胃癌細胞中KLF4基因的表達及KLF4基因啟動子區(qū)的生物信息學(xué)分析
發(fā)布時間:2017-09-24 00:37
本文關(guān)鍵詞:胃癌細胞中KLF4基因的表達及KLF4基因啟動子區(qū)的生物信息學(xué)分析
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【摘要】:目的:Kruppel樣因子4(Kruppel-like factor 4,KLF4)與多種腫瘤的發(fā)生及發(fā)展密切相關(guān),在不同環(huán)境下其對腫瘤具有雙重調(diào)節(jié)功能,KLF4基因既可以抑制轉(zhuǎn)錄過程又可以激活轉(zhuǎn)錄的發(fā)生,在腫瘤中既可以作為促癌因子又可能是抑癌因子。相應(yīng)的,KLF4在不同腫瘤中的表達存在多樣性,或發(fā)揮癌基因作用,或具備抑癌基因作用。在本研究中我們擬檢測KLF4在人胃癌細胞系MKN-45及人正常胃黏膜上皮細胞系GES-1中的表達情況,并結(jié)合KLF4基因啟動子區(qū)的生物信息學(xué)分析,預(yù)測胃癌發(fā)生過程中可能的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子,為深入研究其轉(zhuǎn)錄-調(diào)控機制提供研究基礎(chǔ)。方法:選擇人胃癌細胞株MKN-45及人正常胃黏膜上皮細胞株GES-1,提取細胞株RNA,逆轉(zhuǎn)錄成c DNA,采用實時熒光定量PCR方法分別檢測以上兩種細胞中的KLF4 m RNA表達水平;運用生物信息學(xué)方法獲取KLF4基因基本信息、啟動子序列ID,為克服單個軟件的局限性,分別通過Promotor Scan、Patch、P-Match、Ali Baba2在線預(yù)測軟件分析人KLF4基因啟動子序列,預(yù)測人KLF4基因啟動子區(qū)順式作用元件及相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子,最后利用基因表達譜數(shù)據(jù)庫獲取胃癌組織中異常表達的蛋白,結(jié)合轉(zhuǎn)錄因子結(jié)果篩選出人胃癌KLF4基因可能涉及的轉(zhuǎn)錄因子。結(jié)果:實時熒光定量PCR檢測結(jié)果顯示:KLF4m RNA在人胃癌細胞株MKN-45中的表達低于人正常胃黏膜細胞株GES-1中的表達(4.24±0.15 vs 6.66±0.23),差異具有統(tǒng)計學(xué)意義(p0.01)。通過對KLF4基因啟動子區(qū)域的生物信息學(xué)分析,獲得人KLF4基因ID:9314,定位于9q31,全長4915 bp,其m RNA ID:NM_004235.4,該基因啟動子ID:HPRM23684,全長1319 bp。各軟件分析KLF4啟動子序列,其中Promotor Scan獲得57個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,涉及17個轉(zhuǎn)錄因子,包括ATF、EGR-1、GCF、H4TF1、MLTF、MT-I.6、Sp1等。Patch獲得562個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,涉及113個轉(zhuǎn)錄因子,包括AP-1、H4TF1、LEF-1、NF-1、Pax-5、SRF、SMAD-4等。P-Match參數(shù)設(shè)置為“減少錯誤率”時,獲得18個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,涉及9個轉(zhuǎn)錄因子,包括AP-4、ARP-1、ATF、NF-E2等;參數(shù)設(shè)置為“減少假陰性”時,獲得295個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,涉及25個轉(zhuǎn)錄因子,包括AP-4、ATF、CREB、NF-1、NF-E2、YY1等。Ali Baba2獲得172個轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點,涉及52個轉(zhuǎn)錄因子,包括AP-2、ATF、NF-1、Sp1、USF、YY1等。以上四種軟件結(jié)果經(jīng)匯總?cè)ブ?共涉及183個轉(zhuǎn)錄因子。另外,通過在線基因表達譜數(shù)據(jù)庫,獲得胃癌中異常表達的蛋白共3249個,與上述183個轉(zhuǎn)錄因子作對比篩查,提示在人胃癌中可能參與KLF4調(diào)控的轉(zhuǎn)錄因子有17個,包括LEF-1、NF-1、Pax-5、SMAD-4、SRF、YY1等。結(jié)論:本研究檢測提示在胃癌細胞MKN-45中KLF4呈低表達,生物信息學(xué)分析顯示其表達可能受AP-1、AP-2、ATF、FXR、HIF-1、LEF-1、NF-1、Pax-5、RREB-1、SMAD-4、SP3、SRF、USF1、YY1等多種轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控,其中包括促進癌癥發(fā)展的轉(zhuǎn)錄因子也包括某些具有抑癌作用的轉(zhuǎn)錄因子。
【關(guān)鍵詞】:胃癌 KLF4 生物信息學(xué) 轉(zhuǎn)錄因子
【學(xué)位授予單位】:貴陽醫(yī)學(xué)院
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2015
【分類號】:R735.2
【目錄】:
- 中文摘要4-6
- 英文摘要6-9
- 略縮詞表9-10
- 0.引言10-13
- 1.材料與方法13-19
- 2.結(jié)果19-36
- 3.討論36-40
- 4.結(jié)論40-42
- 參考文獻42-46
- 綜述46-54
- 參考文獻51-54
- 作者簡歷54-55
- 致謝55-56
- 學(xué)位論文數(shù)據(jù)集56
【參考文獻】
中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前1條
1 張能;g,
本文編號:908384
本文鏈接:http://www.sikaile.net/yixuelunwen/zlx/908384.html
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