【摘要】：納米級粒度分子動力學(xué)NAMD是基于Charm++并行編程模型的開源免費分子動力學(xué)模擬軟件,能夠在大規(guī)模并行計算機上快速模擬百萬原子級別的大分子體系。太湖之光是中國自主研發(fā)的超級計算機,峰值性能為125.4Pflop/s,共有1 000多萬個核心,整機Linpack效率不低于70%。NAMD在空間上對原子進行劃分,在計算上對力進行劃分,充分曝露出單步模擬的并行度,并通過CHARM++對負載平衡進行調(diào)控。針對NAMD進行模擬計算時的特點,移植并優(yōu)化了NAMD的核心計算代碼,讓其能夠更好地運行在超級計算機神威太湖之光上,優(yōu)化后性能提高了近20倍,單個核組的性能較Intel XeonE5-2650v2提高3倍。擴展性方面目前至多可達到325萬核的并行度,突破百萬核大關(guān)。
[Abstract]:Nanometer particle size molecular dynamics NAMD is an open source free molecular dynamics simulation software based on Charm parallel programming model, which can quickly simulate the macromolecular system of one million atoms on a large scale parallel computer. Taihu Lake Light is a supercomputer developed by China, with a peak performance of 125.4 Pflopos, with more than 10 million cores. The Linpack efficiency of the whole machine is not lower than that of 70%.NAMD in space, the force is divided in calculation, the parallelism of one-step simulation is fully exposed, and the load balance is regulated by CHARM. According to the characteristics of NAMD simulation calculation, the core computing code of NAMD is ported and optimized, so that it can run better on the supercomputer Shenwei Taihu Lake Light. The optimized performance is nearly 20 times higher than that of Intel XeonE5-2650v2, and the performance of single kernel group is three times higher than that of Intel XeonE5-2650v2. At present, scalability can reach up to 3.25 million cores of parallelism, breaking through the million nuclear mark.
【作者單位】： 中國科學(xué)技術(shù)大學(xué)計算機系科學(xué)與技術(shù)學(xué)院;
【分類號】：TP311.54;TP338

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本文編號：2507634