為篩選西紅花不同組織間穩(wěn)定表達的最佳內參基因,以西紅花的根、球莖、主芽、花絲、葉片、側芽共6個組織為試驗材料,運用實時熒光定量PCR方法分析了18S核糖體RNA （18S rRNA）、肌動蛋白基因（ACT）、轉錄延伸因子-1α（EF1α）、3-磷酸-甘油醛脫氫酶基因（GAPDH）、微管蛋白基因（TUB）和多聚泛素基因（UBQ）共6個內參基因在不同組織中的表達差異情況。基于Ct值,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper分析6個內參基因表達穩(wěn)定性。結果表明,3個軟件篩選出的最佳內參基因略有不同。綜合分析結果顯示,GAPDH和UBQ表達較為穩(wěn)定,其次為18S rRNA和ACT,而EF1α和TUB不適合作為西紅花不同組織的內參基因。本研究確定西紅花q RT-PCR分析的合適內參基因為GAPDH和UBQ,可用于種球發(fā)育、花發(fā)育、次生代謝產物形成和積累等機理研究。 

【文章來源】：分子植物育種. 2020,18(22)北大核心

【文章頁數(shù)】：9 頁

【部分圖文】：

西紅花不同組織的RNA

通過ge Norm軟件計算配對變異值(Vn/n+1)以確定最適內參基因數(shù)目，軟件參數(shù)和分析方法參照葉新如等(2019)。經ge Norm軟件分析，V2/3、V3/4、V4/5、V5/6的值分別為0.149、0.122、0.107和0.160。由此可見，僅V5/6的值大于0.15，而V2/3、V3/4、V4/5均小于0.15，表明對于西紅花不同組織最適的內參基因數(shù)目為2個，無需加入第3個內參基因。結合基因穩(wěn)定值(M)結果(表2)，可選擇表達穩(wěn)定性最佳的2個基因(GAPDH和UBQ)作為西紅花不同組織的內參基因。1.4.2 Norm Finder軟件

Best Keeper軟件作為內參基因穩(wěn)定性分析常用軟件之一，其分析結果中標準偏差(SD)和變異系數(shù)(CV)越小，則表明內參基因越穩(wěn)定。Best Keeper分析結果可知(表2),6個內參基因基于SD值的穩(wěn)定性排名為GAPDH>UBQ>ACT>18S r RNA>TUB>EF1α，基于CV值的穩(wěn)定性排名為UBQ>GAPDH>ACT>18S-r RNA>TUB>EF1α。綜合SD值和CV值結果，GAPDH和UBQ的SD、CV值均較小，表明其表達穩(wěn)定性高，適合作內參基因，這與ge Norm軟件分析的結果一致。EF1α的SD和CV值均最大，說明其表達穩(wěn)定性最差，不適合作為西紅花內參基因。Best Keeper與ge Norm和Norm Finder分析結果相似的是，18S-r RNA、EF1α和TUB相對穩(wěn)定性差，前2個軟件的分析結果為18S r RNA>EF1α>TUB，而Best Keeper的結果為18S r RNA>TUB>EF1α。因此，綜合3個內參基因穩(wěn)定性排名結果(表2)，西紅花6個內參基因的排名為GAPDH>UBQ>ACT>18S r RNA>EF1α=TUB。圖4 西紅花內參基因Ct值分布區(qū)間


本文編號：2977856