本文關(guān)鍵詞：豬小體型相關(guān)受選擇基因位點(diǎn)的研究

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【摘要】：旨在通過對比大、小體型兩組中國地方豬種在基因組上的遺傳分化,檢測出全基因組選擇信號,以期能鑒別出影響豬體型大小的相關(guān)基因及可能的突變位點(diǎn),解析小體型豬種形成的分子機(jī)制。本研究選用小體型的五指山豬和巴馬香豬,以大體型的金華豬、二花臉、河套大耳豬為對照,基于全基因組重測序數(shù)據(jù),使用兩組豬群間的遺傳分化系數(shù)(Fst)和小體型豬組內(nèi)的雜合度(Heterozygosity)檢測體型選擇信號。Fst值較大而雜合度小的染色體區(qū)段作為體型相關(guān)的受選擇候選區(qū)域。對這些候選區(qū)域所包含的基因進(jìn)行基因功能及通路的注釋分析、以及突變位點(diǎn)的搜尋,試圖揭示與豬體型大小相關(guān)的可能受選擇的基因和突變。結(jié)果,通過篩選全基因組重測序數(shù)據(jù),我們得到32 475 218個(gè)高質(zhì)量的SNPs,利用40kb的滑動(dòng)窗口進(jìn)行Fst和雜合度的計(jì)算。Fst值經(jīng)Z轉(zhuǎn)換(Z(Fst))后大于5的區(qū)段有242個(gè)。取雜合度最小值的前200個(gè)區(qū)間與242個(gè)Z(Fst)5的區(qū)間的交集,確定了13個(gè)受選擇候選區(qū)域,其中共包含28個(gè)基因。通過PANTHER進(jìn)行基因注釋,發(fā)現(xiàn)了17個(gè)與體型性狀相關(guān)的候選基因,包括IGF1R、GUCY1A3等功能候選基因。本研究基于高通量測序數(shù)據(jù),結(jié)合群體遺傳學(xué)分析手段,確定了與體型大小相關(guān)的受選擇區(qū)域,綜合分析推測五指山和巴馬香小體型豬的形成可能是由于處于非基因編碼區(qū)域的一個(gè)或者多個(gè)突變造成。
【作者單位】： 江西農(nóng)業(yè)大學(xué)省部共建豬遺傳改良與養(yǎng)殖技術(shù)國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【關(guān)鍵詞】： 小型豬 全基因組重測序 選擇信號 體型大小 候選基因
【基金】：國家自然科學(xué)基金(31402058) 江西省自然科學(xué)基金(2010GQN0045)
【分類號】：S828
【正文快照】： 豬是人類較早馴化的家養(yǎng)動(dòng)物之一。由于受到較強(qiáng)的人工選擇及對所處圈養(yǎng)環(huán)境的適應(yīng),家豬品種在體型外貌、生長性能和行為習(xí)慣等重要性狀上與野豬有了明顯分化。中國南方地區(qū)有著豐富的小型豬豬種資源,如五指山豬、巴馬香豬、從江香豬、劍白香豬、環(huán)江香豬、滇南小耳豬等,其一

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中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 羅晶,張宏,楊潤清;動(dòng)態(tài)性狀候選基因檢測效率分析[J];上海交通大學(xué)學(xué)報(bào)(農(nóng)業(yè)科學(xué)版);2004年04期

2 楊志剛,王寶維,王雷;影響豬肉脂肪性狀主要候選基因的研究進(jìn)展[J];動(dòng)物科學(xué)與動(dòng)物醫(yī)學(xué);2005年05期

3 王莉興;魯紹雄;;豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)候選基因的研究進(jìn)展[J];上海畜牧獸醫(yī)通訊;2008年04期

4 楊海玲;曾勇慶;王慧;;豬抗病和免疫相關(guān)候選基因的研究進(jìn)展[J];豬業(yè)科學(xué);2010年01期

5 吳語寧;叢凡m，

本文編號：1068510