大豆是非常重要的經(jīng)濟作物,早在3,000⁵,000年前的中國,人們便已經(jīng)開始對大豆進行了馴化。大豆種子大小是馴化過程中一個非常重要的性狀,研究控制大豆種子大小的基因?qū)α私獯蠖够虻倪M化具有很重要的意義。在已報道的大豆種子大小性狀關(guān)聯(lián)分析中,所用分子標記數(shù)目比較少,其密度低,降低了關(guān)聯(lián)分析的功效;所用關(guān)聯(lián)分析方法是基于群體結(jié)構(gòu)和多基因背景控制的單位點全基因組掃描方法,涉及多重檢驗問題,得到的顯著關(guān)聯(lián)位點不多。因此,有關(guān)大豆種子大小基因的報道很少,遠遠小于擬南芥和水稻等植物。針對上述問題,本研究基于286份大豆材料的10組種子大小相關(guān)性狀的表型數(shù)據(jù)與106013個高密度SNPs標記的基因型數(shù)據(jù),使用5種多位點GWAS方法進行大豆種子大小性狀的關(guān)聯(lián)分析,獲得其候選基因,并研究優(yōu)異等位基因在群體的分布與實施設(shè)計育種。首先,在5種多位點GWAS分析方法的結(jié)果中挑選多次重復(fù)檢測到的QTNs和同一年同一性狀檢測結(jié)果中物理位置間距小于50kb的位點區(qū)間（QTR）作為本研究的大豆種子大小QTNs和QTRs;然后,在候選位點和候選區(qū)域中間的前后50kb區(qū)域內(nèi)選取候選基因,通過不同大豆... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：102 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

大豆種子的粒長、粒厚和粒寬Figure1Seedlength（SL）,width（SW）andthickness（ST）insoybean

圖 2 2008 年至 2015 年 4 個性狀檢測到的 1137 個顯著 QTNs 在基因組上的分布Figure 2 Distribution of 1137 significant QTNs for four traits in 2008 to 20153.4 大豆種子大小相關(guān)性狀的候選位點、QTR 和候選基因與馴化基因的確定3.4.1 候選位點和 QTR 的確定為了減小假陽性對分析結(jié)果的影響，我們分別選取了 10 組種子大小性狀檢測結(jié)果中同一性狀至少4組被檢測到的位點和7組種子百粒重性狀檢測結(jié)果中至少 3 組被檢測到的位點，最終一共選取了 59 個與種子大小相關(guān)的重復(fù) QTNs（表4）。然后對同一年同一性狀定位到的位點的物理位置間距進行計算，得到 62 個位點間物理位置小于 50kb 的 QTR（附表 1）。59 個重復(fù) QTNs 的 LOD 值的范圍是 3.01～19.52，解釋了 0.004%～25.22%

圖 3 59 個重復(fù)的 QTNs 和 62 個 QTRs 在基因組上的分布Figure 3. Distribution of 59 significant QTNs and 62 QTRs on the genome62 個 QTRs 中，29 個 QTRs 與粒長性狀顯著關(guān)聯(lián)，31 個 QTRs 與粒寬性狀顯著關(guān)聯(lián)，12 個 QTRs 與粒厚性狀顯著關(guān)聯(lián)，22 個 QTRs 與百粒重性狀顯著關(guān)聯(lián)（圖 4）。62 個 QTRs 中也存在多個區(qū)間同時與多個性狀顯著關(guān)聯(lián)，例如，GmQTR23（6 號染色體 5910~5956kb）在粒長和粒寬的性狀分析中都被檢測到（附表 1）。在 59 個候選 QTNs 和 62 個 QTRs 的中心物理位置的 100kb 范圍內(nèi)，一共定位到了 900 個候選基因。

【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
[1]大豆GmMFT基因克隆、表達模式及功能分析[D]. 李清.中國農(nóng)業(yè)科學院 2012



本文編號：2974116