本論文根據(jù)比較基因定位信息，并結合公共數(shù)據(jù)庫中的EST資源，分離、定位豬12號染色體上的新基因，并對基因與部分性狀進行了初步關聯(lián)分析，取得了如下結果： 1．以人的17號染色體上的同源基因的cDNA為探針，從GeneBank中搜索豬的同源EST，由EST構成的連接群(contig)設計引物，從湖北白豬基因組中分離克隆了10個基因片段。這10個基因分別為：磷脂酶D2基因(PLD2)、生長因子受體結合蛋白7基因(GRB7)、顆粒蛋白基因(GRN)、Ⅰ型膠原蛋白α1亞基基因(COL1A1)、磷酸甘露糖長醇利用缺陷型基因(MPDU1)、微管蛋白特異的伴侶蛋白基因(TBCD)、組蛋白乙酰轉移酶基因(GCN5L2)、MAC30蛋白基因(MAC30)、Tax模體作用蛋白1基因(TIP-1)、KIAA1582蛋白(KIAA1582)基因。 2．采用電腦克隆策略結合RACE技術，獲得了MPDU1和GRN基因的全長cDNA，推導出了相應的氨基酸序列。將推導出的氨基酸序列與其它物種的對應序列進行同源性比較，發(fā)現(xiàn)豬的MPDU1氨基酸序列與人的該氨基酸序列同源性達91％，豬的GRN氨基酸序列與人的...

