端呈現(xiàn)大小不等的環(huán)狀結(jié)構(gòu)(loops)(圖4)，這些環(huán)狀結(jié)構(gòu)或包被于圓柱體內(nèi)，或鑲嵌于圓柱體外。環(huán)狀結(jié)構(gòu)大小與構(gòu)象的不同影響了PL催化位點的空間分布及其酶活特性的差異[18]。圖3 PL101結(jié)構(gòu)域分析

PL101結(jié)構(gòu)域分析

【參考文獻】：
期刊論文
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