發(fā)布時間：2017-09-14 16:10

  本文關鍵詞：基于胃癌耐藥的調控網(wǎng)絡研究

  更多相關文章： 胃癌 多藥耐藥 差異表達基因 調控網(wǎng)絡

【摘要】：胃癌,高居世界腫瘤死亡率第二位,而影響胃癌治療療效的關鍵因素在于多藥耐藥。胃癌耐藥的發(fā)生機制復雜,是涉及多個蛋白編碼基因、多條信號通路的復雜調控網(wǎng)絡共同作用的結果,針對任何耐藥相關分子的單一干預都難以有效逆轉胃癌耐藥�；虮磉_,作為細胞生命活動的一個最基本過程,其內容可概括為DNA轉錄為m RNA,然后再翻譯為蛋白質,而轉錄階段則是基因表達的核心步驟,所以一個基因表達的成功與否大大取決于轉錄階段,這也因此突顯了m RNA的重要性。本梯隊合作單位第四軍醫(yī)大學研究發(fā)現(xiàn),在胃癌耐藥細胞中存在著大量異常表達的m RNA,并通過對這些m RNA表達水平的測量,得到了大量差異表達基因數(shù)據(jù),而這些差異表達的基因數(shù)據(jù)為胃癌多藥耐藥研究提供了重要線索。但胃癌耐藥中特異表達的基因數(shù)量眾多,單純依靠傳統(tǒng)生物實驗逐條敲出、抑制的研究方法消耗大量時間、物力,且不具有良好的可操作性。生物信息學則可以通過合理的數(shù)學建模、利用強大的計算資源,從海量的信息中挖掘出研究人員所關切的、有研究價值的數(shù)據(jù),合理的縮小研究對象范圍。因此,本文通過合理的建模并結合網(wǎng)絡模型,對合作單位提供的大量胃癌耐藥差異表達基因數(shù)據(jù)進行相關統(tǒng)計分析、篩選、挖掘,以從中找到與胃癌多藥耐藥相關的有價值數(shù)據(jù)。首先,本文對胃癌耐藥差異表達基因數(shù)據(jù)進行了處理,主要從數(shù)據(jù)冗余和標注錯誤兩類問題上對數(shù)據(jù)中存在的不確定錯誤或噪聲進行了處理以提高數(shù)據(jù)的可靠性,之后對處理后的數(shù)據(jù)依據(jù)注釋內容進行了初次分類,并在初次分類基礎上,用聚類算法對各分類數(shù)據(jù)再進行功能性聚類,從而將每分類數(shù)據(jù)再分為若干個小規(guī)模類;然后,在功能性聚類后數(shù)據(jù)基礎上,通過本文挖掘出的各基因間的相互作用關系建立各分類初級基因調控網(wǎng)絡,隨后用本文設計的評分機制對各分類初級基因調控網(wǎng)絡中的各節(jié)點進行打分,并依據(jù)分值對節(jié)點排序,最后依據(jù)排序后的節(jié)點選取適當?shù)暮诵墓?jié)點,進而以選取的這些核心節(jié)點為中心用本文設計的模塊挖掘方法進行核心網(wǎng)絡模塊挖掘,接著,對挖掘出的核心網(wǎng)絡模塊進行分析。經(jīng)過相關分析后,本文得出20個核心基因以及它們的附屬基因所組成的網(wǎng)絡模塊是與胃癌多藥耐藥相關的有價值數(shù)據(jù)。這種以生物信息學為基礎,從網(wǎng)絡模型角度出發(fā),基于胃癌耐藥的調控網(wǎng)絡計算模型研究,為胃癌的多藥耐藥研究提供了新的思路。同時本文也對促進胃癌耐藥機理研究、臨床治療、轉錄組學研究等科學領域都有著重要的理論與現(xiàn)實意義,對其他癌癥耐藥研究也具有借鑒作用。
【關鍵詞】：胃癌 多藥耐藥 差異表達基因 調控網(wǎng)絡
【學位授予單位】：吉林大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：R735.2;TP311.13
【目錄】：

• 摘要4-6
• Abstract6-10
• 第1章 緒論10-16
• 1.1 選題依據(jù)10-11
• 1.2 研究背景及國內外研究現(xiàn)狀11-14
• 1.3 本文的研究目的與意義14-15
• 1.4 本文的組織結構15-16
• 第2章 胃癌耐藥調控網(wǎng)絡研究相關知識介紹16-25
• 2.1 腫瘤多藥耐藥基本知識16-17
• 2.2 調控網(wǎng)絡基本原理17-19
• 2.2.1 基因的表達過程17-18
• 2.2.2 基因的調控機制18-19
• 2.3 基因調控網(wǎng)絡模型19-24
• 2.3.1 邏輯模型20-21
• 2.3.2 持續(xù)性模型21-23
• 2.3.3 單分子水平模型23-24
• 2.4 本章小結24-25
• 第3章 胃癌耐藥差異表達基因數(shù)據(jù)預處理25-32
• 3.1 數(shù)據(jù)形式及其處理25-27
• 3.2 數(shù)據(jù)的注釋分類27-28
• 3.3 數(shù)據(jù)的功能性聚類28-31
• 3.4 本章小結31-32
• 第4章 基于胃癌耐藥數(shù)據(jù)的調控網(wǎng)絡研究32-50
• 4.1 調控網(wǎng)絡總體流程的設計32-33
• 4.2 調控網(wǎng)絡的具體設計33-44
• 4.2.1 建立初級調控網(wǎng)絡33-36
• 4.2.2 網(wǎng)絡節(jié)點重要性打分，，選取核心節(jié)點36-38
• 4.2.3 核心節(jié)點網(wǎng)絡模塊挖掘38-41
• 4.2.4 核心網(wǎng)絡模塊分析41-44
• 4.3 研究結果44-47
• 4.4 模型有效性評估47-49
• 4.5 本章小結49-50
• 第5章 總結與展望50-52
• 5.1 總結50-51
• 5.2 展望51-52
• 參考文獻52-56
• 作者簡介56-57
• 致謝57

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 趙屹;谷瑞升;杜生明;;生物信息學研究現(xiàn)狀及發(fā)展趨勢[J];醫(yī)學信息學雜志;2012年05期

2 張晗,宋滿根,陳國強,駱建華;一種改進的多元回歸估計基因調控網(wǎng)絡的方法[J];上海交通大學學報;2005年02期

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本文編號：850977