【文章頁數(shù)】：130 頁

【學位級別】：博士

【文章目錄】：
中文摘要
ABSTRACT
1 文獻綜述
    1.1 豬生產(chǎn)性狀相關基因研究進展
        1.1.1 豬QTL定位研究現(xiàn)狀
        1.1.2 候選基因分析法克隆基因
            1.1.2.1 與生長和胴體性狀相關的候選基因
            1.1.2.2 與肉質(zhì)性狀相關的候選基因
            1.1.2.3 與繁殖性狀相關的候選基因
            1.1.2.4 與抗病力相關的候選基因
    1.2 12號染色體上基因的分離、定位現(xiàn)狀
        1.2.1 12號染色體上可能存在重要生理生化功能的基因
        1.2.2 12號染色體上的基因定位現(xiàn)狀
    1.3 比較基因圖譜在分離新基因中的應用
    1.4 表達序列標簽(EST)在分離新基因中的應用
    1.5 雜種板(Hybrid panel)技術用于豬的基因定位研究現(xiàn)狀
        1.5.1 體細胞雜種板(SCHP)用于染色體區(qū)域定位
        1.5.2 輻射雜種板(RH)用于染色體區(qū)域定位
    1.6 待分離的候選基因的研究現(xiàn)狀
        1.6.1 磷脂酶D2(PLD2)基因
        1.6.2 生長因子受體結合蛋白7(GRB7)基因
        1.6.3 顆粒蛋白(GRN)基因
        1.6.4 Ⅰ型膠原蛋白α1亞基(COL1A1)基因
        1.6.5 磷酸甘露糖長醇利用缺陷型(MPDU1)基因
        1.6.6 微管蛋白特異的伴侶蛋白(TBCD)基因
        1.6.7 組蛋白乙酰轉移酶(GCN5L2)基因
        1.6.8 MAC30基因
        1.6.9 TIP-1基因
        1.6.10 KIAA1582基因
2 本研究的目的和意義
3 材料與方法
    3.1 材料
        3.1.1 樣品
            3.1.1.1 DNA樣品
            3.1.1.2 組織樣品
        3.1.2 培養(yǎng)基、酶及試劑盒
        3.1.3 菌株
        3.1.4 主要試劑及配制
            3.1.4.1 主要試劑
            3.1.4.2 其它試劑的配制
        3.1.5 主要儀器設備
        3.1.6 主要分子生物學軟件
    3.2 方法
        3.2.1 豬12號染色體上新基因的分離法
            3.2.1.1 用于基因分離的引物的設計方法
            3.2.1.2 PCR擴增條件
            3.2.1.3 PCR產(chǎn)物的純化、克隆和測序
            3.2.1.4 DNA序列同源性檢索鑒定
        3.2.2 新分離基因物理定位的SCHP和RH法
            3.2.2.1 引物設計
            3.2.2.2 PCR擴增分型方法
            3.2.2.3 數(shù)據(jù)分析方法
        3.2.3 豬基因的多態(tài)性和遺傳方式檢測
        3.2.4 用RACE方法獲取MPDU1和GRN基因的全長cDNA及序列分析
            3.2.4.1 電腦克隆策略
            3.2.4.2 用RACE方法擴增MPDU1和GRN基因的全長cDNA序列
            3.2.4.3 MPDU1，GRN基因全長cDNA序列分析
        3.2.5 豬MPDU1，GRN基因的組織表達譜分析
        3.2.6 新分離基因與性狀的關聯(lián)分析
            3.2.6.1 基因型檢測
            3.2.6.2 標記-性狀關聯(lián)分析
4 結果
    4.1 基因片段的分離、序列析與鑒定結果
        4.1.1 豬特異的引物擴增結果
        4.1.2 擴增產(chǎn)物的序列分析結果
        4.1.3 擴增產(chǎn)物的鑒定結果
    4.2 用RACE方法克隆豬MPDU1基因和GRN基因全長cDNA的結果
        4.2.1 總RNA的提取
        4.2.2 MPDU1基因RACE擴增結果
        4.2.3 豬MPDU1基因的氨基酸序列分析結果
        4.2.4 豬MPDU1基因的組織表達研究結果
        4.2.5 GRN基因cDNA及RACE擴增結果
        4.2.6 豬GRN基因的氨基酸序列分析結果
        4.2.7 豬GRN基因的組織表達研究結果
    4.3 基因的定位結果
        4.3.1 利用SCHP進行染色體區(qū)域定位結果
            4.3.1.1 MPDU1基因染色體區(qū)域定位結果
            4.3.1.2 其他基因染色體區(qū)域定位結果
        4.3.2 利用輻射雜種板RH進行精細定位結果
    4.4 新分離基因的多態(tài)性與遺傳方式檢測結果
        4.4.1 PLD2基因的遺傳多態(tài)性檢測及遺傳方式檢測結果
            4.4.1.1 PLD2基因的SINE的插入、缺失多態(tài)性在不同豬群中的檢測結果
            4.4.1.2 PLD2基因的SINE序列的遺傳方式檢測結果
        4.4.2 GRB7基因的遺傳多態(tài)性檢測及遺傳方式檢測結果
            4.4.2.1 GRB7基因的遺傳變異檢測
            4.4.2.2 GRB7基因在不同豬種中的多態(tài)性分析
            4.4.2.3 GRB7基因多態(tài)位點的遺傳方式檢測結果
        4.4.3 GRN基因的遺傳多態(tài)性檢測及遺傳方式檢測結果
            4.4.3.1 GRN基因的遺傳變異檢測
            4.4.3.2 GRN基因在不同豬種中的多態(tài)性分析
            4.4.3.3 GRN基因多態(tài)位點的遺傳方式檢測結果
        4.4.4 COL1A1基因的遺傳多態(tài)性檢測及遺傳方式檢測結果
            4.4.4.1 COL1A1基因的遺傳變異檢測
            4.4.4.2 COL1A1基因在不同豬種中的多態(tài)性分析
            4.4.4.3 COL1A1基因多態(tài)位點的遺傳方式檢測結果
        4.4.5 MPDU1基因的遺傳多態(tài)性檢測結果
            4.4.5.1 MPDU1基因的遺傳變異檢測
            4.4.5.2 MPDU1基因在不同豬種中的多態(tài)性分析
        4.4.6 MAC30基因的遺傳多態(tài)性檢測結果
            4.4.6.1 MAC30基因的遺傳變異檢測
            4.4.6.2 MAC30基因在不同豬種中的多態(tài)性分析
        4.4.7 TIP-1基因的遺傳多態(tài)性檢測及遺傳方式檢測結果
            4.4.7.1 TIP-1基因的遺傳變異檢測
            4.4.7.2 TIP-1基因在不同豬種中的多態(tài)性分析
            4.4.7.3 TIP-1基因多態(tài)位點的遺傳方式檢測結果
    4.5 不同基因多態(tài)位點與部分性狀的關聯(lián)分析結果
        4.5.1 PLD2基因SINE多態(tài)與部分性狀的關聯(lián)分析
        4.5.2 GRB7基因多態(tài)位點與部分性狀的關聯(lián)分析
        4.5.3 GRN基因多態(tài)位點與部分性狀的關聯(lián)分析
        4.5.4 COL1A1基因多態(tài)位點與部分性狀的關聯(lián)分析
        4.5.5 MPDU1基因多態(tài)位點與部分性狀的關聯(lián)分析
        4.5.6 MAC30基因多態(tài)位點與部分性狀的關聯(lián)分析
        4.5.7 TIP-1基因多態(tài)位點與部分性狀的關聯(lián)分析
5 討論
    5.1 關于新基因的分離
    5.2 關于新基因的定位
    5.3 關于SNP檢測
    5.4 關于全長cDNA
    5.5 關于基因型與性狀的關聯(lián)分析
        5.5.1 SINE序列可能具有遺傳效應
        5.5.2 基因型與生長性狀的關聯(lián)分析
        5.5.3 基因型與胴體、肉質(zhì)性狀的關聯(lián)分析
        5.5.4 基因型與免疫生化指標的關聯(lián)分析
        5.5.5 MPDU1基因的多態(tài)性與性狀的關系
6 小結
參考文獻
附錄1 縮略詞表
附錄2 主要性狀的中英文對照和縮寫
在讀期間發(fā)表論文題錄
致謝



本文編號：3965627