【摘要】：為明確小麥中F-box基因的存在種類及數(shù)量,作者通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)檢索、編碼區(qū)查找及功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)等途徑,獲得了NCBI和DFCI兩大數(shù)據(jù)庫(kù)中已報(bào)道的小麥F-box蛋白,并根據(jù)C端結(jié)構(gòu)域特征對(duì)這些F-box蛋白進(jìn)行了分類統(tǒng)計(jì)。數(shù)據(jù)庫(kù)檢索分類結(jié)果表明,在NCBI和DFCI數(shù)據(jù)庫(kù)中共檢索到符合條件的F-box基因38條,這些基因可以劃分為F-box/LRR(17條,占總數(shù)的45%)、F-box/Kelch(6條,占總數(shù)的16%)和C端無(wú)明顯結(jié)構(gòu)域特征(15條,占總數(shù)的39%)3種類型。其中,F-box/LRR和C端無(wú)明顯結(jié)構(gòu)域類型所占比例較大。在此基礎(chǔ)上,利用同源克隆策略在中國(guó)春小麥中獲得了3條包含F(xiàn)-box結(jié)構(gòu)域的序列,分別命名為T(mén)a-SKP2A、Ta-FB和Ta-FBL14。Ta-SKP2A和Ta-FBL14屬于F-box/LRR類型,Ta-FB僅包含一個(gè)F-box結(jié)構(gòu)域,為C端無(wú)明顯結(jié)構(gòu)域類型。這些研究將為深入探討F-box家族基因參與的小麥生物學(xué)過(guò)程及在其中的作用機(jī)理奠定基礎(chǔ)。
【圖文】：

１、ＣＣＧ４８０１６．１、ＡＢＢ１８３８８．１、ＣＡＪ１９３４２．１、ＣＡＪ１９３４５．１、ＡＣＫ４４４７９．１、ＢＡＡ８７８７５．１、ＢＡＡ８７８７６．１、ＣＡＪ１９３４４．１）。對(duì)這１５條序列中Ｆ－ｂｏｘ結(jié)構(gòu)域的氨基酸組成進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)除ＣＣＧ４８０１６．１的Ｆ－ｂｏｘ結(jié)構(gòu)域由４２個(gè)氨基酸組成外，其他均由４１個(gè)氨基酸組成，且大部分的起始氨基酸為亮氨酸（Ｌ），在這１５條序列中，第２、２０、２４和２８位氨基酸的同源性比較高（圖１）。用ＳＭＡＲＴ軟件預(yù)測(cè)結(jié)構(gòu)域，發(fā)現(xiàn)有如圖４Ａ所示的Ｆ－ｂｏｘ功能結(jié)構(gòu)域存在。圖１只強(qiáng)烈顯示Ｆ－ｂｏｘ結(jié)構(gòu)域的序列同源性分析Ｆｉｇ．１ＲｅｓｕｌｔｏｆｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓａｌｉｇｎｍｅｎｔｆｏｒｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｉｔｈＦ－ｂｏｘｄｏｍａｉｎｉｎＮ－ｅｎｄ２．２兼具Ｆ－ｂｏｘ和Ｋｅｌｃｈ結(jié)構(gòu)域的序列既有Ｆ－ｂｏｘ結(jié)構(gòu)域又有Ｋｅｌｃｈ結(jié)構(gòu)域的序列共有６條，其中３條序列來(lái)源于ＮＣＢＩ數(shù)據(jù)庫(kù)（ＴＣ３８６５４７、ＴＣ３８１６４７、ＴＣ４１４４４２），３條序列來(lái)源于ＤＦＣＩ數(shù)據(jù)庫(kù)（ＣＢＨ３２５７９．１、ＣＢＨ３２５６７．１、ＡＢＲ１４６２７．１）。６條序列的Ｆ－ｂｏｘ結(jié)構(gòu)域均由４１個(gè)氨基酸組成，起始氨基酸均為亮氨酸（Ｌ），第１１位和第１４位氨基酸的保守性較強(qiáng)（圖２）。結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)軟件發(fā)現(xiàn)６條序列均有如圖４Ｂ所示的Ｆ－ｂｏｘ結(jié)構(gòu)域和Ｋｅｌｃｈ結(jié)構(gòu)域。圖２兼具Ｆ－ｂｏｘ和Ｋｅｌｃｈ結(jié)構(gòu)域的序列同源性分析結(jié)果Ｆｉｇ．２Ｒｅｓｕｌｔ

），，６條來(lái)源于ＤＦＣＩ數(shù)據(jù)庫(kù)（ＣＢＨ３２５４０．１、ＣＢＨ３２５４１．１、ＣＢＨ３２５３９．１、ＣＢＨ３２５７４．１、ＡＤＫ６６９７４．１、ＡＤＫ６６９７３．１），Ｆ－ｂｏｘ結(jié)構(gòu)域的氨基酸組成數(shù)量為４０～４３個(gè)不等，除了ＡＤＫ６６９７４．１和ＡＤＫ６６９７３．１外（啟始氨基酸為纈氨酸Ｖ），大部分的啟始氨基酸為亮氨酸（Ｌ）。對(duì)這１７條序列的Ｆ－ｂｏｘ結(jié)構(gòu)域進(jìn)行比較，發(fā)現(xiàn)第１、２、６和２６位氨基酸的同源性比較高（圖３）。圖３兼具Ｆ－ｂｏｘ和ＬＲＲ結(jié)構(gòu)域的序列的同源性分析Ｆｉｇ．３ＲｅｓｕｌｔｏｆｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓａｌｉｇｎｍｅｎｔｆｏｒｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｉｔｈＦ－ｂｏｘｄｏｍａｉｎｉｎＮ－ｅｎｄａｎｄＬＲＲｄｏｍａｉｎｉｎＣ－ｅｎｄ功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)發(fā)現(xiàn)，該組序列均包含Ｆ－ｂｏｘ結(jié)構(gòu)域和ＬＲＲ結(jié)構(gòu)域，但不同序列包含ＬＲＲ結(jié)構(gòu)域的數(shù)量不等，最多的包含７個(gè)ＬＲＲ結(jié)構(gòu)域（圖４Ｃ）。圖４Ｆ－ｂｏｘ蛋白功能結(jié)構(gòu)域預(yù)測(cè)結(jié)果Ｆｉｇ．４ＤｏｍａｉｎｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｏｆＦ－ｂｏｘｐｒｏｔｅｉｎ２５
【作者單位】： 河北農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院;河北農(nóng)業(yè)大學(xué)河北省植物生理與分子病理學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;河北省農(nóng)作物病蟲(chóng)害生物防治工程技術(shù)研究中心;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31301649) 高等學(xué)校博士學(xué)科點(diǎn)專項(xiàng)科研基金(20121302120010)
【分類號(hào)】：S512.1

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本文編號(hào)：2526139